LZTR1'in Hep3B hepatoselüler karsinom hücre hattındaki transkripsiyonel etkilerinin araştırılması
Investigation of the transcriptional effects of LZTR1 in the Hep3B hepatocellular carcinoma cell line
- Tez No: 890894
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKHAN YILDIZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Karaciğer kanseri, dünyada en sık teşhis edilen kanser tipleri arasında yedinci, kansere bağlı ölüm nedenleri arasında üçüncü sıradadır. Primer karaciğer kanserlerinin, %85'ini hepatoselüler karsinom (HCC) oluşturmaktadır. Leucine zipper like post translational regulator 1 (LZTR1) geni tarafından kodlanan LZTR1 proteini, hücre içinde kanonik RAS ve kanonik olmayan RIT1 proteinlerini poliubikitinleyerek RAS/ mitogen activated protein kinase (RAS/MAPK) sinyalininin azalmasında rol oynar. LZTR1'in HCC'de sıklıkla mutasyona uğradığı ve tümör baskılayıcı olduğu tespit edilmiştir. LZTR1'in nakavt edilmesinin HCC hücrelerinde neden olduğu transkripsiyonel değişiklikler araştırılmamıştır. Bu tez çalışmasında, Hep3B hücre hattında LZTR1'in nakavt edilmesinin ekspresyonel değişiklikler üzerine etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda CRISPR/Cas9 yöntemiyle LZTR1 geninin nakavt edilmesi, LZTR1 nakavt ve kontrol hücrelerin RNA örnekleriyle karşılaştırmalı transkriptomik analizler yaparak Hep3B hücrelerinde LZTR1 geninin yol açtığı ekspresyon değişikliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu hedef doğrultusunda, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak LZTR1'in nakavt edildiği ve edilmediği Hep3B kolonileri hazırlandı. LZTR1 protein seviyeleri western blotlama yöntemiyle ve genomik DNA dizileri Sanger yöntemiyle analiz edilerek, LZTR1 nakavtı doğrulanmıştır. RNA dizileme analizlerinin sonucunda, LZTR1'in nakavt edilmesi 20'si LncRNA olmak üzere 117 genin ifadesini >1.5 kat (p
Özet (Çeviri)
Liver cancer is the seventh most frequently diagnosed cancer type in the world and the third leading cause of cancer-related deaths. Hepatocellular carcinoma (HCC) accounts for 85% of primary liver cancers. The LZTR1 protein, encoded by the leucine zipper-like post-translational regulator 1 (LZTR1) gene, plays a role in the reduction of RAS/mitogen-activated protein kinase (RAS/MAPK) signaling by polyubiquitinating canonical RAS and non-canonical-RIT1 proteins in the cell. LZTR1 is frequently mutated in HCC and has been found to be a tumor suppressor. Transcriptional changes induced by LZTR1 knockdown in HCC cells have not been investigated. In this thesis, we aimed to investigate the effects of LZTR1 knockout on expression changes in the Hep3B cell line. For this purpose, the LZTR1 gene was knockout by the CRISPR/Cas9 method. Comparative transcriptomic analysis of RNA samples of LZTR1 knockout and control cells aimed to determine the expression changes caused by the LZTR1 gene in Hep3B cells. For this purpose, Hep3B colonies with and without LZTR1 knockout were prepared using the CRISPR/Cas9 method. LZTR1 protein levels were analyzed using western blotting, and genomic DNA sequences were analyzed using the Sanger method to confirm LZTR1 knockout. RNA sequencing analyses revealed that knockout of LZTR1 altered the expression of 117 genes, including 20 LncRNAs, by >1.5-fold (p
Benzer Tezler
- Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome
ELİF SARIKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA KILIÇ
- Rasopatilerin moleküler etiyopatogenezinin yeni nesil dizileme ile aydınlatılması
Elucidating the molecular etiopathogenesis of rasopathies with next generation sequencing
ESMA NUR KONUR AKBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA DİLRUBA ASLANGER
- Kanser olgularında ve ailesel kanser yatkınlığı nedeniyle klinik ekzom dizi analizi yapılan olgularda sitokinler ve ilişkili sinyal yolaklarındaki değişiklikler
Changes in cytokines and related signaling pathways in cases with cancer and familial cancer susceptibility by clinical exome sequencing analysis
DERYA YAMAN
Doktora
Türkçe
2022
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
- Noonan sendromlu çocuklarda genotip fenotip ilişkisi
Genotype phenotype correlation in children with noonan syndrome
GİZEM NACAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikAkdeniz ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU NUR
- Prenatal dönemde 1. ve 2. trimester ense kalınlığı artışında RAsopati ilişkili genetik varyasyonların araştırılması
Investigation of genetic variations associated with RAsopathy in increased nuchal translucency during 1st and 2nd trimester of prenatal period
ÇİSEM MAİL
Doktora
Türkçe
2023
GenetikTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN GÜRKAN