Geri Dön

Peptidomimetik yaklaşım ve moleküler modelleme yöntemleri ile YAP-TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edecek peptidlerin tasarlanması

Designing peptides to inhibit YAP-TEAD complex formation by peptidomimetic approach and molecular modeling methods

  1. Tez No: 914735
  2. Yazar: EMRE CAN BULUZ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Peptidomimetik, doğal olmayan amino asitler, YAP/TEAD, moleküler modelleme, Antikanser, Moleküler dinamik benzetimi, Peptidomimetics, non canonical amino acids, YAP/TEAD, molecular modeling, Anticancer, Molecular dynamic simulation
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Tez çalışması kapsamında doğal ve doğal olmayan amino asitlerden yararlanarak, peptidomimetik yaklaşım ile kanser oluşumu ve gelişiminde rol oynadığı birçok çalışma ile belirlenmiş olan YAP/TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edebilecek peptidlerin tasarlanması amaçlanmıştır. Çalışma amacı doğrultusunda doğal olmayan amino asitlerin iki ve üç boyutlu yapıları Marvin Sketch yazılımı ile oluşturulmuştur. Doğal olmayan amino asitlerin rotamer kütüphaneleri Gfeller ve arkadaşları tarafından makalede hazırlanmış olan dosyalardan derlenmiştir. Doğal olmayan aminoasitlerin parametreleri moleküler dinamik programları olan Gromacs ve CHARMM Kuvvet Alanına uyumlu olan parametre dosyaları Gromacs 2020.6 yazılımına adapte edilmiştir. YAP/TEAD kompleksi için PDB kodu 3KYS olan yapı kullanılmıştır. Bu iki proteinin iyi etkileştiği yapılan çalışmalarla ortaya konmuş üç bölge belirlenmiş olup bu bölgedeki aminoasit dizileri, doğal olmayan aminoasitler ile modifiye edilmiş ve elde edilen yeni peptit dizisi üzerinden bağlanma serbest enerji hesabı yapılmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu serbest enerji miktarı ana yapıya göre daha düşük olduğu belirlenen peptit yapıları moleküler dinamik simülasyonu için başlangıç pozu olarak seçilmiştir. Tasarlanan peptit ve TEAD proteini arasındaki etkileşimlerin incelenmesi için moleküler dinamik simülasyonu ve peptidin çekme simülasyonu Gromacs 2020.6 yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Within the scope of the thesis study, it is aimed to design peptides that can inhibit the formation of YAP/TEAD complex, which has been determined by many studies to play a role in the formation and development of cancer, with the peptidomimetic approach, by using natural and unnatural amino acids. For the study, two and three-dimensional structures of unusual amino acids were created with Marvin Sketch software. The rotamer libraries of unusual amino acids were compiled from the files prepared in the article by Gfeller et al. parameter files of unusual amino acids, which are compatible with the molecular dynamics programs Gromacs and CHARMM Force Field, have been adapted to the Gromacs 2020.6 software. 3KYS PDB coded structure was used for YAP/TEAD complex. Three regions, which have been demonstrated by the studies that these two proteins interact well, have been determined and the amino acid sequences in this region have been modified with unusual amino acids and binding free energy calculations have been made on the new peptide sequence obtained. Peptide structures, whose free energy amount was determined to be lower than the main structure as a result of the modifications, were chosen as the starting pose for molecular dynamics simulation. To examine the interactions between the designed peptide and TEAD protein, molecular dynamics simulation and steered simulation of the peptide were performed using Gromacs 2020.6 software.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    100778

    Peptid mimetikleri sentezi

    Synthesis of peptide mimetics

    KADİR DABAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. AHMET AKAR

  2. Tez No

    118057

    Bazı yeni kolesistokinin analogları üzerine çalışmalar

    Studies on new cholecystokinin analogs

    M. BERNA ASAL ALTIPARMAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Eczacılık Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AKGÜL YEŞİLADA

  3. Tez No

    124437

    Osteosarkomlarda HER2/Erb-2, P-glikoprotein ve P53 ekspresyonunun prognozla ilişkisi

    correlation of HER2/Erb-2, P-glycoprotein and P53 overexpression with survival patients with osteosarcoma

    BURAK UZEL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Onkolojiİstanbul Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. NİL MOLİNAS MANDEL

  4. Tez No

    284601

    HIV-1 proteaz enziminin inhibitörleriyle etkileşimi esnasındaki konformasyonel değişikliklerin teorik incelemesi ve yeni analogların tasarımı

    Theoretical investigation on conformational changes of HIV-1 protease enzyme during interaction with its inhibitors and design of new analogues

    MERVE SENEM AVAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VİLDAN ADAR

  5. Tez No

    304570

    Some applications of benzotriazole compounds in synthetic chemistry

    Benzotriazol bileşiklerinin sentetik kimyadaki bazı uygulamaları

    İLKER AVAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyokimyaAnadolu Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALAATTİN GÜVEN

    PROF. DR. ALAN ROY KATRİTZKY

Geri Dön