Biyoinformatik programların bazı genişlemiş spektrumlu beta-laktamazları inhibe eden bileşiklerin tanımlanması ve analizinde kullanılması
Use of bioinformatics programs in the identification and analysis of inhibitory compounds for some of the extended spectrum beta-lactamases
- Tez No: 914803
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HESNA YİĞİT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biyoloji, Biotechnology, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoloji, Biyolojik aktivite, Modeller-moleküler, Yetim ilaç, Biology, Biological activity, Models-molecular, Orphan drug
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Adıyaman Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
KPC, TEM, SHV, IMP ve OXA tipi enzimler, karbapenemleri ve/veya genişlemiş spektrumlu β-laktamazları (GSBL) hidroliz ederler. Dünya genelinde yayılmaya devam etmektedirler. Bu nedenle son yıllarda enfeksiyon tedavisinde sorun olmaktadırlar. Bugüne kadar hidroliz profilleri farklılıklar gösterebilen 216 KPC, 258 TEM, 257 SHV, 102 IMP ve 1265 OXA varyantı tanımlanmıştır. Dolayısıyla, bu tip enzimleri inhibe eden yeni bileşiklerin geliştirilmesi gerekmektedir. Bu süreçlerde, araştırma maliyetinin ve süresinin azaltılması için son yıllarda geliştirilen, akademisyenlere açık biyoinformatik web sitelerinin kullanımı yaygınlaşmıştır. Tez çalışmamızda bu web sitelerinden“BindingDB”,“EMBL-EBI”, ve“SwissDrugDesign”kullanılmıştır. Bu programlardan“EMBL-EBI”kullanılarak ülkemizde ve/veya bölgemizde yaygın olan KPC, TEM, SHV, IMP ve OXA tip enzimlerin konsensusları belirlenmiştir. Elde edilen bulgular“Bindingdb”sitesinde bu enzimlere bağlanabilen bileşiklerin taranmasında kullanılmıştır. Buradan seçilen bileşiklerin ilaç olabilme özellikleri (ADME), potansiyel insan hedef proteinleri ve benzerleri ise“SwissDrugDesign”sitesinin sunduğu imkanlar kullanılarak yapılmıştır. Tüm kriterleri taşıyan bileşiklerin ilgili enzime bağlanma enerjileri ve modelleri“SwissDrugDesign”sitesinin bir uygulaması olan“SwissDock AutoDock Vina”kullanılarak yapılmıştır. Sonuç olarak yukarıda bahsedilen tüm enzim tipleri için hali hazırda tedavide kullanılan ilaçlardan daha iyi bağlanma enerjisi gösteren birden fazla bileşik ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca her enzim tipi için en iyi afinite gösteren bileşiklerin, tez kapsamındaki diğer enzimlere bağlanma afiniteleri de araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
KPC, TEM, SHV, IMP, and OXA type enzymes hydrolyze carbapenems and/or extended-spectrum β-lactamases (ESBL). They continue to spread globally. Therefore, they have become a problem in infection treatment in recent years. To date, 216 KPC, 258 TEM, 257 SHV, 102 IMP, and 1265 OXA variants, which can show differences in their hydrolysis profiles, have been identified. Consequently, new compounds that inhibit these types of enzymes need to be developed. In recent years, the use of bioinformatics websites, which are open to academics and have been developed to reduce research costs and time, has become widespread. In our thesis study,“BindingDB,”“EMBL-EBI,”and“SwissDrugDesign”websites were used. Using the“EMBL-EBI”program, the consensus sequences of KPC, TEM, SHV, IMP, and OXA type enzymes prevalent in our country and/or region were determined. The findings obtained were used to screen compounds that can bind to these enzymes on the“BindingDB”website. The drug-like properties (ADME), potential human target proteins, and similar compounds of the selected compounds were evaluated by using the resources provided in the“SwissDrugDesign”website. The binding energies and models of the compounds meeting all criteria to the relevant enzyme were performed using the“SwissDock AutoDock Vina”application of the“SwissDrugDesign”site. As a result, multiple compounds showing better binding energy than the drugs currently used in treatment for all the enzyme types mentioned above were identified and presented in this thesis. In addition, the binding affinities of the compounds showing the best affinity for each enzyme type were also investigated for the other enzyme types examined in the thesis.
Benzer Tezler
- Gen ifade verileri ile işlemsel kanser sınıflandırılması
Operational cancer classification using gene expression data
NAMIK BARIŞ İDİL
- Antiviral direncin yeni nesil dizileme yöntemi ile saptanmasında kullanılacak biyoinformatik iş akışının geliştirilmesi
Development of a bioinformatics workflow to be used in detecting antiviral resistance using the next generation sequencing method
NEŞE ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
İstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Yüksek bor toleransına sahip pseudomonas cinsine ait bazı izolatların genomik kütüphanelerinin oluşturulması ve bor ile ilgili genlerin bulunması
Construction of genomic libraries of some highly boron tolerant isolates of pseudomonas genus and determination of boron related genes
ESRA DİBEK
- Comparative whole genome sequencing and bioinformatic analysis of afreeze-thaw stress-resistant, industrial Saccharomyces cerevisiae strain
Donma-erime stresine dirençli bir endüstriyel Saccharomyces cerevisiae suşunun karşılaştırmalı tüm genom dizileme ve biyoinformatik analizi
BURCU TUĞBA ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
İstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigations of the effects of critically located SNP's on MRNA splicing
SEDA KILIÇ ERCİYAS