Glikan profilleme ile MS oligoklonal band analizinin gerçekleştirilmesi
Performing MS oligoclonal band analysis with glycan profiling
- Tez No: 882072
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET TARIK BAYKAL, DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Analitik kimya, Biyokimya, Kütle spektroskopisi, Analytical chemistry, Biochemistry, Mass spectroscopy
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Multipl Skleroz otoimmün bir nörodejeneratif hastalıktır. 20-40 yaş arasında semptomlarının başlaması sebebiyle gençler arasında en yaygın görülen nörodejeneratif hastalık olarak sınıflandırılır. Hastalık vücudun kendi savunma hücreleri tarafından sinir hücrelerinin etrafını saran lipid tabakayı oluşturan miyelin kılıfa saldırarak sinir hücrelerinin hasara uğramasıyla oluşur. Hastalığa tanı koyabilmek için en sık kullanılan yöntem Oligoklonal Band Analizidir. Bu analiz ise hastalık şüphesi oluşan kişilerden alınan serum ve beyin omurilik sıvıları kullanılarak gerçekleştirilir. OKB sonuçlarına göre immunoglobulinlerin görülme durumlarına bağlı olarak MS tanısı konulur. İmmunoglobulinler serumda bulunan immün glikoproteinlerdir. B hücreleri tarafından üretilen bu Y şekilli glikoproteinler düşman patojenleri yokederler. İmmüoglobulinler B hücrelerinde sentezlendikten sonra posttranslasyonel bir modifikasyon olan glikozillenmeye uğrarlar. Bu immünoglobulinlerin 297.Asparajin aminoasidinin (Asn297) azot (N) atomuna bağlanan glikanlar proteinin fonksiyonlarını düzenler. Bu modifikasyon çeşitli kromatografik ve kütle spektroskopisine dayalı yöntemlerle analiz edilebilirler. Bu analizler sonucunda da hasta ve sağlıklılar arasındaki glikan motiflerinin farkları ve yoğunlukları belirlenerek hastalıklara karşı belirteçler ve hastalıkların moleküler mekanizmalarını aydınlatacak bilgiler elde edilebilir. MALDI-TOF tekniği de sık kullanılan bir kütle spektroskopisi yöntemidir. Bu tez çalışmasında OKB sonuçlarına göre 5 tipe ayrılmış hasta örneklerinden IgG'ler izole edilmiş, izole edilen IgG'lerden PNGase F ile glikanlar koparılmış, koparılan glikanlar etil esterifiye edilerek türevlendirilmiş, türevlendirilmiş bu glikanlar pamuk kolon kullanılarak izole edilmiş ve MALDI-TOF kütle spektroskopisiyle analiz edilmiştir. Analiz sonucu OKB tiplerine göre istatistiki anlamlı glikanlar ve glikan grupları belirlenmiştir
Özet (Çeviri)
Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune neurodegenerative disease. It is the most common neurodegenerative disease among young people, with symptoms typically beginning between the ages of 20 and 40. The disease occurs when the body's own defence cells attack the myelin sheath, the lipid layer that surrounds the nerve cells, causing damage to the nerve cells. The most commonly used method to diagnose MS is oligoclonal band analysis (OCB). OCB is performed using serum and cerebrospinal fluids. The results of OCB are used to diagnose MS based on the patterns of immunoglobulins. Immunoglobulins are immune glycoproteins found in serum. These Y-shaped glycoproteins, produced by B cells, destroy hostile pathogens. After synthesis in B cells, immunoglobulins undergo glycosylation, a posttranslational modification. The attachment of glycans to the N (nitrogen) atom of the 297th asparagine amino acid of immunoglobulins regulates the solubility and function of the protein. This modification can be analysed by various chromatographic and mass spectroscopic methods. As a result of these analyses, the differences and intensities of glycan motifs between patients and healthy subjects can be determined, and information can be obtained to elucidate disease markers and molecular mechanisms of diseases. MALDI-TOF is also a frequently employed mass spectrometry technique. In this thesis, immunoglobulin G's were isolated from patient samples, which were divided into five categories according to OCB results. The glycans were cleaved from the isolated immunoglobulins with PNGase F, and the cleaved glycans were ethyl esterified. Derivatised glycans were isolated using a cotton column and analysed by MALDI-TOF mass spectrometry. The results of the analysis led to the identification of statistically significant glycans and glycan groups, which were correlated with the OCB types.
Benzer Tezler
- The effectts of stress treatments on glycan profiling in soybean proteins
Stres uygulamalarının soya proteinleri glikan profilleri üzerindeki etkileri
İREM EZGİ YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN
- Glikomik yaklaşımları kullanılarak et ürünlerinin sınıflandırılması
Classification of meat products using glycomic approaches
AHMAT ADAM AMIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HACI MEHMET KAYILI
- Denizkestanesi, Paracentrotus lividus'un immün sistem hücrelerinde glikan profilinin CapLC-ESI-MS/MS sistemi ve floresan mikroskobu ile belirlenmesi
Determining the glycan profile of the sea urchin (Paracentrotus lividus) immune system cells via the CapLC-ESI-MS/MS system and the fluorescence microscope
ECEM ŞENER
- Denizkestanesi Paracentrotus lividus'un yumurta jel kılıfı glikoproteinlerinin izolasyonu ve glikan profilinin MALDI-TOF-MS ve LC-MS/MS sisteminde glikomik yaklaşımla belirlenmesi
Isolation of egg jelly coat glycoproteins of sea urchin paracentratus lividus and identification of glycan profile by MALDI-TOF/MS and LC-MS/MS system using the glycomics approach
UMUT ŞAHAR
- Kolorektal kanser hücre hatlarında n-glikan profillerinin maldı-Tof/Tof-Msile karakterizasyonu ve makine öğrenmesi tabanlı sınıflandırılması
Characterization of n-glycan profiles in colorectal cancer cell lines by maldi-Tof/Tof-Ms and machine learning–based classification
ESRA NUR AKYILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyoteknolojiKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN YILMAZ
DOÇ. DR. HACI MEHMET KAYILI