Label-free tissue imaging using micro-raman spectroscopy
Mikro-raman spektroskopisi kullanarak etiketsiz doku görüntüleme
- Tez No: 909267
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN ERKOL, PROF. DR. MEHMET BURÇİN ÜNLÜ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Bu tez, biyokimya alanında bulunan Hematoksilen ve Eozin (H&E) boyama gibi boyama tekniklerinin aksine plasenta ve uterus gibi farklı fare dokularının biyolojik kompartmanlarının etiketleme olmaksızın mikro-Raman spektroskopisi kullanılarak görüntü alınabileceğini göstermektedir. H&E boyalı dokular ile Raman küme haritaları kıyaslanarak, olgun fare plasental dokularının fonksiyonel bölgelerinin yalnızca Raman spektroskopisi ve kümeleme analizi kullanılarak gerçekleştirilebileceği başarıyla doğrulanmıştır. Spektral analiz yoluyla, biyokimyasal farklılıkları da tartışılmıştır. Ek olarak, boyutsal indirgeme ve kümeleme algoritması seçiminin nihai kümelemenin performansı üzerinde etkisi olduğu gösterilmiştir. İki bileşenin dağılım grafiklerinde t-SNE ve DBSCAN algoritmalarının diğer 25 kombinasyona göre daha üstün ayrılabilirlik sağladığı gösterilmiştir. Algoritmaların kombinasyonu belirlendikten sonra, hem implantasyon hem de implantasyonlar arası bölgelerden alınan dokuları analiz etmek için uygulanmıştır. Sonuçlar, beşinci günde implantasyon bölgelerinden alınan uterus dokularının, histolojik bulgularla uyumlu olarak, embriyonun bağlandığı bölgenin çevresinde belirli biyokimyasalların daha yüksek yoğunluk sergilediğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Unlike the staining techniques in biochemistry, like Hematoxylin and Eosin (H&E) staining, this thesis demonstrates that biological compartments of different mouse tissues, namely the placenta, and uterus, can be visualized using micro-Raman spectroscopy without labeling. By comparing the H&E stained tissues with the Raman cluster maps, it is successfully verified that the functional zones of mature mouse placental tissues can be realized exclusively using Raman spectroscopy and clustering analysis. Through the spectral analysis, their biochemical differences are also discussed. Additionally, it is shown that the choice of the dimensional reduction and the clustering algorithm has an impact on the performance of the final clustering in the analysis. It is illustrated that t-SNE and DBSCAN algorithms provided superior separability in the scatter plots of the two components compared to the other combinations among 25. Once the combination of algorithms was determined, it was applied to analyze both the tissues taken from implantation and inter-implantation sites. The results demonstrated that uterine tissues taken from implantation sites on day five exhibited a higher density of certain biochemicals near the region where the embryo attaches, which is in line with the histological findings.
Benzer Tezler
- Magnetic levitation of cells from bone marrow origin
Kemik iliği kökenli hücrelerin manyetik levitasyonu
MÜGE ANIL İNEVİ
Doktora
İngilizce
2021
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN ÖZÇİVİCİ
DOÇ. DR. SİNAN GÜVEN
- Torasik aort anevrizmalı (TAA) dokuda protein ekspresyonunun incelenmesi
The investigation of protein expression in thoracic aortic aneurysm tissue
MÜGE SERHATLI
Doktora
Türkçe
2013
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. SELDAĞ BEKPINAR
YRD. DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL
- Yumuşak doku kanserleri üzerine immüno-sitosensör geliştirilmesi
Development of immuno-cytosensor on soft tissue cancers
ZEHRA YILDIZBAKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERYA BAL ALTUNTAŞ
- Raman spectroscopic and microscopic analysis of tissue type, molecular composition, and glioblastoma identification in brain tissue sections
Beyin doku kesitlerinde raman spektroskopi ve mikroskopisi kullanılarak doku tipi, moleküler kompozisyon, ve glioblastoma tespiti
HÜLYA TORUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN SOLAROĞLU
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET CENGİZ ONBAŞLI
- In situ cell death monitoring in 3D tissue cultures using surface enhanced Raman spectroscopy
Yüzeyde zenginleştirilmiş Raman spektoroskopisi kullanılarak 3 boyutlu doku kültüründe hücre ölümünün yerinde izlenmesi
MİNE ALTUNBEK
Doktora
İngilizce
2017
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÇULHA