Functional characterization and reclassification of genomic variants of uncertain significance in hereditary cancers
Kalıtsal kanserlerde klinik önemi bilinmeyen genomik varyantların fonksiyonel karakterizasyonu ve yeniden sınıflandırılması
- Tez No: 910452
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK, PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Medical Biology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Moleküler genetik, Transformasyon-genetik, Molecular genetic, Transformation-genetic
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
BRCA1/2 germ hattındaki muhtemel patojenik/patojenik (LP/P) varyasyonlar farklı malignitelerin başlangıcını etkiler. Yeni nesil dizileme (YND) tabanlı kalıtsal kanser paneli test teknolojisi, kalıtsal meme ve over kanseri (KMOK) genetiğine ilişkin anlayışımızı geliştirerek, kanser gelişimi üzerindeki etkisi belirsiz kalan çok sayıda klinik önemi bilinmeyen varyasyonları (VUS) ortaya çıkardı. Çalışmamızın amacı, sırasıyla orta ve yüksek riskli kanser duyarlılığından sorumlu genler olan ATM ve BRCA2'deki anlamsız varyasyonların tıbbi sonuçlarını belirlemek için işlevsel bir analitik metodoloji oluşturmaktır. 1200 kişinin çoklu gen kanser paneli sonuçlarını geriye dönük olarak analiz ettik, beş hatalı ATM ve BRCA2 VUS seçtik ve daha ileri çalışmalar için in silico çalışmaları gerçekleştirdik. ATM c.7793G>A varyantına ilişkin ilk projemizde, alan hedefli mutajenez gerçekleştirdik ve DNA'ya zarar veren ajan bleomisine maruz kalmadan önce ve sonra ATM gen ekspresyonu ile ATM, CHEK2, TP53 proteinleri ile bunların fosforile formları ve γH2AX düzeylerini analiz ettik. Maalesef test grupları arasında anlamlı bir fark bulamadık. İkinci projemizde BRCA2 VUS'a odaklandık ve DNA'ya hasar veren ajan doksorubisin ile indüksiyon öncesi ve sonrasında PBMC'ler üzerinde comet ve γH2AX analizlerini kullanarak DNA hasarındaki değişiklikleri gözlemledik.. Kombine hesaplamalı ve fonksiyonel analizler, T1001R'nin VUS-orta seviye, T1104P/M1168K, D2819V'nin VUS(+) ve R2027K ve G2044A'nın muhtemelen iyi huylu olarak yeniden sınıflandırılmasına yol açtı. Bulgularımız, VUS'un kansere yatkın genler üzerindeki etkilerini anlamada fonksiyonel analizlerin öneminin altını çiziyor. Klinik teşhis için sağlam bir VUS analiz hattı oluşturmayı, doğru varyant sınıflandırmasını kolaylaştırmayı ve kişiselleştirilmiş kanser tedavisi stratejilerine katkıda bulunmayı hedefliyoruz.
Özet (Çeviri)
BRCA1/2 germline likely pathogenic/pathogenic (LP/P) variations impact the onset of different malignancies. Hereditary cancer panel testing, with the contribution of Next-generation sequencing (NGS)-based technology, has advanced our understanding of hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) genetics, revealing numerous variants of uncertain significance (VUS) whose impact on cancer development remains unclear. Our study's objective is to build a functional analytic methodology to ascertain the medical consequences of missense variations in the genes responsible for moderate and high-risk cancer susceptibility, respectively, ATM and BRCA2. We retrospectively scan the hereditary cancer panel testing results of 1200 cases, selecting five missense ATM and BRCA2 VUSs, and performed in silico studies for further studies. In our first project on ATM c.7793G>A variant, we performed site-directed mutagenesis and analyzed ATM gene expression and ATM, CHEK2, and TP53 proteins, their phosphorylated forms and γH2AX levels before and after exposed to DNA-damaging agent bleomycin. Unfortunately, we did not observe any substantial variance among the assay groups. In our second project, we focused on BRCA2 VUS and examined the variations in DNA damage through the utilization of comet and γH2AX assays on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) both before and after exposure to the DNA-damaging agent doxorubicin. Based on our merged studies, variants were reclassified and considered T1001R VUS-intermediate, T1104P/M1168K, D2819V VUS(+), R2027K, and G2044A likely benign. Our results underscore the significance of functional assays in understanding VUS impacts on cancer susceptibility genes. We aim to create a robust VUS analysis pipeline for clinical diagnostics, facilitating accurate variant classification and contributing to personalized cancer treatment strategies.
Benzer Tezler
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Epilepsiyle bağlantılı seçili genlerin genotip ve fenotip ilişkisinin bilgisayar tabanlı analizi
Computer-based analysis of genotype-phenotype correlation in selected genes associated with epilepsy
ELSA MORINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
GenetikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAN BİLGE KAMER
- Uydu bazlı jeodezik ve jeodinamik veri analiz ve yönetim sistemi tasarımı ve uygulaması
Design and implementation of a satellite-based geodetic and geodynamic data analysis and management system
DENİZ BAŞAR
Doktora
Türkçe
2026
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAHMİ NURHAN ÇELİK
- Sermaye bütçeleme probleminin analizi ve kurumsal bir modelin geliştirilmesi
Başlık çevirisi yok
H.MELİH İLTER
Doktora
Türkçe
1996
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. M. NAHİT SERARSLAN
- Havaalanında yer hizmeti veren bir firma için hedef programlama yaklaşımı
Başlık çevirisi yok
M.BARBAROS KUBATOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İşletmeİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DEMET BAYRAKTAR