Geri Dön

Glikan profilleme ile MS oligoklonal band analizinin gerçekleştirilmesi

Performing MS oligoclonal band analysis with glycan profiling

  1. Tez No: 882072
  2. Yazar: FURKAN ŞAHİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AHMET TARIK BAYKAL, DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

Multipl Skleroz otoimmün bir nörodejeneratif hastalıktır. 20-40 yaş arasında semptomlarının başlaması sebebiyle gençler arasında en yaygın görülen nörodejeneratif hastalık olarak sınıflandırılır. Hastalık vücudun kendi savunma hücreleri tarafından sinir hücrelerinin etrafını saran lipid tabakayı oluşturan miyelin kılıfa saldırarak sinir hücrelerinin hasara uğramasıyla oluşur. Hastalığa tanı koyabilmek için en sık kullanılan yöntem Oligoklonal Band Analizidir. Bu analiz ise hastalık şüphesi oluşan kişilerden alınan serum ve beyin omurilik sıvıları kullanılarak gerçekleştirilir. OKB sonuçlarına göre immunoglobulinlerin görülme durumlarına bağlı olarak MS tanısı konulur. İmmunoglobulinler serumda bulunan immün glikoproteinlerdir. B hücreleri tarafından üretilen bu Y şekilli glikoproteinler düşman patojenleri yokederler. İmmüoglobulinler B hücrelerinde sentezlendikten sonra posttranslasyonel bir modifikasyon olan glikozillenmeye uğrarlar. Bu immünoglobulinlerin 297.Asparajin aminoasidinin (Asn297) azot (N) atomuna bağlanan glikanlar proteinin fonksiyonlarını düzenler. Bu modifikasyon çeşitli kromatografik ve kütle spektroskopisine dayalı yöntemlerle analiz edilebilirler. Bu analizler sonucunda da hasta ve sağlıklılar arasındaki glikan motiflerinin farkları ve yoğunlukları belirlenerek hastalıklara karşı belirteçler ve hastalıkların moleküler mekanizmalarını aydınlatacak bilgiler elde edilebilir. MALDI-TOF tekniği de sık kullanılan bir kütle spektroskopisi yöntemidir. Bu tez çalışmasında OKB sonuçlarına göre 5 tipe ayrılmış hasta örneklerinden IgG'ler izole edilmiş, izole edilen IgG'lerden PNGase F ile glikanlar koparılmış, koparılan glikanlar etil esterifiye edilerek türevlendirilmiş, türevlendirilmiş bu glikanlar pamuk kolon kullanılarak izole edilmiş ve MALDI-TOF kütle spektroskopisiyle analiz edilmiştir. Analiz sonucu OKB tiplerine göre istatistiki anlamlı glikanlar ve glikan grupları belirlenmiştir

Özet (Çeviri)

Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune neurodegenerative disease. It is the most common neurodegenerative disease among young people, with symptoms typically beginning between the ages of 20 and 40. The disease occurs when the body's own defence cells attack the myelin sheath, the lipid layer that surrounds the nerve cells, causing damage to the nerve cells. The most commonly used method to diagnose MS is oligoclonal band analysis (OCB). OCB is performed using serum and cerebrospinal fluids. The results of OCB are used to diagnose MS based on the patterns of immunoglobulins. Immunoglobulins are immune glycoproteins found in serum. These Y-shaped glycoproteins, produced by B cells, destroy hostile pathogens. After synthesis in B cells, immunoglobulins undergo glycosylation, a posttranslational modification. The attachment of glycans to the N (nitrogen) atom of the 297th asparagine amino acid of immunoglobulins regulates the solubility and function of the protein. This modification can be analysed by various chromatographic and mass spectroscopic methods. As a result of these analyses, the differences and intensities of glycan motifs between patients and healthy subjects can be determined, and information can be obtained to elucidate disease markers and molecular mechanisms of diseases. MALDI-TOF is also a frequently employed mass spectrometry technique. In this thesis, immunoglobulin G's were isolated from patient samples, which were divided into five categories according to OCB results. The glycans were cleaved from the isolated immunoglobulins with PNGase F, and the cleaved glycans were ethyl esterified. Derivatised glycans were isolated using a cotton column and analysed by MALDI-TOF mass spectrometry. The results of the analysis led to the identification of statistically significant glycans and glycan groups, which were correlated with the OCB types.

Benzer Tezler

  1. The effectts of stress treatments on glycan profiling in soybean proteins

    Stres uygulamalarının soya proteinleri glikan profilleri üzerindeki etkileri

    İREM EZGİ YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    GenetikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN

  2. Glikomik yaklaşımları kullanılarak et ürünlerinin sınıflandırılması

    Classification of meat products using glycomic approaches

    AHMAT ADAM AMIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikKarabük Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HACI MEHMET KAYILI

  3. Kütle spektrometresi temelli kliniksel glikomik çalışmalarına yönelik bir makine öğrenmesi uygulaması

    A machine learning application for mass spectrometry based clinical glycomic studies

    DENİZ BARAN DEMİRHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyokimyaKarabük Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI MEHMET KAYILI

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN YILMAZ

  4. Denizkestanesi Paracentrotus lividus'un yumurta jel kılıfı glikoproteinlerinin izolasyonu ve glikan profilinin MALDI-TOF-MS ve LC-MS/MS sisteminde glikomik yaklaşımla belirlenmesi

    Isolation of egg jelly coat glycoproteins of sea urchin paracentratus lividus and identification of glycan profile by MALDI-TOF/MS and LC-MS/MS system using the glycomics approach

    UMUT ŞAHAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. REMZİYE DEVECİ

  5. Kütle spektrometrisi temelli glikomik ve makine öğrenimi ile bal tiplerinin sınıflandırması

    Mass spectrometry-based glycomics and machine learning for classification of honey types

    SAAD MASRI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikKarabük Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HACI MEHMET KAYILI