Geri Dön

Transcriptomic investigation of nanoparticle toxicity on HepaRG spheroids

Nanoparçacıkların HepaRG sferoidleri üzerindeki toksisitesinin transkriptomik olarak incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 919541
  2. Yazar: MERVE ERDEN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Farmasötik Toksikoloji, Biotechnology, Pharmaceutical Toxicology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 222

Özet

Nanoparçacıklar kozmetik, ilaç dağıtımı ve tıp gibi birçok alanda kullanımı olmasına ragmen birçok dejavantajı da vardır. Nanoparçacıkların zararlı etkileri henüz tam anlamıyla anlaşılamamıştır ve daha ileri araştırmalara ihtiyaç vardır. Literatürde nanoparçacıklar üzerinde yapılan çalışmalar ya az sayıda nanoparçacıkla veya uygun olmayan hücre hattının veya kültür yönteminin kullanımıyla sınırlı kalmıştır. Bu çalışma nanoparçacıkların HepaRG hücreleri üzerindeki toksisitesinin transkriptomik olarak incelenmesi ve toksisiteye cevap veren genlerin tespit edilmesi üzerine odaklanmaktadır. Primer karaciğer hücresine en iyi alternatif olarak HepaRG hücreleri seçilmiştir. HepaRG hücreleri karaciğerde bulunan hücrelerin mikroçevresini daha iyi oluşturabilmek için 3 boyutlu olarak kültür edilmiştir. Daha sonra oluşturulan 3 boyutlu hücre sferoidleri farklı boyuta ve materyala sahip 11 nanoparçacıkla muamele edilmiştir. Nanoparçacıkların HepaRG hücreleri üzerindeki toksisite mekanizmasının anlaşılması için trankriptomik sekanslama analizleri yapılmıştır. Sonuç olarak, ilaç metabolizması, metal iyon metabolizması, oksidatif stres, epitel-mezenkimal dönüşüm (EMT) ve apoptoz gibi hücre mekanizmalarının ifadesi tüm nanoparçacıklar arasında ortak olarak artmıştır. Nanoparçacık toksisitesine yanıt veren ortak ve özgün genler belirtilmiştir. Bu sonuçlar HepaRG hücrelerinin nanoparçacık toksisitesine verdiği yanıtın mekanizmasının aydınlatılmasına yeni bilgiler eklemektedir.

Özet (Çeviri)

Nanoparticles (NPs) are used in diverse fields such as cosmetics, drug delivery, food industry and medicine. They are easy to produce and easy to modify according to the needs of the application. However, there is an arising concern about the adverse effects of the nanoparticles. Negative impacts of the nanoparticles on human body needs further analysis because nanoparticle exposure of human body increases every day with the widespread usage of these materials in daily products. In literature, the studies about the nanoparticle toxicity remain inadequate since they generally use insufficient number and non-variety of nanoparticles, inappropriate cell line or cell culture method. This study focuses on evaluation of nanoparticle toxicity with transcriptomic analysis. With the help of these analysis, we aim to find the genes that respond to NP toxicity, which might help us better understand the mechanism of the toxicity. HepaRG cells were used as the best alternative to primary hepatocytes. Additionally, to get the results most similar to the in vivo liver organ, HepaRG cells were cultured in 3D spheroids then they were incubated with eleven different nanoparticles of varying materials and sizes. To reveal the genes that responds to nanoparticle toxicity and to find the toxicity mechanisms of nanoparticles on HepaRG spheroids, transcriptome sequencing (RNA-seq) was conducted. Anticipatedly, cellular processes such as drug metabolism, sensitivity to metal ions, oxidative stress, EMT and apoptosis pathways showed enrichement in the DEGs of all nanoparticles. The common and unique genes inbetween different types and sizes of NPs were noted. These results offer novel findings about the toxicity mechanisms of HepaRG spheroids in response to NPs.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    470050

    Investigation of novel rnai and nanoparticle approaches for their anti-proliferative and drug-sensitizing effects in breast cancer

    Meme kanserinde özgün rnai ve nanopartikül yaklaşımlarının anti proliferatif ve ilaç-hassasiyetine yönelik etkilerinin incelenmesi

    ERMIRA JAHJA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

  2. Tez No

    692811

    Molecular characterization of silver-resistant Saccharomyces cerevisiae

    Gümüş stresine dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin moleküler karakterizasyonu

    ERGİ TERZİOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    PROF. DR. CENK SELÇUKİ

  3. Tez No

    601927

    Genomic and transcriptomic investigation of endemic burkitt lymphoma and epstein barr virus

    Başlık çevirisi yok

    YASİN KAYMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikUniversity of Massachusetts Medical School

    DR. JEFFREY A. BAILEY

    DR. ANN M. MOORMANN

  4. Tez No

    853513

    Determination the effects of IL-6 cytokine pathway on the chordoma pathophysiology

    IL-6 sitokin yolağının kordoma patofizyolojisine olan etkilerinin belirlenmesi

    MELİKE BAYINDIR BİLGİÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER FARUK BAYRAK

  5. Tez No

    667344

    Over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizlerde tüm genom düzeyinde transkriptomik farklılıkların araştırılması

    Investigation of transcriptomic differences at whole genome level in monozygotic twins discordant in terms of ovarian cancer

    GÖZDE KURU TÜRKCAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜLYA YAZICI

Geri Dön