Hepatoselüler karsinomda mitofajik genlerin rolü ile genetik ve epigenetik profilinin araştırılması
Investigation of the role of mitophagic genes and their genetic and epigenetic profile in hepatocellular carcinoma
- Tez No: 861478
- Danışmanlar: PROF. DR. MATEM TUNÇDEMİR, DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SOYDAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Onkoloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Oncology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Epigenetik, Epigenez-genetik, Hepatoselüler karsinom, Moleküler genetik, Promotor bölgeler-genetik, Protein ekspresyonu, Epigenetic, Epigenesis-genetic, Hepatocellular carcinoma, Molecular genetic, Promoter regions-genetic, Protein expression
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatoselüler karsinom (HCC) en sık ve mortalite oranı en yüksek olan karaciğer kanseridir ve dünyada kansere bağlı ölümlerde 2. Sırada yer alır. Normal süreçte hücrenin genetik materyalinde bir hasar olduğunda ve bu hasar tamir edilemezse hücre ölüm mekanizmaları aktifleşir. Bu mekanizmalardan biri olan otofajinin alt tipi olan ve mitokondriyal kalite kontrolü sağlayan mitofaji ise hücrede kanser oluşumunu engelleyen bir olaydır. Karsinogenez süreci içerisinde genetik değişiklikler dışında DNA dizilerinde kalıcı değişikliklere yol açmayan Epigenetik mekanizmalarda oluşan anomaliteler de kansere neden olmaktadır. Epigenetik mekanizmalardan birisi olan DNA metilasyonu karsinogenez sırasında hipermetile olarak tümör baskılayıcı genleri susturarak kanserleşmeye sebep olabilir. Mitofajide rol alan AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ve LC3 genlerinin HCC karsinogenezindeki rollerini aydınlatmayı amaçladığımız çalışmada HepG2 ve HUVEC hücre hatlarına ait örneklerde AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ile LC3 genlerinin mRNA ekspresyonu, metilasyon ve protein seviyeleri qRT-PCR, QMSP ve ELISA yöntemleriyle incelenmiştir. AMBRA1 için tümör örnekleri ile normal örnekler kıyaslandığında protein seviyesinde azalma ile birlikte mRNA ekspresyonu açısından örneklerin %60 (3/5)'ında artış, %20'sinde (1/5) azalma gözlenirken %20 (1/5)'sinde ise değişiklik gözlemlenmedi. Tümör örneklerinin %40 (2/5)'ında ve normal örneklerin %80 (4/5)'inde AMBRA1 geninin promotör bölgesine ait hipermetilasyon tespit edilmiştir. FUNDC1 için protein seviyesi istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde azalma gözlemlenirken (p=0.024), mRNA ekspresyonunda %80 (4/5) ekspresyon artışı, %20 (1/5) azalma gözlemlendi. Promotör hipermetilasyonuna bakıldığında yalnızca tümör örneklerinin %20 (1/5)'sinde promotör hipermetilasyonu gözlemlendi. Tümör örneklerinde PGAM5'in hem protein seviyesi de anlamlı şekilde azalırken (p=0.0005) hem de mRNA ekspresyonunda %80 (4/5) PGAM5 ekspresyonunda artış gözlemlendi. Promotör metilasyonu ise hem tümör hem normal örneklerin %40 (2/5) ve %40 (2/5)'ında tespit edildi. LC3 geninin tümör hücrelerinin %60(3/5)'ında mRNA ekspresyonunda azalma gözlemlenirken %20 (1/5)'sinde ekspresyon artışı gözlemlendi ve %20(1/5)'sinde ise ekspresyonda değişim gözlemlenmedi. Protein seviyelerine bakıldığında tümör grubundaki protein seviyesi normal gruba kıyasla artmıştır. Tümör örneklerinin %40 (2/5)'ında, normal örneklerin ise %80 (4/5)'inde LC3 geninin promotör bölgesine ait hipermetilasyon tespit edilmiştir. AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 ve LC3'ün protein ve metilasyon seviyeleri arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur (sırasıyla p<0.0001, p=0.001, p=0.002, p<0.0001). İn vitro olarak incelenen bu mitofajik genlerin diğer genlerle olan etkileşimlerinin daha geniş hasta kohortlarında çalışılması hem terapötik hem de biyobelirteç stratejilerin oluşturulmasında kullanılabilir
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common liver cancer with the highest mortality rate and ranks 2nd in cancer-related deaths in the world. Under physiological circumstances, the activation of cell death pathways becomes imperative when the genetic material of a cell sustains irreparable damage. Mitophagy, a specific subtype of autophagy entrusted with the maintenance of mitochondrial quality control, emerges as a pivotal cellular process impeding the genesis of cancer within the cell. During the carcinogenesis process, disruptions in epigenetic mechanisms, which don't involve permanent changes in DNA sequences, are implicated in causing cancer. DNA methylation, a specific epigenetic mechanism, can lead to the development of cancer by hypermethylating tumor suppressor genes, causing their suppression and promoting carcinogenesis. In our investigation we aim to unraveling the roles of AMBRA1, FUNDC1, PGAM5, and LC3 genes in hepatocellular carcinoma (HCC) carcinogenesis through mitophagy and we examined samples from HepG2 and HUVEC cell lines. We utilized qRT-PCR, QMSP, and ELISA methods to determine the mRNA expression level, promoter methylation, and protein levels.When comparing tumor samples to normal ones for AMBRA1, 60% (3/5) of the samples showed an increase in mRNA expression alongside a decrease in protein levels. In 20% (1/5) of the samples showed expression decrease while 20% (1/5) showed no change. Hypermethylation of the promoter region of the AMBRA1 gene was detected in 40% (2/5) of tumor samples and 80% (4/5) of normal samples. While a statistically significant decrease in protein level was observed for FUNDC1 (p=0.024), an 80% (4/5) increase in expression and a 20% (1/5) decrease in mRNA expression was observed. When promoter hypermethylation was examined, FUNDC1 promoter hypermethylation was observed only in 20% (1/5) of the tumor samples. In tumor samples, both the protein level of PGAM5 decreased significantly (p = 0.0005) and an 80% (4/5) increase in PGAM5 expression was observed in its mRNA expression. Promoter methylation was detected in 40% (2/5) and 40% (2/5) of both tumor and normal samples. In 60% (3/5) of the tumor cells, there was an observed decrease in mRNA expression of the LC3 gene, whereas 20% (1/5) of samples showed elevated expression level and 20% (1/5), no expression change is noticed. The protein level in the tumor group increased compared to the normal group. Hypermethylation of the promoter region of the LC3 gene was detected in 40% (2/5) of tumor samples and 80% (4/5) of normal samples. Statistical significance was found between the protein and methylation levels of AMBRA1, FUNDC1, PGAM5 and LC3 (p<0.0001, p=0.001, p=0.002, p<0.0001, respectively). Studying the interactions of these mitophagic genes examined in vitro with other genes in larger patient cohorts can be used to create both therapeutic and biomarker strategies.
Benzer Tezler
- İnsan hepatoselüler karsinom hücre hattında (HEPG2) lipotoksik ve mitotoksik streste mitokondriyon yanıtı
Mitochondrial response to lipotoxic and mitotoxic stress in human hepatocellular carcinoma cell line (HEPG2)
YAPRAK YALÇIN
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BELGİN ATAÇ
- Analysis of effects of thymoquinone and naringenin on mitochondrial dynamics and apoptosis in hepatocellular carcinoma and two healthy human cell lines
Timokinon ve naringeninin hepatoselüler karsinom ile iki ayrı sağlıklı insan hücre hattında mitokondriyal dinamikler ve apoptozdaki etkilerininanalizi
EMRAH BERTAN
Doktora
İngilizce
2026
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Hepatoselüler karsinomda transarteriyel kemoembolizasyon: Adriyamisin, lipiodol, pıhtı kullanımı
Başlık çevirisi yok
NEVZAT DEMİRHAN
- Hepatoselüler karsinomda MDM2 gen polimorfizmleri
MDM2 gen polymorphisms in hepatocellular carsinoma
EFSUN EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
- Hepatoselüler karsinomda doksorubisin yüklü mikrosferlerle transarteriyel kemoembolizasyon
Transarterial chemoembolization of hepatocelluler carcinoma with doxorubicin- eluting beads
FATİH YİĞİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Radyoloji ve Nükleer TıpÇukurova ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EROL AKSUNGUR