Malign melanomların evre progresyonunun entegre diferansiyel gen ekspresyon analizi ile incelenmesi
Examining the differential gene expressions in stage development of malignant melanomas
- Tez No: 916560
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Malign Melanom, Gen İfade Değişikliği, Metastaz, Kanser Yolakları, Malignant Melanoma, Differential Gene Expression, Metastasis, Cancer Pathways
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Malign melanom (MM), epidermisin bazal laminasında yer alan melanositlerin ve bunların farklılaşmasıyla oluşan nevüs hücrelerinin malign transformasyonu sonucu oluşan bir neoplazidir ve dünya üzerindeki kanser ölümlerinin %1-2'sini oluşturmaktadır. MM tümörleri vücutta melanositlerin bulunduğu bölgelerinde (deri, mukoza, göz ve santral sinir sistemi) ortaya çıkabilir; fakat en önemli yerleşim yeri deridir. Deride görülen primer kutanöz melanom, tüm deri kanserlerinin %4'ünü oluşturan, nadir fakat en agresif deri kanseri tipidir. Bu çalışmanın amacı, MM'de evreler arası gen ifade farklılıklarının belirlenmesi, etkilenen gen ve yolakların incelenerek malign melanomda evre progresyonunun aydınlatılmasına katkıda bulunmaktır. Yöntem: Bu çalışmada, GEO (Gene Expression Omnibus) veri bankasından elde edilen, farklı evrelerdeki primer deri melanosit kökenli MM tanılı 162 hastanın mikrodizin verisi incelendi. Benjamini-Hochberg ile normalleştirilen verilere tek yönlü ANOVA analizi uygulandı. Farklı evrelerde görülen gen ifade farklılıkları p-değeri <0,05 alınarak GeneSpring 14.9 programı ile analiz edildi. Gen ifade farklılıkları saptanan genlere DAVID ile KEGG yolak analizi uygulanarak her evrede etkilenen genetik yolaklar ve bu yolaklarda rol alan moleküller incelendi. Cytoscape 8.3.2 programı üzerinden yapılan STRING analizi ile protein-protein etkileşim ağı analizi yapıldı ve merkez genler tespit edildi. Bulgular: MM'nin tüm evrelerinde ifadesinde en çok artış görülen on gen MDM1, FCMR, RENBP, MINPP1, DUSP4, SOX10, CCL3, PAX3, DNAJB14 ve PRKACB; ifadesinde en çok azalma görülen on gen ise MYH11, NFIB, LGALSL, KCND3, MUC1, CYP3A5, KRT33A, C1orf116, FGFR2 ve EPHX2 olarak tespit edildi. Evreler arası ifadeleri artan genlerin yolak analizinde“nöroaktif ligand-reseptör etkileşimi”yolağı tüm evrelerde ifade farklılıklarından en çok etkilenen yolak olarak; ifadeleri azalan genlerin yolak analizinde ise“kalsiyum yolağı”nın evre-I'de,“kanserde proteoglikanlar”yolağının evre-II ve evre-III'te,“kanser yolakları”nın ise evre-IV'te anlamlı derecede ilişkili olduğu tespit edildi. Merkez genlerin KEGG yolak analizleri sonucu“nöroaktif ligand-reseptör etkileşimi yolağı”ve“sitokinsitokin reseptör etkileşimi yolağı”tüm evrelerde MM gelişimi ile ilişkisi olduğu saptandı. Sonuç: Çalışmamızın bulguları doğrultusunda FCMR, DUSP4, SOX10, DNAJB14, NFIB, CYP3A5, KRT33A, C1orf116, FGFR2 ve EPHX2 genlerinde saptanan ifade farklıları, literatürdeki MM'de gen ifade çalışmalarını desteklemektedir. MDM1, RENBP, MINPP1, CCL3, PAX3, PRKACB, MYH11, LGALS1, KCND3 ve MUC1 genlerinin araştırılması gereken biyobelirteç adayları olduğu saptandı. Verilerimizin, MM evre gelişiminin takip ve prognozunda yol gösterici nitelikte olduğunu düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Objective: Malignant melanoma is the neoplasia in which malignant transformation of melanocytes located in the basal lamina of the epidermis and nevus formed by differentiation. The appearance of malignant melanoma structures may occur anywhere melanocytes are present (skin, eye, and central system); however, the major tumor origin is skin. Primary cutaneous melanoma makes up 4% of all skin cancers. It occurs rarely, yet it is the most aggressive type among skin cancers. Melanoma accounts for 1-2% of deaths resulted from cancer in the world. The aim of this study is to analyze the stage progression by elucidating pathways effected by differential gene expression among different stages of malignant melanoma. Method: In this study, microarray data of 162 patients diagnosed with various primary cutaneous malignant melanoma obtained from GEO (Gene Expression Omnibus) database was analyzed. Following data normalization with Benjamini-Hochberg, one-way ANOVA analysis was applied Gene expression differences at different cancer stages were analyzed with GeneSpring 14.9 program, taking p-value <0.05. The pathways affected at each cancer stage and the molecules involved in these pathways were examined by KEGG pathway analysis of differentially expressed genes, which was conducted through DAVID . Proteinprotein interaction networks and central genes were determined by STRING analysis using Cytoscape 8.3.2. Results: The top ten up-regulated genes in all melanoma stages were detected to be MDM1, FCMR, RENBP, MINPP1, DUSP4, SOX10, CCL3, PAX3, DNAJB14 and PRKACB; while the top downregulated genes in all stages were MYH11, NFIB, LGALSL, KCND3, MUC1, CYP3A5, KRT33A, C1orf116, FGFR2 and EPHX2. As a result of KEGG analysis of the diferentially up-regulated genes the“neuroactive ligand-receptor interaction”pathway was the most affected pathway in all stages; while analysis of differentially down-regulated genes resulted in significant association of the“calcium pathway”in stage-I, the“proteoglycans in cancer”pathway in stage-II and stage-III, and the“cancer pathways”in stage-IV. KEGG analysis of central genes revealed“neuroactive ligand-receptor interaction”and“cytokinecytokine receptor interaction”pathways were related to MM at all stages. Conclusions: As a result of this study, FCMR, , DUSP4, SOX10, DNAJB14, NFIB, CYP3A5, KRT33A, C1orf116, FGFR2 and EPHX2 differential expression in melanoma were detected in line with previous studies. Moreover, MDM1, RENBP, MINPP1, CCL3, PAX3, PRKACB, MYH11, LGALS1, KCND3, MUC1 genes were detected to be potential biomarker candidates that should be investigated in detail in future studies. We think that our data might be guiding in the melanoma stage progression and prognosis of the disease.
Benzer Tezler
- Sentinel lenf nodu tutulumu olmayan, erken evre, malign melanom hastalarında sağkalımının araştırılması ve prognostik belirteçlerin sağkalıma etkisi
Research of survival in patients with early malignant melanoma without sentinel lymph node involvement and the effect of prognostic markers on survival
KIVANÇ EMRE DAVUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiKocaeli ÜniversitesiPlastik Cerrahi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH KAĞAN YAŞAR
- Malign melanom olgularının prognostik faktörler açısından 6 yıllık retrospektif klinikopatolojik analizi
Prognostic factors of malignant melanomic cases, 6-year retrospective clinicopathological analysis
AHU GÜLÇİN SARI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN DENİZ TUNÇEL
- Melanositik nevüslerde ve malign melanomlarda immünhistokimyasal PRAME ekspresyonunun araştırılması
Investigation of immunohistochemical PRAME expression in melanocytic nevi and malignant melanomas
YAŞAR ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN KARAHAN
- Bir üniversite hastanesinde 2020-2024 yılları arasında takip edilen malign melanom hastalarının retrospektif değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
MUHAMMED ERAY DÜLGER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
DermatolojiAkdeniz ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hastalıklar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTAN YILMAZ
- Malign melanomlarda HMB-45 ve S-100 Proteini`nin immünohistokimyasal yöntemle değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
AYŞE POLAT