The vibrational amplitude of atoms in proteins
Proteinlerde atomların titreşim genliği
- Tez No: 891407
- Danışmanlar: PROF. DR. HENRY R. GLYDE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: University of Delaware
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Farklı potansiyel enerji modellerinde, titreşimsel genliğin karesinin ortalamasının sıcaklığa bağlı olarak değişimini araştırmak için fonon teorisine (Self-Consistent Phonon Theory) dayanan oyuncak model sunulmaktadır. Deneysel sonuçlar, proteinlerdeki atomların yer değiştirmesinin karesinin ortalamasının, düşük sıcaklıklarda orta bir eğimle sıcaklıkla doğrusal olarak arttığını göstermektedir. Geçiş sıcaklığında, eğim dramatik bir şekilde artarak yüksek sıcaklıklarda çok daha büyük bir değere ulaşır. Oyuncak modelde, bu değişiklik yüksek sıcaklıklardaki harmonik olmayan katkılardan kaynaklanmaktadır. Farklı potansiyel modelleri seçeriz ve seçilen bu potansiyellerde bir atomun yer değiştirmesinin karesinin ortalaması bu oyuncak model kullanılarak hesaplanır. Daha sonra, deneysel sonuçları elde edebilecek en uygun potansiyel model belirlenir.
Özet (Çeviri)
A theoretical toy model based on the Self Consistent Phonon theory is presented to investigate how the mean square vibrational amplitude varies with temperature in different potential energy models. Experimental results show that the mean square displacement of atoms in proteins increases linearly with temperature with a modest slope at low temperatures. At a transition temperature, the slope increases dramatically to a much larger value at high temperatures. In the toy model, this change is attributed to anharmonic contributions at high temperatures. We choose different potential models and calculate the mean square displacement of an atom in these potentials by using this toy model. Then, we find the potential energy model which best reproduces the experimental results.
Benzer Tezler
- Comparison of local chain dynamics of cis-polybutadiene and cis-polysoprene based on cooperative kinematics theory
Kooperatif kinematik yaklaşımıyla cis-polibütadien ve cis-poliizopren'in yerel zincir dinamiklerinin karşılaştırılması
TANER ZAFER ŞEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İVET BAHAR
- Amonyum bileşiklerinde ....-faz geçişi yakınında özgül ısı hesaplaması ve Pippard bağlantılarının uygulanması
Calculation of specific heat and application of Pippard relations to ammonium halides near the ...-phase transition
AŞKIN YANIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. HAMİT YURTSEVEN
- Dynamic responce of two circular inclusions excited by sh wave in full space
Tam uzayda sh dalgalarıyla uyarılan iki dairesel kapsayıcının dinamik tepkisi
MEHRAN MOVAHED NEJAD
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDUL HAYIR
- Efficient computational models and methods for investigating local polymer dynamics
Verimli hesaplama model ve yöntemleri ile yerel polimer dinamiğinin araştırılması
CANAN BAYSAL
- Yapılarda hareket problemleri ve derz uygulamaları
Movement problems and joint applications in structures
HAKAN KARACA
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEMİ YÜCESOY