Geri Dön

LZTR1'in Hep3B hepatoselüler karsinom hücre hattındaki transkripsiyonel etkilerinin araştırılması

Investigation of the transcriptional effects of LZTR1 in the Hep3B hepatocellular carcinoma cell line

PDF İndir

  1. Tez No: 890894
  2. Yazar: SONER KARABULUT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKHAN YILDIZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: CRISPR, Karsinoma-hepatoselüler, CRISPR, Carcinoma-hepatocellular
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Karaciğer kanseri, dünyada en sık teşhis edilen kanser tipleri arasında yedinci, kansere bağlı ölüm nedenleri arasında üçüncü sıradadır. Primer karaciğer kanserlerinin, %85'ini hepatoselüler karsinom (HCC) oluşturmaktadır. Leucine zipper like post translational regulator 1 (LZTR1) geni tarafından kodlanan LZTR1 proteini, hücre içinde kanonik RAS ve kanonik olmayan RIT1 proteinlerini poliubikitinleyerek RAS/ mitogen activated protein kinase (RAS/MAPK) sinyalininin azalmasında rol oynar. LZTR1'in HCC'de sıklıkla mutasyona uğradığı ve tümör baskılayıcı olduğu tespit edilmiştir. LZTR1'in nakavt edilmesinin HCC hücrelerinde neden olduğu transkripsiyonel değişiklikler araştırılmamıştır. Bu tez çalışmasında, Hep3B hücre hattında LZTR1'in nakavt edilmesinin ekspresyonel değişiklikler üzerine etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda CRISPR/Cas9 yöntemiyle LZTR1 geninin nakavt edilmesi, LZTR1 nakavt ve kontrol hücrelerin RNA örnekleriyle karşılaştırmalı transkriptomik analizler yaparak Hep3B hücrelerinde LZTR1 geninin yol açtığı ekspresyon değişikliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu hedef doğrultusunda, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak LZTR1'in nakavt edildiği ve edilmediği Hep3B kolonileri hazırlandı. LZTR1 protein seviyeleri western blotlama yöntemiyle ve genomik DNA dizileri Sanger yöntemiyle analiz edilerek, LZTR1 nakavtı doğrulanmıştır. RNA dizileme analizlerinin sonucunda, LZTR1'in nakavt edilmesi 20'si LncRNA olmak üzere 117 genin ifadesini >1.5 kat (p<0.05) değiştirdiğini ortaya koymuştur. Gen seti zenginleşme analizleri (GSEA), LZTR1 ifade edildiğinde gelişim ve farklılaşma, transkripsiyon düzenleme ve hücre sinyal iletimi biyolojik süreçleriyle ilişkili Gene Ontology (GO) terimlerinin zenginleştiğini ortaya çıkardı. qRT-PCR yöntemiyle yaptığımız validasyon deneylerinin sonuçları, RNA dizileme sonuçlarıyla uyumlu olarak (R2: 0.96) cadherin 11 (CDH11), tribbles pseudokinase 2 (TRIB2) ve KLF transcription factor 5 (KLF5) gen ekspresyonlarının LZTR1 nakavt hücrelerde arttığını, vimentin (VIM), angiomotin like 1 (AMOTL1), bone morphogenetic protein 7 (BMP7) ve reelin (RELN) gen ekspresyonlarının ise azaldığını gösterdi. Bu tez çalışmasının sonucunda LZTR1'in HCC'deki transkripsiyonel düzenleyici işlevlerinin aydınlatılmasına katkı sağlayacak veriler elde edilmiş olup, bu bulguların LZTR1'in HCC'deki rolünün daha iyi anlaşılmasına fayda sağlayabileceği öngörülmektedir.

Özet (Çeviri)

Liver cancer is the seventh most frequently diagnosed cancer type in the world and the third leading cause of cancer-related deaths. Hepatocellular carcinoma (HCC) accounts for 85% of primary liver cancers. The LZTR1 protein, encoded by the leucine zipper-like post-translational regulator 1 (LZTR1) gene, plays a role in the reduction of RAS/mitogen-activated protein kinase (RAS/MAPK) signaling by polyubiquitinating canonical RAS and non-canonical-RIT1 proteins in the cell. LZTR1 is frequently mutated in HCC and has been found to be a tumor suppressor. Transcriptional changes induced by LZTR1 knockdown in HCC cells have not been investigated. In this thesis, we aimed to investigate the effects of LZTR1 knockout on expression changes in the Hep3B cell line. For this purpose, the LZTR1 gene was knockout by the CRISPR/Cas9 method. Comparative transcriptomic analysis of RNA samples of LZTR1 knockout and control cells aimed to determine the expression changes caused by the LZTR1 gene in Hep3B cells. For this purpose, Hep3B colonies with and without LZTR1 knockout were prepared using the CRISPR/Cas9 method. LZTR1 protein levels were analyzed using western blotting, and genomic DNA sequences were analyzed using the Sanger method to confirm LZTR1 knockout. RNA sequencing analyses revealed that knockout of LZTR1 altered the expression of 117 genes, including 20 LncRNAs, by >1.5-fold (p<0.05). Gene set enrichment analyses (GSEA) revealed that Gene Ontology (GO) terms associated with the biological processes of development and differentiation, transcription regulation, and cell signaling were enriched when the LZTR1 gene was expressed. Our validation experiments using qRT-PCR showed that the gene expressions of cadherin 11 (CDH11), tribbles pseudokinase 2 (TRIB2), and KLF transcription factor 5 (KLF5) were increased in LZTR1 knockout cells. Conversely, the gene expressions of vimentin (VIM), angiomotin-like 1 (AMOTL1), bone morphogenetic protein 7 (BMP7), and reelin (RELN) were found to be decreased. These findings are in line with the RNA sequencing results (R2= 0.96). As a result of this thesis study, data that will contribute to the elucidation of the transcriptional regulatory functions of LZTR1 in HCC were obtained and it is predicted that these findings may contribute to a better understanding of the role of LZTR1 in HCC.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    760718

    Kanser olgularında ve ailesel kanser yatkınlığı nedeniyle klinik ekzom dizi analizi yapılan olgularda sitokinler ve ilişkili sinyal yolaklarındaki değişiklikler

    Changes in cytokines and related signaling pathways in cases with cancer and familial cancer susceptibility by clinical exome sequencing analysis

    DERYA YAMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN

  2. Tez No

    1020548

    Noonan sendromu öntanısıyla başvuran hastalarda RAS-MAPK yolağındaki genlerin değerlendirilmesi ve genotip-fenotip korelasyonunun retrospektif olarak incelenmesi

    Evaluation of genes in the RAS-MAPK pathway and retrospective analysis of genotype-phenotype correlation in patients presenting with a preliminary diagnosis of noonan syndrome

    MAİDE KORKMAZ ÖZKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUSUF ÖZKUL

  3. Tez No

    777266

    Noonan sendromlu çocuklarda genotip fenotip ilişkisi

    Genotype phenotype correlation in children with noonan syndrome

    GİZEM NACAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAkdeniz Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BANU NUR

  4. Tez No

    797986

    Prenatal dönemde 1. ve 2. trimester ense kalınlığı artışında RAsopati ilişkili genetik varyasyonların araştırılması

    Investigation of genetic variations associated with RAsopathy in increased nuchal translucency during 1st and 2nd trimester of prenatal period

    ÇİSEM MAİL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikTrakya Üniversitesi

    Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN GÜRKAN

  5. Tez No

    802724

    Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome

    ELİF SARIKAYA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRA KILIÇ

Geri Dön