Geri Dön

PCR VE DİZİLEME TABANLI MARKÖRLER KULLANILARAK TÜRKİYE YONCA GERMPLAZMASININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF TURKISH ALFALFA GERMPLASM USING PCR- AND SEQUENCING-BASED MARKERS

  1. Tez No: 905914
  2. Yazar: MELİHA FERYAL SARIKAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMAD AZHAR NADEEM, PROF. DR. MUHAMMAD ASIM
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Genetik çeşitlilik, Markörler, Moleküler karakterizasyon, PCR, Genetic diversity, Markers, Molecular Characterisation
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, Türkiye yonca (Medicago sativa L.) germplazmının moleküler karakterizasyonu PCR tabanlı SCoT ve iPBS-retrotranspozon markörleri ile dizileme tabanlı silicoDArT ve SNP markörleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışma materyalini Türkiye orijinli 86 yerel yonca genotipi ve 8 ticari çeşit olmak üzere toplam 94 genotip oluşturmuştur. Dizileme tabanlı analizlerde kalite kontrol sonrası 74 genotip değerlendirmeye alınmıştır. SCoT analizlerinde 12 primerden elde edilen 391 bandın 382'si, iPBS-retrotranspozon analizlerinde 25 primerden elde edilen 753 bandın 731'i polimorfik bulunmuş, polimorfizm oranları sırasıyla %97,70 ve %97,07 olarak belirlenmiştir. Kalite filtrelemesi sonrasında silicoDArT analizlerinde 8504, SNP analizlerinde 10279 lokus kullanılmıştır. Genetik ilişkiler STRUCTURE, Neighbor￾Joining, PCoA, AMOVA, Mantel ve Procrustes analizleriyle incelenmiştir. En olası popülasyon sayısı SCoT, silicoDArT ve SNP verilerinde K=2, iPBS-retrotranspozon verilerinde K=3 olarak belirlenmiştir. Ortalama genetik uzaklık değerleri SCoT için 0,346, iPBS-retrotranspozon için 0,647, silicoDArT için 0,774 ve SNP için 0,671 olarak hesaplanmıştır. AMOVA sonuçları, genetik varyasyonun büyük bölümünün popülasyonlar içinde yer aldığını ortaya koymuştur. Genotiplerin coğrafi kökenlerine göre keskin gruplar oluşturmaması, genetik yapının yalnızca coğrafi kökenle açıklanamayacağını göstermiştir. Diyarbakır1 genotipi SNP analizlerinde tutarlı biçimde ayrışarak özgün bir genetik profil sergilemiştir. SCoT ve iPBS-retrotranspozon markörleri ekonomik ve etkili araçlar olarak öne çıkarken, silicoDArT ve SNP markörleri genom düzeyinde kapsamlı bilgi sağlamıştır. Elde edilen bulgular, Türkiye yonca genetik kaynaklarının korunması, ıslah programlarında değerlendirilmesi ve gelecekteki GWAS, QTL ve genomik seleksiyon çalışmalarına temel oluşturması açısından önem taşımaktadır.

Özet (Çeviri)

In this study, the molecular characterization of Türkiye's alfalfa (Medicago sativa L.) germplasm was evaluated using PCR-based SCoT and iPBS-retrotransposon markers together with sequencing-based silicoDArT and SNP markers. The plant material comprised 94 genotypes, consisting of 86 local alfalfa genotypes of Turkish origin and 8 commercial cultivars. In the sequencing-based analyses, 74 genotypes were retained after quality control. In the SCoT analyses, 382 of 391 scorable bands from 12 primers were polymorphic, whereas in the iPBS-retrotransposon analyses, 731 of 753 bands from 25 primers were polymorphic, corresponding to polymorphism rates of 97.70% and 97.07%, respectively. After quality filtering, 8504 loci were used in the silicoDArT and 10279 loci in the SNP analyses. Genetic relationships were examined through STRUCTURE, Neighbor-Joining, PCoA, AMOVA, Mantel, and Procrustes analyses. The most probable number of populations was K=2 for the SCoT, silicoDArT, and SNP data, and K=3 for the iPBS-retrotransposon data. The mean genetic distances were 0.346 for SCoT, 0.647 for iPBS-retrotransposon, 0.774 for silicoDArT, and 0.671 for SNP. AMOVA revealed that most of the genetic variation resided within populations. The absence of sharp clustering according to geographical origin indicated that the genetic structure could not be explained by geographical origin alone. The Diyarbakır1 genotype consistently diverged in the SNP analyses, exhibiting a distinct genetic profile. While SCoT and iPBS￾retrotransposon markers were economical and effective tools, silicoDArT and SNP markers provided comprehensive genome-level information. These findings are important for conserving Türkiye's alfalfa genetic resources, evaluating them in breeding programs, and forming a basis for future GWAS, QTL, and genomic selection studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    295544

    Designing sequenced characterized amplified region (SCAR) markers from direct sequencing of rapd bands for cultured fish

    Kültür balıkları için rapd bantlarından doğrudan dizileme yöntemi ile dizisi karakterize edilmiş (SCAR) yeni markör dizaynı

    ESMA BANU ÖZSOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyolojiFatih Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. İREM UZONUR

  2. Tez No

    1007769

    Evaluating the role of housekeeping gene sequencing as a complementary approach to MALDI-TOF analysis for species identification

    Tür tanımlamasında MALDI-TOF analizine tamamlayıcı bir yaklaşım olarak referans (housekeeping) gen dizilemesinin rolünün değerlendirilmesi

    MOHAMED ABDULSALAM IBRAHIM ALGUSBI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    BiyoteknolojiKonya Gıda ve Tarım Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KIVANÇ BİLECEN

  3. Tez No

    485162

    Akciğer kanserinde moleküler tedavi hedeflerinin saptanması amaçlı ve yeni nesil dizileme tabanlı tanı kiti

    Next generation sequencing based diagnosis kit for determining the molecular targets of therapy in lung cancer

    TEVFİK HATİPOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA AJLAN TÜKÜN

  4. Tez No

    833655

    Türkiye'nin çeşitli bölgelerindeki ruminantlardan izole edilen Brucella türlerinin tüm genom dizileme temelli analizi

    Whole genome sequencing based analysis of Brucella species isolated from ruminants in various regions of Türkiye

    SONGÜL ÖTKÜN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Veteriner HekimliğiHarran Üniversitesi

    Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİL ERDENLİĞ GÜRBİLEK

  5. Tez No

    896204

    Spinal musküler atrofi hastalığı tanısında kullanılabilecek NGS-tabanlı dizi analizi kitinin geliştirilmesi

    Development of an NGS-based sequence analysis kit for the diagnosis of spinal muscular atrophy disease

    ARAZ ALPAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BUKET KOSOVA

Geri Dön