Bir eğitim ve araştırma hastanesi yoğun bakım ünitesi hastalarının kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında beta laktam direnç genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of beta-lactam resistance genes and clonal relationships in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates from blood cultures of patients in an education and research hospital intensive care unit
- Tez No: 874292
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET TEVFİK YAVUZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, hastane enfeksiyonu, karbapenem direnci, AP-PCR, Acinetobacter baumannii, hospital infection, carbapenem resistance, AP-PCR
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Gülhane Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş-Amaç: A. baumannii, özellikle yoğun bakım ünitelerinde hastane kökenli septisemi, pnömoni ve idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan fırsatçı bir patojendir. A. baumannii'nin çok ilaca dirençli izolatları, antimikrobiyal ajanların yaygın ve uygun olmayan kullanımının bir sonucu olarak, son on yılda giderek artan şekilde rapor edilmektedir. Bu bakterilerin direnç mekanizmalarının anlaşılması, enfeksiyonların önlenmesi ve yönetiminde kritik önem taşımaktadır. Yoğun bakım hastalarının kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenem direncininin nedenlerini ortaya koymak, bu sayede antimikrobiyal sürveyansa katkıda bulunmak ve izolatlar arasındaki klonal ilişkiyi ortaya çıkarmak amaçlandı. Gereç ve yöntem: Çalışmaya, Sağlık Bilimleri Üniversitesi Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda Ocak 2020 – Ocak 2022 tarihleri arasında yoğun bakım servislerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen ve stok kültür koleksiyonunda yer alan 80 A. baumannii suşu dahil edildi. İzolatların tanımlanması Matriks Destekli Lazer Dezorpsiyon İyonizasyon-Uçuş Zamanı Kütle Spektrometresi (MALDI-TOF MS, Brucker Daltonics, Almanya) kullanılarak yapıldı. İzolatların antibiyotiklere duyarlılık sonuçları VITEK® 2 (Biomerieux, Fransa) otomatize sistem ile EUCAST kriterlerine göre belirlendi. İzolatların tamamına sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile meropenem için antibiyotik duyarlılığı çalışıldı. Çalışmada karbapenem direnç genlerinin (blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM, blaNDM) varlığı, dirençten sorumlu olduğu bilinen gen bölgelerini hedef alan primerlerin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyonları ile araştırıldı. Çalışma izolatları arasındaki klonal ilişki M13 primerinin kullanıldığı Arbitrarily Primed PCR (AP-PCR) yöntemi araştırıldı. AP-PCR sonuçlarına göre baskın olan klondan bir izolat seçilerek bu izolatın MLST yöntemi ile Sekans Tipi (ST)'ı belirlendi. Bulgular: Çalışmamızda kullanılan A. baumannii izolatlarının VITEK®2 (bio-Merieux, Fransa) otomatize sistem ile yapılan antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre izolatların tamamının karbapenemler, piperasilin-tazobaktam, siproflokasin, levofloksasin, seftazidim için dirençli olduğu görülmüştür. Sıvı mikrodilüsyon antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre bütün izolatların MİK değeri sınır değer 8 µg/L in üzerinde bulunmuştur. Direnç genlerine bakıldığında bu türe intrensek olduğu bilinen OXA-51 geninin izolatların hepsinde pozitif olduğu görüldü. İzolatların 25'inde (%31) OXA-23 geninin pozitif olduğu, 56'sında (%70) OXA-24 geninin pozitif olduğu tespit edildi. OXA-58 gen bölgesi izolatların hiçbirinde saptanmadı. Metallobetalaktamaz enzimlerinden sorumlu IMP, VIM, NDM direnç genleri izolatların hiçbirinde tespit edilmedi. AP-PCR çalışmasına ait bantlar değerlendirildiğinde iki baskın klon olduğu görüldü. Çalışmadaki baskın olan A klonundan alınan izolatın MLST tipi tüm genom kullanılarak ST -78 olarak belirlendi. Sonuç: Çalışmamızda incelediğimiz karbapenemlere dirençli izolatların OXA-23 ve OXA-24 karbapenem direnç genlerine sahip olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma, araştırdığımız kadarıyla Türkiye'de karbapenem dirençli A.baumannii izolatlarında baskın olarak OXA-24 direnç geninin tespit edildiği ilk çalışmadır. A. baumannii gibi çok ilaca dirençli izolatların tanımlanması, direnç genlerinin belirlenmesi ve epidemiyolojisi ile ilgili çalışmaların yapılması, hastanelerde uygun enfeksiyon kontrol önlemlerinin alınmasında, uygulanmasında ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Introduction and Objective: Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen responsible for nosocomial infections such as septicemia, pneumonia, and urinary tract infections, particularly within intensive care units. The emergence of multi-drug resistant isolates of A. baumannii, reported increasingly over the past decade, is a consequence of the widespread and inappropriate use of antimicrobial agents. Understanding the resistance mechanisms of these bacteria is critical for the prevention and management of infections. This study aims to elucidate the causes of carbapenem resistance in A. baumannii isolates from the blood cultures of intensive care patients, thereby contributing to antimicrobial surveillance and revealing the clonal relationship among the isolates. Materials and Methods: The study included 80 A. baumannii strains isolated from the blood cultures of patients admitted to the intensive care units of Gülhane Education and Research Hospital, University of Health Sciences, Turkey, between January 2020 and January 2022, and stored in the stock culture collection. The isolates were identified using Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS, Brucker Daltonics, Germany). Antibiotic susceptibility results for the isolates were determined using the VITEK® 2 (Biomerieux, France) automated system, in accordance with EUCAST criteria. Antibiotic susceptibility to meropenem for all isolates was tested using the broth microdilution method. The presence of carbapenem resistance genes (blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM, blaNDM) was investigated using polymerase chain reaction (PCR) with primers targeting gene regions known to confer resistance. The clonal relationship among the study isolates was examined using Arbitrarily Primed PCR (AP-PCR) with the M13 primer. Based on the AP-PCR results, a dominant clone was selected for Sequence Type (ST) determination using the MLST method. Findings: The antibiotic susceptibility testing of the A. baumannii isolates, conducted with the VITEK®2 (bio-Merieux, France) automated system, revealed that all isolates were resistant to carbapenems, piperacillin-tazobactam, ciprofloxacin, levofloxacin, and ceftazidime. The MIC values for all isolates were found to be above the breakpoint value of 8 µg/L in broth microdilution antibiotic susceptibility testing. The intrinsic OXA-51 gene was found to be positive in all isolates. The OXA-23 gene was positive in 25 (31%) of the isolates, and the OXA-24 gene was positive in 56 (70%) of the isolates. The OXA-58 gene region was not detected in any of the isolates. No metallo-beta-lactamase enzymes responsible for resistance, such as IMP, VIM, NDM, were detected. The evaluation of AP-PCR bands revealed two dominant clones. The ST of a selected isolate from the dominant A clone was determined to be ST-78 using whole genome sequencing. Conclusion: Our study determined that the carbapenem-resistant isolates we investigated possess the OXA-23 and OXA-24 carbapenem resistance genes. To our knowledge, this is the first study in Turkey to predominantly identify the OXA-24 resistance gene in carbapenem-resistant A. baumannii isolates. Identifying multi-drug resistant isolates like A. baumannii, determining resistance genes, and conducting epidemiological studies will assist in implementing appropriate infection control measures, application, and development of treatment strategies in hospitals.
Benzer Tezler
- COVID-19 ve non-COVID yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların ko-enfeksiyon ve süperenfeksiyon insidanslarının karşılaştırılması
Comprehension between superinfection and co-infection incidences of COVID-19 and non-COVID patients in intesnive care unit
SELÇUK YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEREM İNANOĞLU
- 4PEPS ve tam kan viskozitesinin pulmoner emboli tanısını dışlamadaki etkinliği
The effectiveness of 4PEPS and whole blood viscosity excluding the diagnosis of pulmonary embolism
BURAK ÖZÇELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Acil TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURCU GENÇ YAVUZ
- Acil serviste tanı alan akut pankreatit hastalarında mortalite prediktörü ranson, bısap ve ımrıe kriterlerine laktat düzeyi eklenmesinin mortalite öngörmedeki etkisinin araştırılması
The investigation of the effect of adding lactate level to ranson, bisap and imrie criteria for mortality prediction on acute pancreatitis patients diagnosed in the emergency department
ABİDE MERVE MANAP
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
İlk ve Acil YardımSağlık Bilimleri ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUBA CİMİLLİ ÖZTÜRK
UZMAN BURCU AZAPOĞLU KAYMAK
- MIS-C tanısı alan hastalarda c-reaktif protein (CRP)/albümin oranının prognostik değerinin belirlenmesi
Determination of the prognostic value of C-reaktive protein (CRP)/albumin ratio in patients diagnosed with MİS-C
YASEMİN TİLKİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEHER ERDOĞAN
- Yanık hastalarında gözlenen akut böbrek hasarında inflamatuar endekslerin prognostik ve prediktif etkinliğinin araştırılması
Investigation of the prognostic and predictive effectiveness of inflammatory markers in acute kidney injury observed in burn patients
HASRET POLAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAYHAN GÜRBÜZ