Geri Dön

Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması

Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method

  1. Tez No: 886232
  2. Yazar: CANSU ÖĞE
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NACİ ÇİNE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Onkoloji, Biyoloji, Genetics, Oncology, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Kanser, dünya genelinde etkisi kanıtlanmış yüksek mortalite ve morbidite oranına sahip bir hastalıktır. Kanser hastalığından mustarip kişiler için ciddi bir maliyet yükü sebebidir. Görülme sıklığının en yüksek olduğu kanser türü meme kanseri iken bunu sırasıyla takip eden diğer türler akciğer/bronş, prostat, kolon/rektum, melanom, mesane, non-Hodgkin lenfoma, böbrek/böbrek pelvisi, endometriyum, lösemi, pankreas, tiroid ve karaciğer kanserleridir. Solid tümörler, malign veya benign olabilmektedir. Malign katı tümörler, hücrelerin düzensiz bir şekilde büyüyüp yayılma eğiliminde olduğu türdür. Benign katı tümörler, genellikle sınırlı bir bölgede ve yerel olarak büyüme eğilimindedir. Bu nedenle Solid tümör kansere yönelik yapılacak olan bu araştırma kapsamında; yeterli sayıda hastadan elde edilen mutasyonların karşılaştırılması, genlerin ilişkilerinin ortaya çıkarılması, kansere sebep olabilecek yeni genetik mutasyonların tespit edilmesi, biyobelirteçlerin keşfi, moleküler profil oluşturma ve hedefe yönelik ilaç tasarımı ve hastalığın genetik epidemiyolojisine ilişkin yeni bilgilerin literatüre eklenmesi ve bu sayede, benzer bulgulara sahip kanser hastalarının tedavisine bir katkı sağlanması amaçlanmıştır. Yöntem: Kolorektal, akciğer, tiroid, endometrium ve malign melanom kanser tanılı 142 olgu çalışmaya dahil edilmiş olup, olup, daha ileri genetik inceleme için hücrede çeşitli sinyal yolaklarında görevli 22 genin (AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, TP53) tüm kodlayıcı bölgelerinin incelenmesi yeni nesil dizi analizi (NGS) ile yapılmıştır. Saptanan varyasyonlar kılavuzlara göre sınıflandırılarak patojenik, olası patojenik ve klinik önemi belirsiz şeklinde, olguların klinik bulgularıyla birlikte değerlendirilmiş, sıklıkları belirlenmiş ve hastalığın seyri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Bulgular: Solid tümör testi kapsamında 142 hastadan alınan FFPE doku kesitlerinden genomik DNA(gDNA) izole edilerek AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET ve TP53 gen bölgeleri taranmıştır. Ancak 5 olguda (%3,5) yeterli miktarda gDNA elde edilemediğinden çalışmaya alınamamıştır. 15 olguda (%10,56) ise taranan gen bölgelerinde herhangi bir varyasyon saptanmamıştır. Belirtilen gen bölgeleri taranan 142 solid tümör paneline alınan hastaların %63'ünde TP53, %27'sinde KRAS, %14'ünde BRAF, %9'unda PIK3CA, %8'inde ERBB2, %7'sinde EGFR, %7'sinde PIK3CA, %5'inde NRAS, %3 PDGFRA, %2'sinde NRAS, %2'sinde KIT, %2'sinde CTNNB1, %1'inde AKT1, %1'inde RET ve %1'inde BRAF ve %0,7'sinde ESR1, RAF1 ve genlerinde çeşitli varyasyonlar saptanmış olup, ALK, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, MET ve ERBB3 genlerinde herhangi bir varyasyon saptanmamıştır. Çalışma sonucunda 218 varyantın 167'si (%76,6) patojenik (P), 16'sı (%7,3) olası patojenik (LP), 35'i (%16) ise klinik önemi belirsiz (VUS) varyanttır. Değişimlerin 166'sı missense (yanlış anlamlı), 16'sı stop gained (dur kodonu kazanımı), 23'ü frameshift (çerçeve kayması), 13'ü splicing (uçbirleştirme) mutasyonlardır. Sonuç: Solid tümör paneli sayesinde tespit edilen gen mutasyonlarına özgü hedef ilaç tedavisi ile hastaların minimum yan etkiyle maksimum tedavi almasını sağlayarak mümkün olduğunca en iyi şekilde yaşam kalitesini arttırarak hayatta kalmasını sağlamaktır. Solid tümör panelinin diğer panellerden ayıran, dokudan DNA izole edilmesi ve dokuya spesifik mutasyon saptama olanağı sağlamasıdır ve bu sayede mutasyon ile ilişkili mutasyonu hedef alarak ilaç tedavisi hastaya uygulanabilecektir.

Özet (Çeviri)

Objective: Cancer is a disease with proven high mortality and morbidity rates worldwide. For individuals suffering from cancer, it is a significant financial burden. While breast cancer is the most frequently diagnosed type of cancer, it is followed by lung/bronchus, prostate, colon/rectum, melanoma, bladder, non-Hodgkin lymphoma, kidney/renal pelvis, endometrium, leukemia, pancreas, thyroid, and liver cancers. Solid tumors can be either malignant or benign. Malignant solid tumors are characterized by irregular cell growth and a tendency to spread. Benign solid tumors generally grow locally and remain confined to a specific area. Therefore, within the scope of this research on cancer in solid tumors, the aim is to compare mutations obtained from a sufficient number of patients, reveal the relationships of genes, identify new genetic mutations that may cause cancer, discover biomarkers, create molecular profiles, design targeted drugs, and add new information on the genetic epidemiology of the disease to the literature. This, in turn, is intended to contribute to the treatment of cancer patients with similar findings. Method: A total of 142 cases diagnosed with colorectal, lung, thyroid, endometrium, or malignant melanoma cancers were included in the study. For further genetic analysis, all coding regions of 22 genes (AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, TP53) involved in various cellular signaling pathways were examined using next-generation sequencing (NGS). The detected variations were classified according to guidelines as pathogenic, likely pathogenic, and of uncertain clinical significance. They were evaluated along with the clinical findings of the cases, their frequencies were determined, and their effects on the course of the disease were examined. Results: Genomic DNA (gDNA) was isolated from FFPE tissue sections taken from 142 patients under a solid tumor test. The AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, and TP53 gene regions were screened. However, 5 cases (3.5%) were excluded from the study because sufficient gDNA could not be obtained. In 15 cases (10.56%), no variations were detected in the screened gene regions. Among the 142 patients included in the solid tumor panel with screened gene regions, variations were detected in 63% of TP53, 27% of KRAS, 14% of BRAF, 9% of PIK3CA, 8% of ERBB2, 7% of EGFR, 7% of PIK3CA, 5% of NRAS, 3% of PDGFRA, 2% of NRAS, 2% of KIT, 2% of CTNNB1, 1% of AKT1, 1% of RET, and 1% of BRAF genes. Additionally, 0.7% of ESR1, RAF1 genes had various variations, while no variations were detected in ALK, FOXL2, GNA11, GNAQ, IDH1, IDH2, MET, and ERBB3 genes. The study identified 218 variants, of which 167 (76.6%) were pathogenic (P), 16 (7.3%) were likely pathogenic (LP), and 35 (16%) were variants of uncertain significance (VUS). Among the changes, 166 were missense, 16 were stop gained, 23 were frameshift, and 13 were splicing mutations. Conclusions: The goal of targeted drug therapy specific to gene mutations detected through the solid tumor panel is to ensure that patients receive maximum treatment with minimum side effects, thereby enhancing their quality of life as much as possible and increasing their chances of survival. What distinguishes the solid tumor panel from other panels is the ability to isolate DNA from tissue and detect tissue-specific mutations, allowing for targeted drug therapy by targeting mutations associated with the mutation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1004449

    Solid tümörlerde yeni nesil dizileme yöntemiyle saptanan genetik mutasyonların tedaviyi yönlendirmeye katkısı

    The role of genetic mutations identified through next-generation sequencing in guiding treatment of solid tumors

    CEREN YAZKAÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    İç Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NAZİYE AK

  2. Tez No

    465412

    Lignoselülozik içerikli biyokütle ile beslenen anaerobik çürütücülerde Clostridium thermocellum'un biyogaz üretimine etkisi

    Bioaugmentation with Clostridium thermocellum in the anaerobic digestion of lignocellulosic biomass

    BÜŞRA ECEM ÖNER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN İNCE

  3. Tez No

    985737

    Çataloğlu kayısı çeşidinin klon seleksiyonu ve moleküler karekterizasyonu

    Clonal selection and molecular characterization of çataloğlu apricot variety

    DİDEM KOŞAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BURHANETTİN İMRAK

  4. Tez No

    808589

    Particle detection and signal analysis in nanopores

    Nanogözeneklerde parçacık algılama ve sinyal analizi

    DÜRDANE YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ DİNLER

    DOÇ. DR. KAAN KEÇECİ

  5. Tez No

    709733

    Türkiye'de bulunan kanatlı işletmelerinde aviadenovirus'un moleküler epidemiyolojisi üzerine bir araştırma

    A research on molecular epidemiology of aviadenovirus in commercial poultry flocks in Turkey

    İSMAİL ŞAHİNDOKUYUCU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZAFER YAZICI

Geri Dön