Geri Dön

Yeni nesil dizileme ile endemik Aegokeras caespitosa türünün kloroplast genomunun dizilenmesi

Next-generation sequencing yields the whole chloroplast genome of endemic Aegokeras caespitosa

PDF İndir

  1. Tez No: 866703
  2. Yazar: SERDAR CİĞER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM ÇETİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Botanik, Genetik, Biotechnology, Botany, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 187

Özet

Ülkemiz bitki biyoçeşitliliği ve endemizm açısından oldukça önemli bir yere sahiptir. Ülkemiz için endemik olan cinsler ülkemizin biyoçeşitlilik açısından önemini daha da artırmaktadır. Apiaceae familyasında tek tür ile temsil edilen (monotipik) iki endemik cins (Postiella Kljuykov, Crenosciadium Boiss. & Heldr.) ve iki tür ile temsil edilen (ditipik) iki endemik cins (Ekimia H.Duman & M.F.Watson, Aegokeras Raf.) yer almaktadır. Aegokeras cinsi Aegokeras caespitosa (Sm.) Raf. ve A. gazipashensis A.Duran & Lyskov türleri ile temsil edilmektedir. Bu çalışma ile Aegokeras caespitosa türünün yeni nesil dizileme yöntemleri ile tüm kloroplast genomu dizilenmiştir. Çalışmamızda doğal ortamından toplanan Aegokeras caespitosa türünün DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen DNA örneklerinden kalite ve konsantrasyon koşullarına uygun olanlar, yeni nesil dizileme yöntemlerinden biri olan Illumina dizileme platformu ile SBS (sequencing by synthesis) teknolojisi kullanılarak dizilenmiştir. Dizileme verilerinin FastQC ve MultiQC ile kaliteleri kontrol edildikten sonra GetOrganelle, GeSeq ve NCBI gibi araçlar ve veri tabanları kullanılarak kloroplast genomu referans veri tabanları ile karşılaştırılmış ve sonuçlar anlamlı hale getirilmiştir. Aegokeras caespitosa türü için DNA dizileme analizi sonucunda cpDNA'nın 155,849 baz çifti uzunluğunda olduğu tespit edilmiştir. Kloroplast genomunun büyük tek kopya bölgesi, küçük tek kopya bölgesi ve bu ikisini ayıran iki ters tekrar dizisi olmak üzere dört parçadan oluştuğu görülmüştür. 85 protein kodlayan gen, 8 rRNA geni ve 37 tRNA geni içerdiği görülmüştür.

Özet (Çeviri)

Türkiye has a very important place in terms of plant biodiversity and endemism. The genus that are endemic to our country further increase the importance of our country in terms of biodiversity. In the Apiaceae family, there are two endemic genera (Postiella Kljuykov, Crenosciadium Boiss. & Heldr.) represented by a single species (monotypic) and two endemic genera (Ekimia H.Duman & M.F.Watson, Aegokeras Raf.) represented by two species (ditypic). The genus Aegokeras is represented by the species Aegokeras caespitosa (Sm.) Raf. ve A. gazipashensis A.Duran & Lyskov. In this study, the whole chloroplast genome of the Aegokeras caespitosa was sequenced using next-generation sequencing methods. In our study, DNA isolation of the Aegokeras caespitosa species collected from its natural habitat was performed. High quality DNAs were sequenced Illumina sequencing technology, sequencing by synthesis (SBS), which is next-generation sequencing (NGS) technology. After checking the quality of the sequencing data with FastQC and MultiQC, the chloroplast genome was compared with reference databases using tools and databases such as GetOrganelle, GeSeq and NCBI, and the results were made meaningful. The our results showed that the chloroplast genome was 155,849 bp in length and consisted of a pair of inverted repeat regions, a large single-copy region, and a small single copy region. The chloroplast genome include 85 protein-coding genes, 8 rRNA genes, and 37 tRNA genes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    578729

    Bazı endemik Colchicum l. taksonlarının kloroplast genom dizilerinin belirlenmesi

    Determination of chloroplast genome sequences of some endemic Colchicum l. taxa

    OKAN ÜNLÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Botanikİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜL ÖZ

    DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM

  2. Tez No

    845025

    Theileria annulata ile doğal enfekte sığırların dolaşımındaki Eksozomal Mikrorna'ların karakterizasyonu, ekspresyon profilleri ve fonksiyonel önemleri

    Characterization, expression profiles and functional importance of Exosomal Micrornas in the circulation of naturally infected cattle with Theileria annulata

    SADULLAH USLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Veteriner HekimliğiErciyes Üniversitesi

    Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖNDER DÜZLÜ

  3. Tez No

    853912

    Conservation genetics of the Yelkouan Shearwater (Puffinus yelkouan) in the Mediterranean Sea

    Yelkovan kuşlarının (Puffinus yelkouan) Akdeniz Havzası'nda koruma genetiği

    DİLEK ŞAHİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN

  4. Tez No

    692494

    Aubrieta canescens (Boiss.) Bornm. (brassicaceae)'in yeni nesil dizileme teknolojisiyle tüm genomunun dizilenmesi (wgs) ve tür içi populasyonlarında genetik yapıların aydınlatılması

    Whole genome sequencing of aubrieta canescens (Boiss.) Bornm. (brassicaceae) and discovering the genetic structures of the intraspecific populations with next generation sequencing technology

    YASİN KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BotanikHacettepe Üniversitesi

    Botanik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ ASLAN DÖNMEZ

  5. Tez No

    843878

    Kazdağı Milli Parkı'nda yetişen bazı Thymus türlerinde endemizm ve mikrobiyom ilişkisinin araştırılması

    Investigation of endemism and microbiome relationship in some Thymus species in Kazdagi National Park

    GÖKÇE ERCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA ELİF ÇEPNİ YÜZBAŞIOĞLU

Geri Dön