Geri Dön

Anti-kanser ilaç adayı L-Glu-L-Gln-L-Arg-L-Pro-L-Arg pentapeptidinin moleküler modellemesi ve titreşimsel spektral analizi

Molecular modelling and vibrational spectral analysis of anti-cancer drug candidate L-Glu-L-Gln-L-Arg-L-Pro-L-Arg pentapeptide

PDF İndir

  1. Tez No: 863449
  2. Yazar: GÖZDE YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. AYŞEN ÖZEL, PROF. SEVİM AKYÜZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

Peptit içerikli ilaç türleri, başta kanser hastalıkları olmak üzere birçok hastalık çeşidinin tedavisinde biyoaktif rol oynayan aynı zamanda son yıllarda ilaç araştırma konularında popüler olan moleküllerdir. Anti-kanser, anti-bakteriyel, anti-obezite gibi farmasötik özelliklere sahip olmalarının yanı sıra, düşük toksik etkileri ve güçlü bağlanma afinitesine sahip olma özellikleri onları daha da tercih edilir kılmaktadır. Tez çalışmamızda araştırdığımız, prinç kepeğinden türetilmiş nötral L-Glu-L-Gln-L-Arg-L-Pro-L-Arg (EQRPR) pentapeptidi anti-kanser, anti-alzheimer ve anti-obezite biyoaktivite özelliklerine sahiptir. Çalışmamızın birinci kısmında EQRPR pentapeptidinin teorik konformasyon analizi araştırılarak en düşük enerjiye sahip, en kararlı moleküler yapıya durumundaki geometri belirlenmiş ve ardından optimizasyon işlemi sonucunda titreşim modları belirlenerek, HOMO-LUMO analizleri gerçekleştirilmiştir. Tez çalışmamızın ikinci kısmında EQRPR pentapeptidi ve yapısında bulunan amino asitlerden türetilmiş ERQ, EER, EPR ve PRP tripeptitleri ile DNA, epidermal büyüme faktörü, ACE2 ile bağlanan SARS-CoV-2, apo formundaki COVID-19, halo formundaki COVID-19, SARS-CoV-2 spike glikoproteini, Integrin reseptörleri arasındaki etkileşim moleküler kenetlenme (docking) programı ile belirlenmiş, bağlanma afiniteleri tahmin edilmiştir. Bu çalışmada, teorik moleküler modelleme çalışmalarının yanı sıra 1H-NMR, FTIR ve Raman spektroskopik yöntemlerle yapılan deneysel araştırmalar da gerçekleştirilmiş ve teorik çalışmalar ile karşılaştırılarak yorumlanmıştır

Özet (Çeviri)

Peptide-based drug types are molecules that play a bioactive role in the treatment of various diseases, particularly cancer, and have gained popularity in recent years in the field of drug research. In addition to possessing pharmaceutical properties such as anti-cancer, anti-bacterial, and anti-obesity, their low toxic effects and strong binding affinities make them even more preferable. These molecules are actively involved in the treatment of a variety of diseases, with a primary focus on cancer. Their popularity in drug research stems from their diverse pharmaceutical characteristics, encompassing anti-cancer, anti-bacterial, and anti-obesity properties. The combination of low toxicity and strong binding affinities further enhances their desirability in therapeutic applications. In our thesis, we investigated the pentapeptide neutral L-Glu-L-Gln-L-Arg-L-Pro-L-Arg (EQRPR) derived from rice bran, which possesses anti-cancer, anti-Alzheimer, and anti-obesity bioactivity properties. In the first part of our study, the theoretical conformation analysis of the EQRPR pentapeptide was conducted to determine the geometry of the molecular structure in its most stable state with the lowest energy. Subsequently, vibration modes were determined, and HOMO-LUMO analyses were carried out following the optimization process. In the second part of our thesis, the interaction between the EQRPR pentapeptide and tripeptides ERQ, EER, EPR, and PRP derived from the amino acids in its structure with DNA, epidermal growth factor, ACE2 binding to SARS-CoV-2, COVID-19 in apo form, COVID-19 in halo form, SARS-CoV-2 spike glycoprotein, and Integrin receptors was determined using molecular docking programs, and binding affinities were predicted. In this study, alongside theoretical molecular modeling, experimental investigations were conducted using 1H-NMR, FTIR, and Raman spectroscopic methods. The results were then compared and interpreted in conjunction with theoretical studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    595464

    Structure-based drug design studies for the discovery of novel carbonic anhydrase IX-selective inhibitors

    Karbonik anhidraz IX'a seçici yeni inhibitörlerin yapı bazlı bilgisayar destekli tasarımı

    VUSLAT ÖYKÜ SAYIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    690581

    Lavanta (Lavandula angustifolia mill.) Bitkisinin In Vitro Koşullarda Rejenerasyonu ve Stres Şartlarında Sekonder Ürün Artışının Değerlendirilmesi, Yağından Elde Edilen Nanoparçacıkların Anti-Kanser Özelliğinin İncelenmesi

    In Vitro Regeneration of Lavender (Lavandula angustifolia mill.) and Evaluation of Secondary Metabolite Increase in Stress Conditions, Investigation of Anti-Cancer Properties of Nanoparticles Obtained from Oil

    EDA TOPTAŞ ÇAKIROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN KILINÇ

  3. Tez No

    686882

    Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data

    Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları

    ÜLKÜ ÜNAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA GÖV

  4. Tez No

    787411

    Salvıa argentea L. etanolik ekstraktının kimyasal kompozisyonu, in vitro ve in vivo anti-inflamatuvar aktivitesi ve toksisite potansiyeli

    In vitro and in vivo anti-inflammatory activities and toxicity potential of Salvia argentea L. ethanolic extract

    ALMONTHER ALHAMEDİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEFİSE ÜLKÜ KARABAY YAVAŞOĞLU

  5. Tez No

    820351

    Evaluation of biological activities ofMmelia azedarach species and its importance in phytotherapy

    Melia azedarach türünün biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi ve fitoterapideki önemi

    KHAWLA ABDALLA MOHAMED ESWIEI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmakognozi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA EROĞLU ÖZKAN

Geri Dön