Geri Dön

Functional characterization and reclassification of genomic variants of uncertain significance in hereditary cancers

Kalıtsal kanserlerde klinik önemi bilinmeyen genomik varyantların fonksiyonel karakterizasyonu ve yeniden sınıflandırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 910452
  2. Yazar: SEVDİCAN ÜSTÜN YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK, PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

BRCA1/2 germ hattındaki muhtemel patojenik/patojenik (LP/P) varyasyonlar farklı malignitelerin başlangıcını etkiler. Yeni nesil dizileme (YND) tabanlı kalıtsal kanser paneli test teknolojisi, kalıtsal meme ve over kanseri (KMOK) genetiğine ilişkin anlayışımızı geliştirerek, kanser gelişimi üzerindeki etkisi belirsiz kalan çok sayıda klinik önemi bilinmeyen varyasyonları (VUS) ortaya çıkardı. Çalışmamızın amacı, sırasıyla orta ve yüksek riskli kanser duyarlılığından sorumlu genler olan ATM ve BRCA2'deki anlamsız varyasyonların tıbbi sonuçlarını belirlemek için işlevsel bir analitik metodoloji oluşturmaktır. 1200 kişinin çoklu gen kanser paneli sonuçlarını geriye dönük olarak analiz ettik, beş hatalı ATM ve BRCA2 VUS seçtik ve daha ileri çalışmalar için in silico çalışmaları gerçekleştirdik. ATM c.7793G>A varyantına ilişkin ilk projemizde, alan hedefli mutajenez gerçekleştirdik ve DNA'ya zarar veren ajan bleomisine maruz kalmadan önce ve sonra ATM gen ekspresyonu ile ATM, CHEK2, TP53 proteinleri ile bunların fosforile formları ve γH2AX düzeylerini analiz ettik. Maalesef test grupları arasında anlamlı bir fark bulamadık. İkinci projemizde BRCA2 VUS'a odaklandık ve DNA'ya hasar veren ajan doksorubisin ile indüksiyon öncesi ve sonrasında PBMC'ler üzerinde comet ve γH2AX analizlerini kullanarak DNA hasarındaki değişiklikleri gözlemledik.. Kombine hesaplamalı ve fonksiyonel analizler, T1001R'nin VUS-orta seviye, T1104P/M1168K, D2819V'nin VUS(+) ve R2027K ve G2044A'nın muhtemelen iyi huylu olarak yeniden sınıflandırılmasına yol açtı. Bulgularımız, VUS'un kansere yatkın genler üzerindeki etkilerini anlamada fonksiyonel analizlerin öneminin altını çiziyor. Klinik teşhis için sağlam bir VUS analiz hattı oluşturmayı, doğru varyant sınıflandırmasını kolaylaştırmayı ve kişiselleştirilmiş kanser tedavisi stratejilerine katkıda bulunmayı hedefliyoruz.

Özet (Çeviri)

BRCA1/2 germline likely pathogenic/pathogenic (LP/P) variations impact the onset of different malignancies. Hereditary cancer panel testing, with the contribution of Next-generation sequencing (NGS)-based technology, has advanced our understanding of hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) genetics, revealing numerous variants of uncertain significance (VUS) whose impact on cancer development remains unclear. Our study's objective is to build a functional analytic methodology to ascertain the medical consequences of missense variations in the genes responsible for moderate and high-risk cancer susceptibility, respectively, ATM and BRCA2. We retrospectively scan the hereditary cancer panel testing results of 1200 cases, selecting five missense ATM and BRCA2 VUSs, and performed in silico studies for further studies. In our first project on ATM c.7793G>A variant, we performed site-directed mutagenesis and analyzed ATM gene expression and ATM, CHEK2, and TP53 proteins, their phosphorylated forms and γH2AX levels before and after exposed to DNA-damaging agent bleomycin. Unfortunately, we did not observe any substantial variance among the assay groups. In our second project, we focused on BRCA2 VUS and examined the variations in DNA damage through the utilization of comet and γH2AX assays on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) both before and after exposure to the DNA-damaging agent doxorubicin. Based on our merged studies, variants were reclassified and considered T1001R VUS-intermediate, T1104P/M1168K, D2819V VUS(+), R2027K, and G2044A likely benign. Our results underscore the significance of functional assays in understanding VUS impacts on cancer susceptibility genes. We aim to create a robust VUS analysis pipeline for clinical diagnostics, facilitating accurate variant classification and contributing to personalized cancer treatment strategies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    243948

    Misel oluşturabilen, biyouyumlu, biyobozunur, pozitif yüklü polimerik malzemelerin sentezi ve karakterizasyonu

    The synthesis and characterization of micelle-forming, biocompatible, biodegradable and positively charged polimeric biomaterials

    AYŞE KARAGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SEVİL DİNÇER

  2. Tez No

    713928

    Expression, purification, and characterization of recombinant human IL-2

    Rekombinant insan IL-2'nin ekspresyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu

    BUSE AKGÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  3. Tez No

    177507

    Characterization and functional analysis of a novel multicopper oxidase and associated polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus

    Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin fonksiyonel analizi ve karakterizasyonu

    BANU METİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL

    PROF. DR. UFUK BAKIR

  4. Tez No

    686281

    Nörogelişimsel bozukluklar ile ilişkili mutasyonların genetik ve fonksiyonel karakterizasyonu

    Genetic and functional characterization of mutations associated with neurodevelopmental disorders

    TÜLAY ÖNCÜ ÖNER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SULTAN CİNGÖZ

  5. Tez No

    178704

    Biophysical and functional characterization of wheat metallothionein at molecular level

    Moleküler düzeyde buğday metallothionein'nin biyofiziksel ve fonksiyonel karakterizasyonu

    FİLİZ YEŞİLIRMAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyofizikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HİKMET BUDAK

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS GÖKHAN

Geri Dön