Karacabey merinosu koyunlarında meme konformasyon özellikleri ile ilişkili olabilecek genlerin genom boyu ilişkilendirme analizleri (GWAS) ile araştırılması
An investigation of genes that would be associated with udder conformation characteristics in karacabey merino sheep by genome wide association analysis (GWAS)
- Tez No: 888310
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHİTTİN ÖZDER, DOÇ. DR. YALÇIN YAMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zootekni Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Çalışmada Karacabey Merinosu koyunlarında meme konformasyon özelliklerini etkileyen genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 228 baş Karacabey Merinosu koyunundan oluşan bir populasyondan 10 meme özelliğine ilişkin fenotipik veriler toplanmış ve tüm hayvanlar için genotiplendirme yapılmıştır. Elde edilen verilerin genom boyu ilişkilendirme analizleri (GWAS) sonrasında 10 meme konformasyon özelliği ile genom boyu ilişkili 24 SNP, kromozom boyu ilişkili 9 SNP olmak üzere toplam 33 SNP bölgesi tespit edilmiştir. Tanımlanan 33 SNP'in, 29 farklı genin 500 KB içerisinde veya yakınında olduğu ve 10 farklı meme konformasyon özelliği ile ilişkili bulunduğu görülmüştür. Meme özelliklerine ilişkin genler arasında meme başı uzunluğu için ROR1, COLEC12, GRID1; meme başı genişliği için KCNN2, RBMS3, ENSOARG00020013095, TMEM241; iki meme başı arası uzaklık için SDR16C5; meme başı yerleşimi için HSF2BP, DIRAS2, SLC26A4, ENSOARG00020012980; meme derinliği için TFEC, SLC2525A13; iki yarının ayrılma derecesi için UBXN10, TMEM182, USP46, CACNA2D3, ENSOARG00020034008; meme başı tipi için ENSOARG00020035000, SMAD3, GRHL2; meme formu için ADRA1A, SLC25A21; meme bağlantısı için MRPL3, MTHFD1L, ANKH, SRRM4 ve SLC25A21 genleri tespit edilmiştir. Bu çalışma sonuçları Karacabey Merinosu koyunlarında meme özellikleri bakımından erken dönemlerde damızlık seçimi için microarray SNP çip teknolojisinden yararlanılması ile meme konformasyonuna etkili olası SNP'lerin ortaya çıkarılması ve genomik seleksiyonda kullanılma olanaklarının belirlenmesi açısından önem arz etmektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of study was identify genes affecting udder conformation traits in Karacabey Merino sheep. Phenotypic data of 10 udder traits were collected from a population of 228 Karacabey Merino sheep, and genotyping was performed on all animals by this aim. After conducting genome-wide association studies (GWAS) on the obtained data, a total of 33 SNP regions were identified: 24 SNPs associated with udder conformation traits on a genome-wide association and 9 SNPs associated with chromosomal-wide association. It was observed that 29 of the identified 33 SNPs are located within or near 500 KB of 29 different genes and are associated with 10 different udder conformation traits. Among the genes related to udder conformation traits, ROR1, COLEC12, GRID1 were identified for teat length; KCNN2, RBMS3, ENSOARG00020013095, TMEM241 for teat width; SDR16C5 for distance between teats; HSF2BP, DIRAS2, SLC26A4, ENSOARG00020012980 for teat placement; TFEC, SLC2525A13 for udder depth; UBXN10, TMEM182, USP46, CACNA2D3, ENSOARG00020034008 for udder quarter separation; ENSOARG00020035000, SMAD3, GRHL2 for teat type; ADRA1A, SLC25A21 for udder shape; and MRPL3, MTHFD1L, ANKH, SRRM4, and SLC25A21 for udder attachment. The results of this study was indicated that the using of microarray SNP chip technology in early-stage breeding selection based on udder traits in Karacabey Merino ewes is importand for identifying potentially influential SNPs for udder conformation, and determination of possibilities for their use in genomic selection.
Benzer Tezler
- Karacabey Merinosu koyunlarında canlı ağırlık ve çeşitli vücut ölçüleri arasındaki ilişkilerin araştırılması
The investigation of relationship between live weight and body measurements in Karacabey Merino sheep
ÖNDER EKEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESER KEMAL GÜRCAN
- Karacabey merinosu koyunlarında başın morfolojik özellikleri ile verim arasındaki ilişki
The relationship between the morphological properties of the head and the production in Karacabey merino sheep
HAKKI TÜRKER KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAHYA TUNCAY TUNA
DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET REFİK ÖNAL
- Karacabey merinosu koyunların yarı-entansif koşullarda kuzulama aralığının kısaltılması üzerine bir çalışma
A Study on the decrease lambing interval of Karacabey merino sheep under semi-intensive conditions
EMEL SEVAL BATMAZ
Doktora
Türkçe
1993
Veteriner HekimliğiUludağ ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN BAŞPINAR
- Koyunlarda laktasyon dönemi besleme koşullarının flushing üzerindeki etkileri
The effect of feeding level during lactation period on flushing in sheep
MESUT YILDIRIR
Doktora
Türkçe
2012
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. İ. YAMAN YURTMAN
- Türkiye yerli koyun ırkları ile bazı melez koyun genotiplerinin yapağı özellikleri ve yapağılarının sanayide kullanılabilirliği üzerine bir araştırma
A research on fleece characteristics of Turkish local sheep breeds and some crossbred sheep and evalution of their wools in manufacture
H. ŞEBNEM KARA UZUN