SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the interactions of the risdiplam molecule used in SMA treatment with short nucleic acid sequences
- Tez No: 879980
- Danışmanlar: PROF. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Kimya, Moleküler Tıp, Biochemistry, Chemistry, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 210
Özet
Bu tez çalışmasında, SMA hastalığının tedavisinde kullanılan Risdiplam molekülü ile SMN2 genine karşılık gelen pre-mRNA Exon7 sekansının dinükleotidlere bölünerek (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU) oluşan 11 Ribodinükleotit arasındaki etkileşimler, bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişiklikler hesapsal olarak incelenmiştir. Risdiplam ile Ribodinükleotitlerin etkileşmesinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda etkileşim mekanizmasının aydınlatılmıştır. Hesapsal çalışmada, öncelikle Risdiplam'ın konformasyonel analizi yapılmıştır. Risdiplamın en kararlı konformeri ile 11 Ribodinükleotitin kombinasyonları oluşturulmuş (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) her bir kombinasyondan 14 olası yapı, DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) baz seti kullanılarak su fazında optimizasyonları yapılmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Moleküller arasındaki bağlanma bölgeleri, bağ çeşitleri ve kuvvetleri hesaplanmıştır. Ayrıca Moleküler kenetleme çalışmaları ile bağlanma enerjileri elde edilmiştir. Sonuç olarak, Risdiplam molekülünün CA Ribodinükleotiti ile en iyi bağlanma ilgisini gösterdiği görülmüştür. Moleküler kenetleme sonuçları DFT sonuçları ile uyumlu çıkmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the interactions between Risdiplam molecule used in the treatment of SMA disease and 11 Ribodinucleotides formed by splitting the pre-mRNA Exon7 sequence corresponding to SMN2 gene into dinucleotides (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU), binding sites, energies and changes in their conformers were computationally analyzed. It was aimed to elucidate the interaction mechanism in line with the results obtained from the interaction of Risdiplam and Ribodinucleotides. In the computational study, firstly, the conformational analysis of Risdiplam was performed. Combinations of the most stable conformer of Risdiplam and 11 ribodinucleotides (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) were created and 14 possible structures from each combination were optimized in the water phase using the DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) basis set and the most stable structures were determined. The bonding sites, bond types and bond strengths between the molecules were calculated. In addition, binding energies were obtained by molecular docking studies. As a result, Risdiplam molecule showed the best binding affinity with CA Ribodinucleotide. Molecular docking results were in agreement with the DFT results.
Benzer Tezler
- Hepatit B virusunun ve tedavisinde kullanılan anti-viral ajanların konak DNA'sına olan genotoksik etkisi
The genotoxic effects of hepatitis B virus and the anti-viral agents used for its treatment to the host DNA
PINAR ÖZKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HATİCE ILGIN RUHİ
- Post-operatif dönemde uygulanan intravenöz infüzyon solüsyonlarının şimik tromboflebit oluşumu üzerine etkilerinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
EMİNE YILMAZ AVCI
Doktora
Türkçe
1993
HemşirelikGATACerrahi Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. SEVGİ HATİPOĞLU
- Polifenolik bileşiklerden resveratrol ve kurkuminin nörit boyu uzamasına etkisinin PC12 hücre hattında araştırılması
Investigation of the neurite outgrowth effects of resveratrol and curcumin in PC12 cell line
GAMZE BORA TATAR
Doktora
Türkçe
2012
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYAT YURTER
- Türkiye'de nadir hastalıklar ve yetim ilaçlar konusunda yaşanan problemlerin hasta perspektifiyle değerlendirilmesi
Evaluation of the problems on rare diseases and orphan medicines in Turkey with patient perspective
HATİCE GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Sağlık Kurumları YönetimiSüleyman Demirel ÜniversitesiSağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAMAZAN ERDEM
- Furosemidin çeşitli biyolojik materyallerden analizi üzerine çalışmalar
Analysis of furosemid from various biological materials
SELMA SÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEKİN TEMİZER