Geri Dön

Candida izolatlarında kan kültürü şişesinden hızlı antifungal yöntemi güvenilir mi?

Is the rapid antifungal testing from blood culture bottles reliable for candida isolates?

PDF İndir

  1. Tez No: 909458
  2. Yazar: DAMLA KÖKLÜ
  3. Danışmanlar: DR. DENİZ TURAN
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

Kan kültürü, uzun sonuç süresine ve düşük hassasiyet oranına rağmen kandidemide altın standart tanı yöntemidir. Tedavide gecikme, artmış mortalite ile ilişkili olduğundan erken tanı ve tedavi hayat kurtarıcıdır. Bu çalışmada, pozitif kan kültür şişelerinden direkt antifungal duyarlılık test yöntemlerinin uygulanabilirliğinin değerlendirmesini amaçladık. İstanbul SBÜ Haydarpaşa Numune EAH servislerinde yatan hastaların , 01.06.2022 30.12.2023 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilmiş olan kan kültürleri kullanılmıştır. Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında BacT/Alert™ kan kültür sistemi (bioMérieux, Durham, NC) pozitif sinyal verdiğinde yapılan Gram boyama sonucu maya görülen kan kültürü şişeleri dahil edilmiştir. Kan kültürü şişesinden CHROMagar Candida ve Sabouraud Dekstroz Agar (RTA Lab, Gebze/Kocaeli), (SDA) besiyerlerine pasajlar yapılarak plaklar 37°C'de 24 saat inkübe edilmiştir. İnkübasyon sonrası CHROMagar Candida besiyerinde, her izolatın kendine özgü renk değişikliği ve morfolojik özelliklerine göre tür tayini yapılmıştır. Ayrıca izolatların hızlı tanımlanmasında germ tüp testi (GTT), direkt ve standart olmak üzere iki ayrı yöntem de uygulanmıştır. Türlerin kesin tanımlanması SDA'da üreyen mayalardan Matrix Assisted Laser Desorption İonization Time of Flight Mass Spectrometry [MALDI TOF MS (bio Mérieux, France)] ile yapılmıştır. Flukonazol, vorikonazol, kaspofungin için direkt, standart, SDA disk difüzyon (DD) ve broth mikrodilüsyon (BMD) yöntemleri ile antifungal duyarlılık testleri gerçekleştirilmiştir. Direkt DD için, maya üremiş kan kültürü şişesinden alınan kan, direkt olarak metilen mavili MHA'a steril swab ile ekilip antifungal diskler yerleştirilmiştir. Standart DD için, CLSI M44 kurallarına göre DD yöntemi uygulanmış ve ek olarak SDA'ya da ekim yapılarak SDA DD yöntemi uygulanmıştır. CLSI M27-A3 rehberine göre BMD çalışılıp tüm duyarlılık sonuçları CLSI M27M44S ED3 rehberine göre yorumlanmıştır. Elde edilen sonuçlarda, aynı duyarlılık profilindeki mikroorganizmalar kategorik olarak uyumlu, farklı profildekiler ise uyumsuz olarak nitelendirilmiştir. Çalışmamız kapsamında 64 Candida suşu içerisinde en sık izole edilen tür C. albicans (%48,4, 31 suş) olup, bunu C. parapsilosis (11), C. glabrata (10), C. tropicalis (altı), C. auris (üç), C. kefyr (iki) ve C. krusei (bir) izlemiştir. CHROMagar Candida ekim yöntemiyle tanımlanan bütün Candida türleri, MALDI--TOF MS tanımlama sonuçları ile %100 uyumlu bulunmuştur. Direkt GTT ile %90,62 doğruluk oranı saptanırken; standart GTT ile %96,87 doğruluk oranı bulunmuştur. Standart GTT ve direkt GTT arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Direkt GTT için kappa değeri 0,87 olarak hesaplanmış ve güvenilir bir yöntem olduğu gösterilmiştir. Direkt DD yöntemi, flukonazol için bir küçük hata ile BMD yöntemiyle uyumlu bulunmuş, büyük ve çok büyük hata gözlenmemiştir. Vorikonazol için hiçbir hata türü tespit edilmemiş olup, kaspofungin için, iki küçük, bir büyük hata saptanmıştır. Direkt DD yönteminin, pozitif sinyal alınmasından duyarlılık sonuçlarının ön raporlanmasına kadarki süreçte, zaman kazandırıcı bir seçenek olarak değerlendirilebileceği; ancak özellikle kaspofungin gibi antifungallerde standart yöntemlerle desteklenmesi gerektiği düşünülmüştür.

Özet (Çeviri)

Blood culture remains the gold-standard diagnostic method for candidemia, despite its prolonged turnaround time and low sensitivity. Early diagnosis and treatment are critical, as delays are associated with increased mortality. This study evaluated the applicability of direct antifungal susceptibility testing methods from positive blood culture bottles. Blood cultures were collected from hospitalized patients at Istanbul SBÜ Haydarpaşa Numune Training and Research Hospital between June 1, 2022 and December 30, 2023. Blood culture bottles signaling positive for yeast growth via the BacT/Alert™ system (bioMérieux, Durham, NC) and confirmed by Gram staining were included. Samples from the blood culture bottles were inoculated onto CHROMagar Candida and Sabouraud Dextrose Agar (SDA) plates (RTA Lab, Gebze/Kocaeli) and incubated at 37°C for 24 hours. Candida species were identified based on characteristic color changes and morphological features on CHROMagar Candida. Rapid identification was also performed using germ tube testing (GTT) with both direct and standard methods. Definitive species identification was carried out using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS, bioMérieux, France) from yeasts grown on SDA. Antifungal susceptibility testing was performed for fluconazole, voriconazole, and caspofungin using direct, standard, SDA disk diffusion (DD), and broth microdilution (BMD) methods. For direct DD, blood from yeast-positive culture bottles was directly inoculated onto MHA with methylene blue plates using a sterile swab, and antifungal disks were applied. For standard DD, the CLSI M44 guidelines were followed, and SDA DD testing was conducted as an additional method. All susceptibility results were interpreted based on CLSI M27M44S ED3 guidelines after performing BMD according to CLSI M27- Microorganisms were classified as categorically concordant if their susceptibility profiles matched and discordant if they did not. Among 64 Candida isolates, C. albicans was the most commonly isolated species (48,4%, 31 isolates), followed by C. parapsilosis (11), C. glabrata (10), C. tropicalis (six), C. auris (three), C. kefyr (two), and C. krusei (one). All Candida species identified through CHROMagar Candida were 100% concordant with MALDI-TOF MS results. Direct GTT demonstrated an accuracy rate of 90,62%, while standard GTT showed an accuracy of 96,87%. Ther was no statistically significant difference between direct and standard GTT (p > 0,05). The kappa value for direct GTT was calculated as 0,87; indicating its reliability as a diagnostic method. The direct DD method was found to be compatible with the BMD method for fluconazole, with one minor error observed, while no major or very major errors were detected. For voriconazole, no error types were identified, whereas for caspofungin, two minor errors and one major error were observed. The direct DD method can be considered a time-saving option for reporting preliminary susceptibility results after a positive signal. However, it should be supported by standard methods, particularly for antifungals such as caspofungin.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    862742

    Kan kültürü ve kateter kan kültürlerinden izole edilen candıda albıcans izolatlarında EFG-1 geni varlığının biyofilm üretimi üzerine etkisi ve ekspresyon düzeylerinin real-tıme pcr ile araştırılması

    The effect of the presence of EFG-1 gene on biofilm production in candida albicans isolats isolated from blood culture and catheter blood cultures and investigation of expression levels by real-time pcr

    MUHAMMET SAMET EMRE DAŞTAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. ASUMAN BİRİNCİ

  2. Tez No

    564328

    Kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan candida albicans suşlarının fosfolipaz aktivitelerinin araştırılması

    Investigation of phospholipase activity in candida albicans strains isolated from blood and oral cavity specimens

    BUĞSE TUNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. MİNE DOLUCA DERELİ

  3. Tez No

    803438

    2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi

    The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021

    DİDEM ÖZKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYFER BAKIR

  4. Tez No

    674252

    Pandemi öncesi dönem ve pandemi sürecinde COVID 19 tanısı alan ile COVID 19 tanısı almayan yoğun bakım hastalarının bakteriyolojik kültür ve duyarlılık testi sonuçlarının karşılaştırılması

    Comparison of bacteriological culture and sensitivity test results of intensive care patients diagnosed with COVID 19 and not diagnosed with COVID 19 in the pre-pandemic period and during the pandemic period

    EDA AKÇAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ

  5. Tez No

    600181

    Kateter kaynaklı kan dolaşımı enfeksiyonu etkenlerinin belirlenmesi ve biyofilm oluşumunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması

    Determination of etiologic agents of catheter related bloodstream infection and investigation of biofilm formation by phenotypic and genotypic methods

    SİBEL GÜMÜŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METE EYİGÖR

Geri Dön