Genetik kodlanmış floresans biyosensörlerin tasarımı ve optimizasyonu
Design and optimization of genetically encoded fluorescent biosensors
- Tez No: 909849
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SERAP EVRAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ CANAN ÖZYURT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
p-Kumarik asit, flavonoidler ve polifenoller gibi önemli metabolitlerin biyosentezinde öncü rol oynayan bir bileşiktir. Bu molekülün metabolizmadaki işlevini anlamak ve mikroorganizmalarda üretilen miktarını belirlemek için, hücre içinde gerçek zamanlı analiz yapabilen biyosensörlere ihtiyaç vardır. HPLC gibi geleneksel yöntemler hücre içinde gerçek zamanlı görüntüle çalışmaları için uygun değildir. Bu tez kapsamında p-kumarik asidin tayini için floresans protein temelli, genetik olarak kodlanabilir bir biyosensör geliştirildi. p-Kumarik aside özgü bir protein olan PadR ile floresans özelliği taşıyan mCherry proteinlerini kodlayan gen fragmentlerinin füzyonu yoluyla biyosensör proteini tasarlanarak p-kumarik asit varlığında sinyal veren bir biyosensör geliştirildi. Genetik olarak kodlanmış biyosensörler in vivo uygulamalarda kullanım için uygundur. Tez çalışmasında geliştirilen genetik kodlanmış p-kumarik asitin hücre içinde gerçek zamanlı tayininde kullanılabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
p-Coumaric acid is a compound that plays a leading role in the biosynthesis of important metabolites such as flavonoids and polyphenols. To understand the function of this molecule in metabolism and to determine the amount produced in microorganisms, biosensors that can perform real-time analysis within the cell are needed. Conventional methods, such as HPLC are not suitable for real-time imaging studies within cells. Within the scope of this thesis, a fluorescent protein-based, genetically encodable biosensor was developed for the determination of p-coumaric acid. A biosensor that gives a p-coumaric acid-specific signal was developed by designing a biosensor protein by fusion of PadR, a p-coumaric acid-specific protein, with gene fragments encoding fluorescent mCherry proteins. Genetically encoded biosensors are appropriate for in vivo applications. It is proposed that the genetically encoded p-coumaric acid developed in the thesis study can be used for real-time detection within the cell.
Benzer Tezler
- Protein mühendisliği yoluyla ligand bağlayıcı protein ve fotoprotein temelli genetik kodlanmış sensörlerin tasarlanması
Designing of ligand binding protein and photoprotein based genetically encoded sensors via protein engineering
CANAN ÖZYURT
Doktora
Türkçe
2014
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AZMİ TELEFONCU
DOÇ. DR. SERAP EVRAN
- Investigation of conformational dynamics of single fluorescent protein-based biosensors by molecular dynamics simulations
Tek floresan proteı̇n tabanlı bı̇yosensörlerı̇n konformasyonel dı̇namı̇klerı̇nı̇n moleküler dı̇namı̇k sı̇mülasyonlarıyla ı̇ncelenmesı̇
MELİKE BERKSÖZ
Doktora
İngilizce
2024
BiyofizikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Computational design of a protein-based coenzyme A biosensor
Protein temelli bir koenzim A biyosensörünün hesaplamalı dizaynı
DİLŞAH NUR ELMACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikSabancı ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Shedding new light on intracellular signaling pathways -establishing live-cell fluorescence imaging techniques using genetically encoded fluorescent biosensors
Genetik kodlanmış floresan biyosensörler yardımıyla floresan görüntüleme teknikleri kullanılarak tek hücre analiz yaklaşımları
HAMZA YUSUF ALTUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyokimyaSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. EMRAH EROĞLU
- Three dimensional micro/nano-patterning of biomolecules for high throughput physiological sensing
Yüksek verimli fizyolojik teşhis için biomoleküllerin üç boyutlu mikro/nano-modellenmesi
LEYLA NESRİN KAHYAOĞLU
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikPurdue UniversityBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JENNA L RICKUS