Tam boy dizi analizi ile metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) kökenlerinin direnç genleri ile SCCmec tiplerinin belirlenmesi
Identification of resistance genes and SCCmec types of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains by whole genome sequencing
- Tez No: 914123
- Danışmanlar: PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antibiyotik Direnci, MRSA, SCCmec, Tam Boy Dizi Analizi, Antibiotic Resistance, MRSA, SCCmec, Whole Genome Sequencing
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Amaç: Kan kültüründen izole edilen MRSA kökenlerinin tam boy dizi analizi ile SCCmec tiplerinin ve antibiyotik direnç genlerinin tanımlanması hedeflendi. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya laboratuvar arşivinde saklanan 29 MRSA kökeni alındı. Nükleik asit izolasyonu, barkodlama, kütüphane oluşturulmasından sonra tam boy dizi analizi gerçekleştirilerek biyoinformatik analizler yapıldı. Bulgular: Kökenlerin hepsinde mecA geni saptandı. SCCmec tip dağılımı; 21 kökende tip IV, 3 kökende tip III, 3 kökende tip V, 1 kökende çoklu tipti, 1 kökende tiplendirme yapılamadı. Tiplendirme yapılamayan klonun, gen kasedi ve ST tipine göre tip III taşıyan kökenden geliştiği, çoklu tipin ise SCCmec tip I-V rekombinantı olduğu düşünüldü. Amikasin direnci %44.83, gentamisin direnci %13.79 oranındayken, aph(3')-III ve aac(6')-aph(2'') genleri saptandı. Rifampisin direnci %10.34 oranındayken, rpoB geninde nokta mutasyonları mevcuttu. Kloramfenikol direnci %3.45'ti, fexA geni tespit edildi. Siprofloksasin direnci %20.69 iken, grlA ve gyrA genlerinde nokta mutasyonları bulundu. Klindamisin direnci %41.38, eritromisin direnci %37.93'tü, ermC, salA ve lsaA genleri saptandı. Fusidik asit direnci %13.79'du, fusC geni mevcuttu. Mupirosin direnci %3.45'ti, ileS geninde nokta mutasyonu bulundu. Trimetoprim/sulfametoksazol direnci %13.79'du, dfrB geninde nokta mutasyonu ve dfrG geni saptandı. Tetrasiklin direnci %58.62'ydi, farklı tet genleri tespit edildi. Bir kökende pleuromutilin direnci ve salA geni mevcuttu. Sonuç: Merkezimizde ilk kez MRSA kökenlerinde SCCmec tiplemesi gerçekleştirilmiş ve rekombinant kökenlerin varlığı gözlemlenmiştir. Tüm kökenlerde antibiyotik direnç verileri irdelenerek bunların genetik temellerine dair ayrıntılı veriler üretilebilmiştir.
Özet (Çeviri)
Aim: We aimed to identify SCCmec types and antibiotic resistance genes by whole genome sequence analysis of MRSA strains isolated from blood cultures. Material and Method: The study included 29 MRSA strains stored in the laboratory archive. After nucleic acid isolation, barcoding and library creation, bioinformatic analyses were performed by whole genome sequence analysis. Results: mecA gene was detected in all strains. SCCmec type distribution was type IV in 21 strains, type III in 3 strains, type V in 3 strains, type V in 1 strain, multiple type in 1 strain, and 1 strain could not be typed. The clone that could not be typed was thought to have developed from a type III carrier according to the gene cassette and ST type, and the multiple type was thought to be SCCmec type I-V recombinant. Amikacin resistance was 44.83%, gentamicin resistance was 13.79%, aph(3')-III and aac(6')-aph(2'') genes were detected. Rifampicin resistance was 10.34% and point mutations were present in rpoB gene. Chloramphenicol resistance was 3.45% and fexA gene was detected. Ciprofloxacin resistance was 20.69%, with point mutations in the grlA and gyrA genes. Clindamycin resistance was 41.38%, erythromycin resistance was 37.93%, ermC, salA and lsaA genes were detected. Fusidic acid resistance was 13.79% and fusC gene was present. Mupirocin resistance was 3.45%, with a point mutation in the ileS gene. Trimethoprim/sulfamethoxazole resistance was 13.79%, point mutation in dfrB gene and dfrG gene were detected. Tetracycline resistance was 58.62%, different tet genes were detected. One strain had pleuromutilin resistance and salA gene. Conclusion: In our center, SCCmec typing was performed in MRSA strains for the first time and the presence of recombinant strains was observed. In all strains, antibiotic resistance data were analyzed and detailed data on their genetic basis could be produced.
Benzer Tezler
- Vezikoüreteral reflüsü olan hastalarda SOX17 geninin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması
Investigation of sox17 gene by new generationsequence analysis in children with vesicoureteral reflux
NİHAN KALAY DURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDüzce ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NADİDE MELİKE SAV
- Respiratuvar distres sendromlu preterm yenidoğanlarda NKX2.1 geninin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması
Screening of the NKX2.1 gene in preterm newborns with respiratory distress syndrome by next generation sequencing
BETÜL TÜREN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDüzce ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELMİN KARADEMİR
- Endofitik Methylobacterium spp. (PPFMs) türlerinin moleküler tanılaması ve mikrobiyal bitki büyütme ajanı olarak kullanılabilirliği
Molecular identification of endophytic Methylobacterium spp. (PPFMs) and their potential use as microbial plant growth-promoting agents
FATMA AZGIN
- Numerical and experimental investigation of boundary layer transition with active and passive flow control methods
Sınır tabaka geçişinin aktif ve pasif akış kontrol yöntemleriyle sayısal ve deneysel incelenmesi
ABDUSSAMET SUBAŞI
Doktora
İngilizce
2017
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN GÜNEŞ
- Kazıklı radye temellerin düşey yükler altında davranışının sonlu elemanlar yöntemiyle iki boyutlu ve üç boyutlu olarak parametrik incelenmesi
Parametric study on piled raft foundation behavior under vertical loads by 2D and 3D finite elements method
BATUHAN ÇOLAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI YALÇIN DAYIOĞLU