Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemleri kullanılarak G protein-bağlı reseptörler için aday ilaç molekülleri tahmin ve tasarım çalışması
Prediction and design study of candidate drug molecules for G protein-coupled receptors using computer aided drug design methods
- Tez No: 884148
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜZİN TUNCA ALPARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Bir ilacın keşfi ve tasarımı, çok zaman ve maliyet gerektiren karmaşık bir süreçtir. Gelişen teknoloji ve bilgisayar işlem gücü ile Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı yaklaşımları, ilaç keşfi ve tasarımında önemli bir yere sahip olan ve geleneksel yöntemlerin kısıtlamalarını aşan yöntemlerdir. Farklı sistem ve hastalık türlerinde aktif rol oynamaları ile dikkat çekici terapötik hedeflerin başında G Protein-Bağlı Reseptörler (GPCR) gelmektedir. GPCR'lerin üç boyutlu yapı bilgilerinin giderek artması, onları Yapıya Dayalı İlaç Tasarımı çalışmaları için ilgi çekici hale getirmiştir. Yapısal bilgileri bilinmesine rağmen henüz endojen molekülü tanımlanmamış pek çok yetim (orphan) GPCR vardır. Merkezi sinir sistemi hastalıklarında rol oynayan bir yetim GPCR olan GPR52'nin üç boyutlu yapısının 2020 yılında belirlenmesi ilaç hedefi olarak öne çıkmasını sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, yapıya dayalı ilaç tasarımı teknikleri kullanılarak GPR52 için olası öncü ilaç molekül adayı bulunması hedeflenmiştir. GPR52 için küçük molekül kütüphanesi hazırlama, farmakofor modelleme, moleküler yerleştirme, konsensüs skorlama, moleküler dinamik simülasyonları, bağlanma serbest enerjisinin hesaplanması ve in silico farmakokinetik çalışmaları yapılmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen moleküllerin in vitro ve in vivo deneyleri için aday olabileceği veya yeni ilaç keşfi ve geliştirme çalışmalarında öncü ilaç molekül adayları olarak kullanılabileceği beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
The discovery and design of a drug is a complex process that requires a lot of time and cost. With the advancement of technology and computational power, Computer- Aided Drug Design approaches have become more critical in drug discovery and design and overcome the limitations of traditional methods. G Protein-Coupled Receptors (GPCRs) are one of the most attractive therapeutic targets due to their active role in different systems and disease types. The increasing three-dimensional structure information of GPCRs has made them interesting for Structure-Based Drug Design (SBDD) studies. There are many orphan GPCRs whose endogenous molecules have not yet been identified, although their structural information is known. The discovery of the three-dimensional structure of GPR52, an orphan GPCR involved in central nervous system diseases, in 2020 made it stand out as a drug target. In this thesis study, it is aimed to find a possible lead drug molecule candidate for GPR52 by using structure-based drug design techniques. The study comprises many SBDD methods including preparation of a small molecule library, pharmacophore modelling, molecular docking, consensus scoring, molecular dynamics simulations, calculation of binding free energy and in silico pharmacokinetic studies for GPR52. It is expected that the molecules obtained as a result of the study may be candidates for in vitro and in vivo experiments or could be used as lead drug molecule candidates in new drug discovery and development studies.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Nörodejeneratif hastalıkların tedavisinde önemli rol oynayan monoamin oksidaz enzim (mao) inhibitörlerin bilgisayar destekli yöntemler kullanılarak tasarlanması
Design of monoamine oxidase enzyme (mao) inhibitors play important role in the treatment of neurodegenerative diseases using computer aided methods
YUSUF SERHAT İŞ
Doktora
Türkçe
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Fragment-based drug design for prostate cancer
Prostate kanserine yönelik parça bazlı ilaç tasarımı
HALİSE BÜŞRA ANGIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyokimyaKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN TÜRKAY
- Moleküler modelleme yöntemleri ile organik yarı iletkenlerin bant aralıklarının incelenmesi ve bilgisayar destekli ilaç tasarımı
Investigation of band gap of organic semiconductors by molecular modeling methods and computer aided drug design
PINAR SEYİTDANLIOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ÜNALEROĞLU
PROF. DR. PERVİN ÜNAL CİVCİR
- Hesaplamalı kimya destekli anti-influenza nöraminidaz ilaç tasarımı
Computer aided drug design supported anti-influenza neuraminidase drug design
MURAT KURT
Doktora
Türkçe
2022
KimyaDicle ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECMETTİN PİRİNÇÇİOĞLU
DOÇ. DR. SELAMİ ERCAN