SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the interactions of the risdiplam molecule used in SMA treatment with short nucleic acid sequences
- Tez No: 879980
- Danışmanlar: PROF. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Kimya, Moleküler Tıp, Biochemistry, Chemistry, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: mRNA, mRNA
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, SMA hastalığının tedavisinde kullanılan Risdiplam molekülü ile SMN2 genine karşılık gelen pre-mRNA Exon7 sekansının dinükleotidlere bölünerek (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU) oluşan 11 Ribodinükleotit arasındaki etkileşimler, bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişiklikler hesapsal olarak incelenmiştir. Risdiplam ile Ribodinükleotitlerin etkileşmesinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda etkileşim mekanizmasının aydınlatılmıştır. Hesapsal çalışmada, öncelikle Risdiplam'ın konformasyonel analizi yapılmıştır. Risdiplamın en kararlı konformeri ile 11 Ribodinükleotitin kombinasyonları oluşturulmuş (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) her bir kombinasyondan 14 olası yapı, DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) baz seti kullanılarak su fazında optimizasyonları yapılmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Moleküller arasındaki bağlanma bölgeleri, bağ çeşitleri ve kuvvetleri hesaplanmıştır. Ayrıca Moleküler kenetleme çalışmaları ile bağlanma enerjileri elde edilmiştir. Sonuç olarak, Risdiplam molekülünün CA Ribodinükleotiti ile en iyi bağlanma ilgisini gösterdiği görülmüştür. Moleküler kenetleme sonuçları DFT sonuçları ile uyumlu çıkmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the interactions between Risdiplam molecule used in the treatment of SMA disease and 11 Ribodinucleotides formed by splitting the pre-mRNA Exon7 sequence corresponding to SMN2 gene into dinucleotides (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU), binding sites, energies and changes in their conformers were computationally analyzed. It was aimed to elucidate the interaction mechanism in line with the results obtained from the interaction of Risdiplam and Ribodinucleotides. In the computational study, firstly, the conformational analysis of Risdiplam was performed. Combinations of the most stable conformer of Risdiplam and 11 ribodinucleotides (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) were created and 14 possible structures from each combination were optimized in the water phase using the DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) basis set and the most stable structures were determined. The bonding sites, bond types and bond strengths between the molecules were calculated. In addition, binding energies were obtained by molecular docking studies. As a result, Risdiplam molecule showed the best binding affinity with CA Ribodinucleotide. Molecular docking results were in agreement with the DFT results.
Benzer Tezler
- Süt formüllerinin tüketim uygulamaları ve süt formüllerinin C vitamini içeriği ile pH değerleri
Başlık çevirisi yok
GÖNÜL VAROL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Besin Hijyeni ve Teknolojisiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Gelişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜRKAN KUTLUAY
- Landsat uydusu aracılığı ile elde edilen görüntülerin sınıflandırılmaları ve bunlara ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması
Başlık çevirisi yok
G. FERZAN KÜÇÜKA
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİS PÜSKÜLCÜ
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Bir pamuk iplikhanesinde fiili çalışma metodlarının incelenmesi ve mevcut işlemlerin standart sürelerinin saptanması
Başlık çevirisi yok
MÜRŞİDE KESEROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
İşletmeEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA NAZMİ ERCAN
- Türkiye trafik düzeninde kazaların azaltılması açısından yeni trafik kanunu uygulaması ile ilgili sorunlar ve çözüm yolları
Başlık çevirisi yok
ERDAL UÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
UlaşımGazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. RIDVAN EGE