Geri Dön

pAnox1 plazmitinin replikatif özelliklerinin in siliko ve in vitro deneylerle analizi

Analysis of replicative properties of pAnox1 plasmid by in silico and in vitro experiments

PDF İndir

  1. Tez No: 905310
  2. Yazar: HATİCE AYYILDIZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM GÜLER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis 05S15 bakterisinin barındırdığı bir plazmit olan pAnox1'in kodladığı transkriptlerin in siliko ve in vitro analizler ile replikatif özellikleri araştırılmıştır. pAnox1 plazmiti tarafından kodlandığı bilinen 3 transkript (ORF-1, ORF-3, ORF-5) için in siliko ve in vitro analizler gerçekleştirildi. Transkriptlerin proteine dönüşüp dönüşmediğinin belirlenmesi için yapılan çalışmalarda; plazmit curing, SDS-PAGE ve gümüş boyama analizleri sonucunda ORF-1 transkriptin bir protein kodladığı belirlendi ancak ORF-3 ve ORF-5 transkriptlerinin proteine dönüşüp dönüşmediği belirlenemedi. pAnox1 tarafından kodlanan ORF-1 transkriptin 903 bp, ORF-3 transkriptin 499 bp, ORF-5 transkriptin 211 bp kodladığı ortaya çıkarıldı. Kantitatif gerçek zamanlı PCR ile pAnox1'in hücre içindeki kopya sayısı yaklaşık olarak 127±2 olarak tespit edildi. pAnox1'in replikasyondan sorumlu proteini pET28a(+) vektörüne klonlandı, E.coli'de overekspres edildi ve saflaştırıldı. Biyoinformatik biyoinformatik analizler ve Docking simülasyonları ile plazmitin ori bölgesi, düzenleyici bölgeleri, Rep proteninin bağlanma özellikleri tespit edildi. Yapılan analiz sonucunda ORF-1 tarafından kodlanan transkriptin 37,3 kDa (313 aa) büyüklüğünde, ORF-3' ün 8,16 kDa (71 aa) büyüklüğünde ve ORF-5'in 7,59 kDa (67 aa) büyüklüğünde proteinler oluşturabileceği belirlendi.

Özet (Çeviri)

In this study, the replicative properties of transcripts encoded by pAnox1, plasmid harbored by Anoxybacillus gonensis 05S15 were investigated by in silico and in vitro analyses.In silico and in vitro analyses were performed for three transcripts (ORF-1, ORF-3, ORF-5) known to be encoded by the pAnox1 plasmid. In the studies conducted to determine whether the transcripts were translated into proteins, it was found that the ORF-1 transcript encoded a protein based on plasmid curing, SDS-PAGE, and silver staining analyses, but ORF-3 and ORF-5 transcripts were not translated into proteins. It was revealed that the ORF-1 transcript encoded 903 bp, ORF-3 transcript 499 bp, and ORF-5 transcript 211 bp. Using quantitative real-time PCR, the intracellular copy number of pAnox1 was determined to be approximately 127±2. The protein responsible for the replication of pAnox1 was cloned into the pET28a(+) vector, overexpressed in E. coli, and purified. Bioinformatic analyses and docking simulations identified the regulatory regions of the plasmid and the binding properties of the Rep protein.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    811238

    Anoxybacıllus gonensis 05s15'ten izole edilen yeni, küçük ve halkasal bir plazmitin (pAnox1) karakterizasyonu

    Characterization of a novel small and circular plasmid (pAnox1)isolated from Anoxybacillus gonensis 05s15

    GAMZE ÇUBUKCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM GÜLER

  2. Tez No

    608356

    Determination of optimal bioreactor operational strategy and unstructured macrokinetic model for recombinant human growth hormone production on ethanol by a novel Pichia pastoris pADH2-cAT8-L2 based system

    Pichia pastoris ile pADH2-cAT8-L2 promotor altında rekombinant insan büyüme hormonu üretimi için etanol-temelli biyoreaktör işletim stratejisi geliştirilmesi ve modellenmesi

    OMAR WEHBE AL MASRI WEHBE AL MASRI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyomühendislikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PINAR ÇALIK

  3. Tez No

    669930

    Akut iskemik inmeli hastalarda serum panneksin 1 düzeyinin enfarkt volümü ve prognozla ilişkisi

    The Relationship of Serum Pannexin 1 Level with Infarct Volume and Prognosis in Patients with Acute Ischemic Stroke

    YASEMİN ERDEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    NörolojiAtatürk Üniversitesi

    Nöroloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA ŞİMŞEK

  4. Tez No

    534211

    Paranchymal neuroinflammation in familial hemiplegic migrane TYPE 1 transgenic mouse model after cortical spreading depression

    Familyal hemiplejik migren tip 1 transgenik fare modelinde kortikal yayılan depresyona bağlı parankimal nöroinflamasyon

    ANISA DEHGHANI MOHAMMADI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    NörolojiHacettepe Üniversitesi

    Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜLYA KARATAŞ KURŞUN

  5. Tez No

    390278

    Hücre membranı yamayıcı molekülleri ile Panneksin1 megakanalı arasındaki olası ilişkinin araştırılması

    Investigation of the relationship between membrane sealing agents and Pannexin1 megachannel

    SEVDA LÜLE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyofizikHacettepe Üniversitesi

    Nörolojik ve Psikiyatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜLYA KARATAŞ KURŞUN

    PROF. DR. YASEMİN ÖZDEMİR

Geri Dön