Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde hedefleyici peptitin ortak reseptörünün araştırılması
Investigation of the common receptor of a targeting peptide in molecular subtypes of breast cancer
- Tez No: 888074
- Danışmanlar: PROF. DR. BARBAROS NALBANTOĞLU, DR. ÖĞR. ÜYESİ GAMZE YEŞİLAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Moleküler Tıp, Biochemistry, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Meme kanseri, dünya genelinde kadınlarda kanser ölümlerinin önemli bir kısmını oluşturmaktadır. Meme kanseri heterojen bir hastalık olup östrojen, progesteron ve HER2 gibi reseptörlerin varlığına bağlı olarak Luminal A, Luminal B, HER2+ ve üçlü negatif olmak üzere moleküler alt tiplere ayrılmaktadır. Bu sebeple, her alt tip için uygun tedavi yöntemlerine ihtiyaç bulunmaktadır. Tümör ile ilişkili peptitler, tümör yüzeyinde bulunan spesifik reseptörlere bağlanarak hedefe yönelik tedavi veya görüntüleme amaçlı kullanılabilmektedir. Stabil bir tümör hedefleyici peptit olan peptit 18-4'ün (p18-4) Luminal A alt tipi hücre hattında (MCF-7) Keratin-1'e (SK1) bağlandığı literatürde belirtilmiştir (Soudy vd., 2011, 2017). Meme kanserinin birden fazla alt çeşidinde yapılan çalışmalarda p18-4'ün meme kanseri hücre hatlarına yüksek oranda bağlanabildiği ve hücre içine alımı olduğu görülmüştür. Bu sebeple, ortak bir reseptörün varlığının bu tez kapsamında ayrıntılı bir şekilde araştırılması hedeflenmiştir. Meme kanseri hücre hatlarından membran xix proteinlerini yüksek verimlilikle izole etmek amacıyla farklı yöntemler denenip optimize edilmiştir. Stiren-maleik asit lipid partiküllerinin (SMALP), membran proteinlerini yüksek verimlilikle izole ettiği gözlemlenmiştir. Ayrıştırılan proteinler afinite kromatografisinde p18-4 ile konjuge olmuş resin yardımıyla izole edilmiştir ve negatif kontrol olarak rastgele peptit dizisi ile konjuge edilmiş resinden elüsyon edilen proteinler kullanılmıştır. Elde edilen proteinler tripsin ile sindirilmiştir ve protein fraksiyonları LC-MS ile incelenerek p18-4'e özgüllük gösteren reseptörlerin analizi gerçekleştirilmiştir. Analiz sonucunda MDA-MB-231 ve AU565 hücre hatlarında kalmodulin-3, kalretikulin ve laktoilglutatyon liyaz olmak üzere ortak 3 aday belirlenmiştir. BT-474 hücre hattında kreatin kinaz ve T-47D hücre hattında ise protein pikolo proteinleri p18-4'e özgüllük göstermiştir. Bu bulgular, p18-4'ün meme kanserinin farklı moleküler alt tiplerinde değişen özgüllükte farklı proteinlerle etkileşime girdiğini göstermektedir. Bu tez çalışmasında, meme kanserinin heterojen doğası sebebiyle tek bir biyobelirteç üzerinden hedefleme yapılmasının zorluğu ve biyobelirteç keşfinde hücre tipine özgün hedeflerin önemini vurgulamaktadır. İlerleyen çalışmalarda, bu farklılıkların derinlemesine araştırılması ve ortak bir biyobelirtecin belirlenmesi, hedeflemeye yönelik stratejilerin geliştirilmesine katkı sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer constitutes a significant portion of cancer-related deaths among women worldwide. As a heterogeneous disease, breast cancer is classified into molecular subtypes based on the presence of receptors such as estrogen, progesterone, and HER2, resulting in categories like Luminal A, Luminal B, HER2+, and triple negative. Consequently, appropriate treatment strategies are required for each subtype. Tumor-associated peptides can be used for targeted therapy or imaging by binding to specific receptors on the tumor surface. The stable tumor-targeting peptide 18-4 (p18-4) has been reported to bind to Keratin-1 (CK1) in the Luminal A subtype cell line (MCF-7) (Soudy et al., 2011, 2017). p18-4 has been shown to bind and being internalized into multiple breast cancer cell lines. Therefore, this thesis aims to investigate the presence of a common receptor in detail. Various methods were tested and optimized to isolate membrane proteins with high efficiency from different breast cancer cell lines. Styrene-maleic acid lipid particles (SMALP) were observed to isolate membrane proteins with high efficiency. The isolated proteins were eluted using resin conjugated with p18-4 in xxi affinity chromatography, and proteins obtained with resin conjugated with a randomly selected peptide sequence were used as negative control. The proteins were digested with trypsin and the protein fractions were analyzed using LC-MS to identify receptors specific to p18-4. Results showed that calmodulin-3, calreticulin, and lactoylglutathione lyase were identified as three common candidate proteins in the MDA-MB-231 and AU-565 cell lines. In contrast, creatine kinase was specific to the BT-474 cell line, and the piccolo protein was specific to the T-47D cell line. These findings suggest that p18-4 interacts with different proteins exhibiting varying specificity across different molecular subtypes of breast cancer. This thesis emphasis the challenge of targeting a single biomarker due to the heterogeneous nature of breast cancer and highlights the importance of cell type-specific targets in biomarker discovery. Future studies should investigate deeper into these differences and aim to identify a common biomarker, which could contribute to the development of more effective targeting strategies.
Benzer Tezler
- Effect of doxorubicin and microrna-140-3p on pd-L1 expression in colon cancer
Kolon kanserinde doxorubıcın ve mıcrorna-140-3p'nin pd-L1 ifadesine olan etkisi
NOEL MOPOUGUINI NABA
Doktora
İngilizce
2020
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. AYÇA SAYI YAZGAN
- Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde görülen dinamik kontrastlı meme MRG bulgularının bırads tanımlayıcılarına göre değerlendirilmesi
Evaluation of dynamic contrast breast MRİ findings in molecular subtypes of breast cancer according to birads descriptions
NİGAR ERKOÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞEGÜL AKDOĞAN GEMİCİ
- Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde DNA hasarı onarımında tıp60 proteininin rolünün incelenmesi
Examining the role of tip60 protein in repair of DNA damage in molecular subtypes of breast cancer
ECE SALİHOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaGazi ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVGİ AKAYDIN
PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
- Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde C-MYC ve TNK2 genlerinin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi
Investigation of the expression levels of C-MYC and TNK2 genes in molecular subtypes of breast cancer
GAMZE TAŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
- Meme kanserli hastalarda GGT5 ve GGT7 ekspresyonlarının incelenmesi
Investigation of GGT5 and GGT7 expressions in breast cancer patients
DİLEK GÜNGÖR