Geri Dön

23S rRNA'yı hedef alan oligonükleotit prob ile Mycobacterium tuberculosis kompleks bakterilerinin fısh yöntemi ile hızlı identifikasyonu

Rapid identification of Mycobacterium tuberculosis complex using oligonucleotide probe targeting 23S rRNAby fish method

PDF İndir

  1. Tez No: 912034
  2. Yazar: MELİSA TÜMKAYA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY BÖREKÇİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTC) türlerinin neden olduğu tüberküloz (TB) tüm dünyada hala önemli bir halk sağlığı sorunu olup, ölümcül bir enfeksiyon hastalığı olarak devam etmektedir. Tüberkülozun kesin tanısı ve tedaviye başlangıç süresi MTC türlerinin izolasyon ve identifikasyon süresinin hızlı olmasıyla doğru orantılıdır. Floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, rRNA'yı hedef alan problar kullanılarak direkt klinik örneklerden kültür yöntemlerine başvurmadan karışık ortamdaki mikroorganizmaların birkaç saat içinde kesin ve doğru identifikasyonuna olanak sağlayan moleküler bir yöntemdir. Mikobakterilerin FISH yöntemiyle identifikasyonunda günümüze kadar kullanılan probların çoğunluğunu 16S rRNA'yı hedef alan problar oluşturmakta olup, bu problar 20-25 yıl önce, mikobakteri taksonlarının ve ribozomal gen dizilerinin günümüze kıyasla daha az bilgiye sahip olduğumuz zamanlarda tasarlanmıştır. Bundan dolayı mikobakterilerin FISH yöntemi ile hızlı tanısında kullanılacak probların güncellenmesi veya yeni probların sentezine ihtiyaç duyulmaktadır. Mikobakterilerin identifikasyonunda 23S rRNA'yı hedef alan oligonükleotid problarıyla ilgili oldukça az sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmada 23S rRNA'yı hedef alan iki yeni sentez prob kullanılarak mikobakterilerin (Mycobacterium spp.) cins ve tür düzeyindeki (MTC) identifikasyonunu sağlamak için yeni sentez probların (Myco1 ve MycTub1) optimizasyonu hem mikobakteriyel referans suşlar (Mycobacterium tuberculosis H37Rv ATTC 9360, Mycobacterium bovis klinik izolat, Mycobacterium abscessus ATCC 19977, Mycobacterium fortuitum ATCC 6841, Mycobacterium kansasi klinik izolat, Mycobacterium gordonae klinik izolat) hem de diğer bakteriyel referans suşlarla (Bacillus subtilis ATCC 6633, Escherichia coli ATCC 25293, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Staphylococcus epidermis ATCC 12228, Klebsiella pneumoniae ATCC 100031 ve Pseudomanas aeruginosa ATCC 278859) çalışılmıştır. Myco1 probun 50 ng probe ve %20 formamide içeren konsantrasyonda, MycTub1 probun ise 50 ng ve %40 formamide konsantrasyonda çalışmada kullanılan mikobakterilerle optimizasyonu sağlanmıştır. 23S rRNA'yı hedef alan bu iki yeni probun (Myco1 ve MycTub1) diğer mikobakteriyel referans suşlar ile klinik örneklerde çalışılması önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

Tuberculosis (TB) caused by Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) species is still a major public health problem worldwide and remains a fatal infectious disease. The definitive diagnosis and treatment initiation time of tuberculosis is directly proportional to the rapid isolation and identification of MTC species. Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a molecular method that allows the precise and accurate identification of microorganisms in mixed media within a few hours without resorting to culture methods directly from clinical samples using probes targeting rRNA. The majority of probes used to date in the identification of mycobacteria by FISH are probes targeting 16S rRNA, and these probes were designed 20-25 years ago, when mycobacterial taxa and ribosomal gene sequences were less well known than they are today. Therefore, there is a need to update the probes or synthesize new probes for the rapid diagnosis of mycobacteria by FISH. There are very few studies on oligonucleotide probes targeting 23S rRNA in the identification of mycobacteria. In this study, we optimized new synthesis probes (Myco1 and MycTub1) for genus- and species-level (MTC) identification of mycobacteria Mycobacterium spp. (Mycobacterium spp.) at the genus and species level (MTC) using two new synthesis probes (Myco1 and MycTub1) targeting 23S rNA and optimization of the new synthesis probes (Mycobacterium tuberculosis H37Rv ATTC 9360, Mycobacterium bovis clinical isolate, Mycobacterium abscessus ATCC 19977, Mycobacterium fortuitum ATCC 6841, Mycobacterium kansasi clinical isolate, Mycobacterium gordonae clinical isolate) and other bacterial reference strains (Bacillus subtilis ATCC 6633, Escherichia coli ATCC 25293, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Staphylococcus epidermis ATCC 12228, Klebsiella pneumoniae ATCC 100031 and Pseudomanas aeruginosa ATCC 278859). Myco1 probe at a concentration of 50 ng probe and 20% formamide and MycTub1 probe at a concentration of 50 ng and 40% formamide were optimized with the mycobacteria used in the study. These two new probes targeting 23S rRNA (Myco1 and MycTub1) are recommended to be studied in clinical samples with other mycobacterial reference strains.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    331306

    Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi

    Evaluation of the helicobacter pylori, resistance and virulance factors by molecular methods in patients with dyspepsia

    EBRU DEMİRAY GÜRBÜZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ

  2. Tez No

    297801

    A mechanistic view on rRNA?antibiotics binding

    rRNA-antibiyotik bağlanmarı üzerine mekanistik bir bakış

    MEHMET ÜNAL GÜNEŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyofizikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  3. Tez No

    437483

    Fermente türk sucuklarından izole edilen lactobacıllus plantarum, lactobacıllus sake, lactobacıllus curvatus ve staphylococcus xylosus suşlarının starter kültür olarak kullanılmasının araştırılması

    Investigation of use as A starter culture of lactobacillus plantarum, lactobacillus sake, lactobacillus curvatus isolated from fermented Turkish sucuk

    YAĞMUR NİL DEMİREL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEKİ GÜRLER

  4. Tez No

    667517

    Dispeptik Hastalardan Üretilen Helicobacter pylori Kökenlerinde Klaritromisin Direnç Nedeni Yeni Mutasyonlar ve Bunların Fenotipik Dirence Etkileri

    New Point Mutation Associated with Clarithromycin Resistance in Helicobacter pylori Strains İsolated From Dyspeptic Patients and Their Effects on Phenotypic Clarithromycin Resistance

    MERVE SAKLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİR SAMİ KOCAZEYBEK

  5. Tez No

    248142

    Fermente Türk sucuğundan izole edilen laktik asit bakterilerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle karakterizasyonu

    Phenotypic and genotypic characterization of lactic acid bacteria isolated from fermented Turkey sausage

    GÜLŞAH ADIGÜZEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiAtatürk Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA ATASEVER

Geri Dön