Geri Dön

Peptidomimetik yaklaşım ve moleküler modelleme yöntemleri ile YAP-TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edecek peptidlerin tasarlanması

Designing Peptides to Inhibit YAP-TEAD Complex Formation by Peptidomimetic Approach and Molecular Modeling Methods

  1. Tez No: 914735
  2. Yazar: EMRE CAN BULUZ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Peptidomimetik, doğal olmayan amino asitler, YAP/TEAD, moleküler modelleme, Peptidomimetics, non canonical amino acids, YAP/TEAD, molecular modeling
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 156

Özet

Tez çalışması kapsamında doğal ve doğal olmayan amino asitlerden yararlanarak, peptidomimetik yaklaşım ile kanser oluşumu ve gelişiminde rol oynadığı birçok çalışma ile belirlenmiş olan YAP/TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edebilecek peptidlerin tasarlanması amaçlanmıştır. Çalışma amacı doğrultusunda doğal olmayan amino asitlerin iki ve üç boyutlu yapıları Marvin Sketch yazılımı ile oluşturulmuştur. Doğal olmayan amino asitlerin rotamer kütüphaneleri Gfeller ve arkadaşları tarafından makalede hazırlanmış olan dosyalardan derlenmiştir. Doğal olmayan aminoasitlerin parametreleri moleküler dinamik programları olan Gromacs ve CHARMM Kuvvet Alanına uyumlu olan parametre dosyaları Gromacs 2020.6 yazılımına adapte edilmiştir. YAP/TEAD kompleksi için PDB kodu 3KYS olan yapı kullanılmıştır. Bu iki proteinin iyi etkileştiği yapılan çalışmalarla ortaya konmuş üç bölge belirlenmiş olup bu bölgedeki aminoasit dizileri, doğal olmayan aminoasitler ile modifiye edilmiş ve elde edilen yeni peptit dizisi üzerinden bağlanma serbest enerji hesabı yapılmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu serbest enerji miktarı ana yapıya göre daha düşük olduğu belirlenen peptit yapıları moleküler dinamik simülasyonu için başlangıç pozu olarak seçilmiştir. Tasarlanan peptit ve TEAD proteini arasındaki etkileşimlerin incelenmesi için moleküler dinamik simülasyonu ve peptidin çekme simülasyonu Gromacs 2020.6 yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Within the scope of the thesis study, it is aimed to design peptides that can inhibit the formation of YAP/TEAD complex, which has been determined by many studies to play a role in the formation and development of cancer, with the peptidomimetic approach, by using natural and unnatural amino acids. For the study, two and three-dimensional structures of unusual amino acids were created with Marvin Sketch software. The rotamer libraries of unusual amino acids were compiled from the files prepared in the article by Gfeller et al. parameter files of unusual amino acids, which are compatible with the molecular dynamics programs Gromacs and CHARMM Force Field, have been adapted to the Gromacs 2020.6 software. 3KYS PDB coded structure was used for YAP/TEAD complex. Three regions, which have been demonstrated by the studies that these two proteins interact well, have been determined and the amino acid sequences in this region have been modified with unusual amino acids and binding free energy calculations have been made on the new peptide sequence obtained. Peptide structures, whose free energy amount was determined to be lower than the main structure as a result of the modifications, were chosen as the starting pose for molecular dynamics simulation. To examine the interactions between the designed peptide and TEAD protein, molecular dynamics simulation and steered simulation of the peptide were performed using Gromacs 2020.6 software.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    648941

    Integrated ligand- and target-driven-based virtual screening studies for the identification of novel therapeutics against breast cancer

    Meme kanserine karşı yeni terapötiklerin tanımlanmasınayönelik entegre ligand ve hedefe dayalı sanal taramaçalışmaları

    LALEHAN OKTAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyofizikBahçeşehir Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    876534

    Investigation of the mechanisms of hERG1 blocker toxins as anti-cancer agent with molecular modeling techniques

    Anti kanser ajan olarak hERG1 bloker toksinlerin etkime mekanizmalarının moleküler modelleme teknikleri ile incelenmesi

    BERİL ÇOLAK GÜNAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  3. Tez No

    637344

    PD-L1 proteinine yönelik görüntüleme ajanı geliştirilmesi ve sentezi

    Development and synthesis of moleculer imaging agent for protein PD-L1

    CEYDA KÖSE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK

    DR. ÖZGÜR YILMAZ

  4. Tez No

    527223

    Synthesis of cationic antibacterial peptides

    Katyonik antibakteriyel peptitlerin sentezi

    ZEKİYE SEVCAN YEŞİLBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK

  5. Tez No

    767970

    Characterization of BAG-1S/C-raf interaction targeting peptide

    BAG-1S/C-raf etkileşimini hedefleyen peptitin karakterizasyonu

    ECENUR ÇEBİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

Geri Dön