Yabani mercimek türü Lens lamottei'nin tüm kloroplast genomunun sekanslanması ve kültür türü Lens culinaris kloroplast genomu ile karşılaştırılması
Complete chloroplast genome sequence of Lens lamottei and comparative analysis with Lens culinaris
- Tez No: 865935
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Mercimek dünyada geniş bir tüketim ve üretim alanına sahip, kendi kendine döllenebilen, en büyük üçüncü aile olan Fabaceae ailesine ait bir türdür. Yabani ve kültür türler arasındaki varyasyonun tespit edilmesi amacıyla çok sayıda çalışma yapılmıştır. NGS tekniklerinin gelişmesiyle son dönemlerdeki çalışmalar fenotiple ilişkili genomik bilgilere odaklanmıştır. Bu nedenle, yapılan çalışmada yabani bir mercimek türü olan L. lamottei'nin tüm kloroplast genomu ilk kez 713x ortalama okuma derinliği ile sekanslanmıştır. Ayrıca kültür türü ile karşılaştırmalı analizleri ortaya koyulmuştur. Sonuç olarak L. lamottei'de protein kodlayan genlerden bazılarında hem eş anlamlı hem de eş anlamlı olmayan değişiklikler tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda L. lamottei ve kültür türü olan L. culinaris diğer türlerden daha yakın olduğu bulunmuştur. Ayrıca daha önceki transkriptomik veriler kullanılarak gen ekspresyonları incelendiğinde sırasıyla ATP-sentaz, rubisco ve fotosistem genlerinde yüksek gen ekpresyonu tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Lentil is a self-pollinated species belonging to the Fabaceae family which is the third largest family in the world, with a wide consumption and production area. Many studies have been carried out to detect the variation between wild and cultivated species. With the development of NGS techniques, recent studies have focused on phenotype-related genomic information. Therefore, in this study, the whole chloroplast genome of L. lamottei, a wild lentil species, was sequenced for the first time with an average coverage of 713x. In addition, comparative analyzes with cultivated species have been presented. As a result, both synonymous and non-synonymous changes were detected in some of the protein-coding genes in L. lamottei. As a result of phylogenetic analysis, L. lamottei and the cultivated species L. culinaris were found closer than other species. Additionally, when gene expressions were examined using previous transcriptomic data, high gene expression was detected in ATP-synthase, rubisco and photosystem genes, respectively.
Benzer Tezler
- Anadolu kökenli tarımsal genetik kaynak lens Culinaris medik. türünün genetik çeşitliliğinin ve filocografik örüntülerinin belirlenmesi
Determination of genetic diversity and phylogeographic patterns of agricultural genetic resource lens Culinaris medik. originated from Anatolia
ŞENAY BOYRAZ TOPALOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM SUALP ÇAĞLAR
DOÇ. DR. İSMAİL KUDRET SAĞLAM
- Lens ervoides kloroplast genomunun sekanslanması ve Lens culinaris kloroplast genomu ile karşılaştırılması
Sequencing of Lens ervoides chloroplast genome and comparison with Lens culinaris chloroplast genome
NURBANU TAYŞİ
- Kuzeybatı Anadolu'da tarımın başlangıcı: Barcın Höyük bitki kalıntıları üzerine bir değerlendirme
The beginning of agriculture in the northwest Anatolia: An assesment on plant remains of Barcin Höyük
HÜREYLA BALCI
- Dispersif sıvı-sıvı mikroekstraksiyon ile bazı gıda örneklerinde glifosatın spektrofotometrik tayini
Spectrometric determinations of glyphosate in the some food samples wi̇th di̇spersif liquid-liquid mi̇croekstraction
EMİNE ÇETİN ATACI
- Gıdalarda hile amacıyla karıştırılan bitkisel kaynaklı bileşenlerin moleküler yöntemlerle tespiti
Detection of vegetal sourced food ingredients mixed for adulteration by using molecular methods
NESLİHAN KAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZÜLAL KESMEN