Generation of transgenic flies to uncover the role of the intrinsically disordered regions in transcriptional regulation using Drosophila melanogaster transcription factor bicoid
Drosophila melanogaster transkripsiyon faktörü bicoid kullanılarak kendiliğinden düzensiz bölgelerin transkripsiyon regülasyonundaki rolünü açığa çıkarmak üzere transgenik sineklerin oluşturulması
- Tez No: 917922
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ÖNAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Embriyo gelişimi, Hayvanlar-transgenik, Moleküler genetik, Rekombinasyon-genetik, Transkripsiyon-genetik, Embryonic development, Animals-transgenic, Molecular genetic, Recombination-genetic, Transcription-genetic
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çok hücreli canlılar tek hücreden kompleks bir organizmaya gelişirler. Gerekli genlerin ihtiyaç duyulan zamanda ve yerde ifade edilmesi için gelişimleri transkripsiyon faktörleri tarafından sıkı bir şekilde koşula bağlı şekilde kontrol edilir. Transkripsiyon faktörlerinin spesifitesi DNA bağlanma bölgeleri aracılığıyla belirlenirken aktiviteleri ile protein, DNA ve küçük moleküllerle olan etkileşimlerini efektör bölgeler düzenler. Efektör bölgeler çoğunlukla düşük kompleksite ve yüksek esnekliğe sahip olup genellikle kendiliğinden düzensizdir. Kendiliğinden düzensiz bölgeler (KDBler), esneklik ve uyumlulukları sayesinde protein aktivitesini koşula bağlı şekilde kontrol eder. Anneden aktarılan morfojen Bicoid, Drosophila melanogaster embriyolarında segmentasyondan sorumlu yüzlerce genin ifadesini düzenleyerek anterior gelişimden sorumlu olan bir transkripsiyon faktörüdür. Embriyo gelişimi için kesinlikle gereklidir ve yokluğu anterior yapılar yerine posterior yapıların oluşumunu sağlar. 60 amino asit uzunluğunda yapılı bir homeodomain (HD)den ve onu amino ve karboksil uçlarında çevreleyen KDBlerden oluşur. D.melanogaster, Lucilia sericata ve Calliphora vicina arasında yapılan tüm Bicoid ve HD değişim deneyleri aracılığıyla efektör bölgelerin Bicoid'in gelişimsel fonksiyonları için gerekli olduğunu bulduk. Drosophila genetik manipülasyon araçlarından rekombinaz-aracılığıyla kaset değişimi tekniğini kullanarak Bicoid efektör bölge mutantı sinekler geliştirdik. Bu sineklerle fenotipik ve moleküler analizler yaparak KDBlerin Bicoid aktivitesini nasıl kontrol ettiğini ortaya çıkarmayı amaçlıyoruz.
Özet (Çeviri)
Multicellular organisms develop from a single cell into a complex organism. Their development is strictly controlled by transcription factors that control the gene expression in a context-dependent manner, so that each gene is expressed at the right time and place. The specificity of transcription factors is determined mainly by their DNA-binding domains; however, their activity and interaction with DNA, proteins, and small molecules are modified by the effector domains (EDs). The EDs are generally low-complexity regions with high flexibility, often intrinsically disordered. Intrinsically disordered regions (IDRs), with their flexible and adaptable nature, help navigate protein activity in a context-dependent manner. The maternal morphogen Bicoid is a transcription factor responsible for the anterior development of Drosophila melanogaster embryos by regulating the expression of hundreds of genes responsible for Drosophila segmentation. It is absolutely required for embryo development and its absence results in the replacement of anterior structures by posterior ones. It consists of a 60 amino acid long structured homeodomain (HD) flanked by IDRs on both amino- and carboxyl termini. Through full Bicoid and HD swap experiments between D.melanogaster, Lucilia sericata, and Calliphora vicina, we found disordered EDs are required for Bicoid's full developmental functions. We used the Drosophila genetic manipulation tool recombinase-mediated cassette exchange to generate Bicoid ED mutant flies. We aim to elucidate the role of IDRs in regulating the activity of Bicoid via phenotypical and molecular analyses.
Benzer Tezler
- Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
E3 ubikitin tanıyıcı proteini RNFT2 ortologu CG13605'in Drosophila melanogaster'da karakterizasyonu
AYŞE KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. ARZU ÇELİK FUSS
- Study of turbomachinery flows using open source analysis software
Açık kaynaklı analiz yazılımı kullanarak turbomakine akışlarının incelenmesi
BÜŞRA ÇETİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiSavunma Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FIRAT OĞUZ EDİS
- Realization of transmitter and receiver clock generation units and channel switching unit in a modified analog radio relay
Değiştirilen bir analog radyodaki verici ve alıcı saat üretimi birimleri ve kanal anahtarlama biriminin gerçekleştirilmesi
AYHAN BÜYÜKSEMERCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT AŞKAR
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN
- Barajların hacim-verim ilişkisi üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MEHMET KILIÇARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
İnşaat MühendisliğiÇukurova Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TEFARUK HAKTANIR