Generation of transgenic flies to uncover the role of the intrinsically disordered regions in transcriptional regulation using Drosophila melanogaster transcription factor bicoid
Drosophila melanogaster transkripsiyon faktörü bicoid kullanılarak kendiliğinden düzensiz bölgelerin transkripsiyon regülasyonundaki rolünü açığa çıkarmak üzere transgenik sineklerin oluşturulması
- Tez No: 917922
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ÖNAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Çok hücreli canlılar tek hücreden kompleks bir organizmaya gelişirler. Gerekli genlerin ihtiyaç duyulan zamanda ve yerde ifade edilmesi için gelişimleri transkripsiyon faktörleri tarafından sıkı bir şekilde koşula bağlı şekilde kontrol edilir. Transkripsiyon faktörlerinin spesifitesi DNA bağlanma bölgeleri aracılığıyla belirlenirken aktiviteleri ile protein, DNA ve küçük moleküllerle olan etkileşimlerini efektör bölgeler düzenler. Efektör bölgeler çoğunlukla düşük kompleksite ve yüksek esnekliğe sahip olup genellikle kendiliğinden düzensizdir. Kendiliğinden düzensiz bölgeler (KDBler), esneklik ve uyumlulukları sayesinde protein aktivitesini koşula bağlı şekilde kontrol eder. Anneden aktarılan morfojen Bicoid, Drosophila melanogaster embriyolarında segmentasyondan sorumlu yüzlerce genin ifadesini düzenleyerek anterior gelişimden sorumlu olan bir transkripsiyon faktörüdür. Embriyo gelişimi için kesinlikle gereklidir ve yokluğu anterior yapılar yerine posterior yapıların oluşumunu sağlar. 60 amino asit uzunluğunda yapılı bir homeodomain (HD)den ve onu amino ve karboksil uçlarında çevreleyen KDBlerden oluşur. D.melanogaster, Lucilia sericata ve Calliphora vicina arasında yapılan tüm Bicoid ve HD değişim deneyleri aracılığıyla efektör bölgelerin Bicoid'in gelişimsel fonksiyonları için gerekli olduğunu bulduk. Drosophila genetik manipülasyon araçlarından rekombinaz-aracılığıyla kaset değişimi tekniğini kullanarak Bicoid efektör bölge mutantı sinekler geliştirdik. Bu sineklerle fenotipik ve moleküler analizler yaparak KDBlerin Bicoid aktivitesini nasıl kontrol ettiğini ortaya çıkarmayı amaçlıyoruz.
Özet (Çeviri)
Multicellular organisms develop from a single cell into a complex organism. Their development is strictly controlled by transcription factors that control the gene expression in a context-dependent manner, so that each gene is expressed at the right time and place. The specificity of transcription factors is determined mainly by their DNA-binding domains; however, their activity and interaction with DNA, proteins, and small molecules are modified by the effector domains (EDs). The EDs are generally low-complexity regions with high flexibility, often intrinsically disordered. Intrinsically disordered regions (IDRs), with their flexible and adaptable nature, help navigate protein activity in a context-dependent manner. The maternal morphogen Bicoid is a transcription factor responsible for the anterior development of Drosophila melanogaster embryos by regulating the expression of hundreds of genes responsible for Drosophila segmentation. It is absolutely required for embryo development and its absence results in the replacement of anterior structures by posterior ones. It consists of a 60 amino acid long structured homeodomain (HD) flanked by IDRs on both amino- and carboxyl termini. Through full Bicoid and HD swap experiments between D.melanogaster, Lucilia sericata, and Calliphora vicina, we found disordered EDs are required for Bicoid's full developmental functions. We used the Drosophila genetic manipulation tool recombinase-mediated cassette exchange to generate Bicoid ED mutant flies. We aim to elucidate the role of IDRs in regulating the activity of Bicoid via phenotypical and molecular analyses.
Benzer Tezler
- Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
E3 ubikitin tanıyıcı proteini RNFT2 ortologu CG13605'in Drosophila melanogaster'da karakterizasyonu
AYŞE KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. ARZU ÇELİK FUSS
- Study of turbomachinery flows using open source analysis software
Açık kaynaklı analiz yazılımı kullanarak turbomakine akışlarının incelenmesi
BÜŞRA ÇETİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiSavunma Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FIRAT OĞUZ EDİS
- Development of transgenic sugar beet (Beta vulgaris L.) plants via chloroplast transformation technology
Kloroplast transformasyon teknolojisi ile transgenik şeker pancarı (Beta vulgaris L.) bitkilerinin geliştirilmesi
MEHMET ÖRGEÇ
Doktora
İngilizce
2025
BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM GÜREL
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMAD SAMEEULLAH
- Transgenik Bt mısırın sıçanların prenatal ve postnatal gelişimi üzerine etkileri
The effects of transgenic Bt corn on prenatal and postnatal development of the rats
SEÇİL POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TURAN AKAY
- Characterization of emergent defects in retinal morphology and gene expression in dCas9-SPH transgenic animals
dCas9-SPH transgenik hayvanlarda retinal morfoloji ve gen ifadesindeki ortaya çıkan kusurların karakterizasyonu
GÖKÇE GÜLDÖŞÜREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CAVİT AĞCA