Fitoplazmaların kantitatif tespiti için droplet dijital PZR (DDPZR) tekniğinin geliştirilmesi
Development of droplet digital PCR (DDPZC) technic for quantitative detection of phytoplasmas
- Tez No: 891759
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ IŞIL TULUM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Botanik, Ziraat, Biology, Botany, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Botanik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Fitoplazmalar, zorunlu bitki patojeni olup, Mollicutes sınıfında yer alan hücre duvarı olmayan ve kültüre alınamayan Gram-pozitif bakterilerdir. Dünya genelinde 1000 kadar bitkiyi enfekte ederek önemli ölçüde verim kaybına ve ekonomik zararlara neden olmaktadırlar. Ayrıca fitoplazmalara karşı etkin bir tedavi mekanizması bulunmamakta olup hastalığın yayılmaması adına enfekte bitkiler sahadan uzaklaştırılmaktadır. Ancak fitoplazmaların tespiti hastalığın ileri aşamalarında mümkün olduğundan bu hastalığı erken evrelerinde tespit edebilecek yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Domates (Solanum lycopersicum L.) bitkisinde fitoplazma semptomları 2021 yazında Erzincan bölgesinde gözlemlenmiştir. Bu semptomların fitoplazma ile ilişkisini belirlemek amacıyla 16S rDNA bölgeleri hedef alınarak moleküler analizler gerçekleştirilmiştir. Kısaca, semptomatik domates örneklerinden izole edilen DNA evrensel fitoplazma primerleri (P1/P7 ve R16F2n/R2) ile nested-PCR tekniği ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri sekanslanarak BLAST ve sanal RFLP analizlerine tabi tutulmuştur. Analiz sonuçlarına göre domates bitkisinin Candidatus Phytoplasma trifolii ile enfekte olduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda Ca. P. trifolii ile enfekte olmuş DNA örnekleri kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve droplet dijital PCR (ddPCR) analizleri gerçekleştirilerek mutlak miktar tayinleri yapılarak iki yöntem arasındaki farklılıklar ortaya konmuştur. Sonuç olarak 16S rDNA bölgeleri hedef alınarak evrensel fitoplazma primerleri ile ilk defa ddPCR analizleri gerçekleştirilmiş olup fitoplazma gibi bitki içerisinde düşük titrelere sahip organizmalar için ddPCR yönteminin daha ideal bir yöntem olduğu vedaha hassas mutlak miktar tayini yapabildiği belirlenmiştir. Böylece fitoplazma ile enfekte olmuş bitkiler semptom göstermeden tespit edilerek hastalığın yayılmasının engellenmesi ve ekonomik kayıpların önüne geçilmesi hedeflenmektedir.
Özet (Çeviri)
Phytoplasmas are obligate plant pathogens which belonging to the class Mollicutes that are cell wall-less Gram positive bacteria and cannot be cultured. They infect over 1000 plants world-wide causing significant yield loss and economic losses. Moreover, there is no effective treatment againist phytoplasmas and best countermeasures are removing infected plants to prevent futher spreading of the disease. Unfortunately, phytoplasmas can only be detected in the late stages of the diseases, so there is a need for methods that can detect the disease in its early stages. Phytoplasma symptoms in tomato (Solanum lycopersicum L.) plants were observed in Erzincan region in the summer of 2021. In order to determine the associations of these symptoms with phytoplasma, molecular analyses were performed by targeting 16S rDNA regions. Briefly, DNA isolated from symptomatic tomato samples was amplified by nested-PCR with universal phytoplasma primers (P1/P7 and R16F2n/R2). The PCR products were sequenced and subjected to BLAST and virtual RFLP analysis. Based on the results of the analysis, tomato plants were found to be infected with Candidatus Phytoplasma trifolii. In this study, Ca. P. trifolii-infected DNA samples were quantified using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) and droplet digital PCR (ddPCR) and the differences between the two methods were demonstrated. As a result, ddPCR analyses were performed for the first time with universal phytoplasma primers targeting 16S rDNA regions and it was concluded that ddPCR method is a more suitable method for organisms with low titers in the plant such as phytoplasma and can make more precise absolute quantification. By this way, it is aimed to prevent the spread of the disease and prevent economic losses by detecting plants infected with phytoplasma before they show symptoms.
Benzer Tezler
- Kahramanmaraş ili kiraz bahçelerinde fitoplazmaların PCR/RFLP analizleriyle tanılanması, karakterizasyonu ve olası vektörlerin belirlenmesi
Detection and characterization by PCR/RFLP analyses of phytoplasmas in sweet cherry orchars in Kahramanmaras province and determination of possible vectors
BAHAR KARAPINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MONA GAZEL
- Şanlıurfa ili mısır üretim alanlarında hastalıklara neden olan fitoplazma etmenlerinin moleküler yöntemlerle saptanması ve filogenetik analizleri
Detection and phylogenetic analysis of phytoplasmas agebnts causing diseasesdi in corn production areas in Şanliurfa province by molecular methods
RAZİYE BAYIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHÇET KEMAL ÇAĞLAR
- İzmir ili erik bahçelerinde fitoplazmaların PCR/RFLP analizleriyle tanılanması, karakterizasyonu ve olası vektörlerin belirlenmesi
Detection and characterization by PCR/RFLP analyses of phytoplasmas in plum orchards in i̇zmi̇r provi̇nce and determination of possible vectors
FATMA CEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MONA GAZEL
- Şanlıurfa ili biber yetiştirme alanlarında bulunan fitoplazmaların yabancı ot konukçularının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Characterization and determination of weed hosts of phytoplasmas in the pepper growing areas of Şanlıurfa province
NESİBE KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatHarran ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR
- Şanlıurfa ili biber yetiştirilen alanlarda fitoplazmaların moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu
Detection and charcterization of phytoplasmas with molecular methods in the fields of pepper in Sanliurfa province
ZEHRA MEZRELİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatHarran ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR