Hepatosellüler karsinom hücre hattında n-asetilgalaktozamin ile konjuge oligonükleotit aracılı abcb1-mdr1 gen ifadesinin baskılanmasının in vitro araştırılması
In vitro investigation of n-acetylgalactosamine conjugated oligonucleotide mediated suppression of ABCB1-MDR1 gene expression in hepatocellular carcinoma cell line
- Tez No: 905977
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH EREN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Amaç: İleri evre hepatosellüler karsinom (HCC) tedavisinin önündeki engellerden birisi olarak kabul edilen kanser-çoklu ilaç direncinden (MDR), özellikle sorumlu tutulan ABCB1-MDR1 geninin aşırı ekspresyonunun N-asetilgalaktozamin (GalNAc) konjuge antisens oligonükleotitler (ASOs) ile baskılanması amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, ABCB1-MDR1 mRNA'sını hedefleyen üç (GalNAc-ASO1, GalNAc-ASO2, ve GalNAc-ASO3) ve bir negatif kontrol (GalNAc-ASO4) ASO dizileri tasarlandı. Tasarlanan ASO'ların inhibitör etkinliği hesaplamalı yöntemlerden faydalanarak değerlendirildi. ASO dizilerinin 5′ ucuna GalNAc C3 fosforamit ligandı ve DNA omurgasına fosforotiyoat (PS/PTO) modifikasyonları eklendi. HepG2 hücrelerine farklı dozlarda GalNAc-ASO konjugatları uygulandı. GalNAc-ASO konjugatlarının inhibitör etkisini değerlendirmek için ABCB1-MDR1'in gen ekspresyonu ve protein düzeyi, sırasıyla, kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) ve western blot yöntemleri ile ölçüldü. GalNAc-ASO4 konsantrasyonlarının HepG2 üzerindeki hücre canlılık analizleri kolorimetrik (MTT) ve florometrik (resazurin) yöntemler ile değerlendirildi. Bulgular: HepG2 hücrelerine uygulanan GalNAc-ASO4 konsantrasyonlarının (0,625 μM, 1,125 μM, 2,5 μM, 5 μM, 10 μM ve 20 μM), 144 saate kadar MTT ve resazurin testlerine göre hücre canlılığı üzerine sitotoksik etkisi bulunmamaktadır. HepG2 hücrelerinde, 20 μM GalNAc-ASO konsantrasyonlarının, tedavi edilmemiş kontrol grubuna göre 24, 48 ve 72 saat sonra ABCB1-MDR1 gen ekspresyonunu azaltan istatistiksel anlamlı etkisi bulunmaktadır. GalNAc-ASO konsantrasyonlarının, 72 saat sonra ABCB1-MDR1 protein ekspresyonunu istatistiksel olarak azalttığı western blot ile gösterilmiştir. GalNAc-ASO4'ün ise ABCB1-MDR1'in ekspresyonunu etkilemediği gösterilmiştir. Sonuç: Hepatosit hücrelerindeki asialoglikoprotein reseptörlerine (ASGP-Rs) bağlanarak karaciğeri spesifik olarak hedefleyen GalNAc ligandı ile konjuge ASO'ların, hücrelere gimnotik iletimi sayesinde ABCB1-MDR1 genini inhibe ederek, anti-kanser tedavilerin etkisini arttırabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim is to suppress the overexpression of the ABCB1-MDR1 gene, which is responsible for cancer-multidrug resistance (MDR), a significant challenge in the treatment of advanced hepatocellular carcinoma (HCC), through the utilization of N-acetylgalactosamine (GalNAc)-conjugated antisense oligonucleotides (ASOs). Materials and Methods: In this study, ASO sequences (GalNAc-ASO1, GalNAc-ASO2, and GalNAc-ASO3) were designed and evaluated for their inhibitory activity against ABCB1-MDR1 mRNA using computational methods. The ASO sequences were modified with a GalNAc C3 phosphoramide ligand and phosphorothioate (PS/PTO) modifications to the DNA backbone at the 5′ end. HepG2 cells were treated with varying doses of GalNAc-ASO conjugates, and the results were analyzed. To evaluate the inhibitory effect of GalNAc-ASO conjugates, the gene expression and protein levels of ABCB1-MDR1 were measured using quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) and western blot methods, respectively. The effect of different concentrations of a negative control (GalNAc-ASO4) on HepG2 cell viability was assessed using colorimetric (MTT) and fluorometric (resazurin) methods. Results: The study found that treatment with GalNAc-ASO4 concentrations (0,625 μM, 1,125 μM, 2,5 μM, 5 μM, 10 μM, and 20 μM) did not affect the cell viability of HepG2 for up to 144 hours, as determined by MTT and resazurin assays. However, in HepG2 cells, 20 μM GalNAc-ASOs concentrations resulted in a decrease in ABCB1-MDR1 gene expression after 24, 48, and 72 hours compared to the untreated control group. Additionally, the study found that GalNAc-ASO concentrations decreased ABCB1-MDR1 protein expression after 72 hours, as determined by western blot analysis. GalNAc-ASO4 did not affect ABCB1-MDR1 expression. Conclusion: By inhibiting the ABCB1-MDR1 gene through gimnotic delivery to cells, ASOs conjugated with the GalNAc ligand, which binds to asialoglycoprotein receptors (ASGP-Rs) in hepatocyte cells and specifically targets the liver, are considered to enhance the effectiveness of anti-cancer therapy.
Benzer Tezler
- Hepatosellüler karsinomada SIP1'in protein etkileşimlerinin ve ifadesini düzenlediği genlerin tanımlanması
Defining the protein interactions of and regulation of target genes by SIP1 in hepatocellular carcinoma
PELİN BALÇIK ERÇİN
Doktora
Türkçe
2018
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI
- Normoksik ve hipoksik koşullarda hepatosellüler karsinom hücrelerinde ve eksozomlarında paraoksonaz enzim ailesi ile pı3k/akt sinyal yolağı ilişkisinin incelenmesi
An investigation of the relationship between paraoxonase enzyme family and pi3k/akt signaling pathway in hepatocellular carcinoma cells and their exosomes under normoxic and hypoxic conditions
TUĞBA KEVSER UYSAL
Doktora
Türkçe
2023
BiyokimyaAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZEN ÖZENSOY GÜLER
- İnsan hepatosellüler karsinom (HCC) hücre hattında (HEPG2) wingless ınt-1 (WNT) sinyal yolunun aktivasyonu ve farmakolojik modulasyonu
Activation and pharmacological modulation of WNT signal path in human HCC cell line (HEPG2)
ROZA MAMMADLI
- Characterization of cancer stem cells in hepatocellular carcinoma
Karaciğer kanserindeki kanser kök hücrelerinin belirlenmesi
MERVE DENİZ ABDÜSSELAMOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Hepatoselüler karsinoma ve nöroblastoma hücre hatlarında insan telomerazı htert alt birimi olası glikozilasyon profilinin biyoinformatik ve deneysel yöntemlerle belirlenmesi
Determination of potential glycosylation profile for human telomerase's htert subunit in hepatocellular carcinoma and neuroblastoma cell line with bioinformatic and experimental methods
SİNEMYİZ ATALAY