Apoptoz modellerinin analizi ile yeni bir model sentezlenmesi
Synthesis of a new apoptosis model through analysis of previous models
- Tez No: 924473
- Danışmanlar: PROF. DR. ELİFE ZERRİN BAĞCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Apoptoz programlanmış hücre ölümü biçimidir. Apoptoz ya hücre yüzeyindeki reseptörlerin uyarılmasıyla ortaya çıkan dışsal sinyallerle ya da DNA hasarı gibi mitokondri bağımlı içsel sinyallerle başlatılır. Bu çalışmada apoptoz matematiksel modelleme ile incelenmiştir. Literatürdeki iki modelin (Bağcı ve Hunziker modelleri) analizi yapılmıştır. Bağcı modeli içsel ve dışsal apoptoz yolaklarının matematiksel modelidir. Dışsal yolak hücre dışındaki uyaranların (hücre ölümü ligandları) hücre zarına ulaşması ve ilgili reseptörlerine bağlanmasıyla başlar. İçsel yolak ise mitokondri bağımlıdır ve mitokondriden sitokrom c nin salınmasıyla başlar. Sonuçta gerçekleşen kaspaz-3'ün aktivasyonu hücrede apoptozun başladığına işaret eder. Hunziker modeli ise p53'ün Mdm2 ile etkileşiminin modelidir. Modelde p53 ve Mdm2 arasında negatif geri bildirim mekanizması vardır. p53 sinyal yolu bir çok giriş ve çıkışa sahiptir. Çok çeşitli stres etkileri p53'ün birikmesi ve aktivasyonuna yol açar. Hunziker modelinde DNA hasarı ve diğer stres etkilerinin simülasyonlarında p53 konsantrasyon değerlerinde osilasyonlar olur. Bu modelin bir modül olarak Bağcı modeline eklenmesi ise ortaya çıkan sentez modelde DNA hasarı ve diğer stres etkilerinde kaspaz-3 konsantrasyonunda osilasyonlar ve artış görülmedi. Ancak bu tez çalışmasında parametrelerden biri fazla DNA hasarını temsil edecek şekilde değiştirildiğinde kaspaz-3 konsantrasyonu zaman içinde osilasyonlar göstererek arttı. Sistem biyolojisi yaklaşımına uygun olarak, sentez model deneyler ışığında gözden geçirilmelidir ve p53'ün seviyesi çeşitli durumlarda (hücre dinlenme durumu ve stres altındaki durumları) elde edilmeli ve modelin bir sonraki versiyonu oluşturulmalıdır.
Özet (Çeviri)
Apoptosis is a form of programmed cell death. It is initiated either by external signals triggered through the stimulation of cell surface receptors or by intrinsic signals, such as DNA damage, which are dependent on mitochondria. In this study, apoptosis was investigated through mathematical modeling. Two models from the literature (Bağcı and Hunziker models) were analyzed. The Bağcı model is a mathematical representation of intrinsic and extrinsic apoptotic pathways. The extrinsic pathway begins with external stimuli (death ligands) reaching the cell membrane and binding to their respective receptors. The intrinsic pathway, on the other hand, is mitochondria-dependent and begins with the release of cytochrome c from the mitochondria. The subsequent activation of caspase-3 signifies the onset of apoptosis in the cell.The Hunziker model, on the other hand, represents the interaction between p53 and Mdm2. The model includes a negative feedback mechanism between p53 and Mdm2. The p53 signaling pathway has numerous inputs and outputs, and various stress factors which lead to the accumulation and activation of p53. In the Hunziker model, simulations involving DNA damage and other stress factors result in oscillations in p53 concentration levels. A combined model was obtained by integrating this model as a module into the Bağcı model. In this combined model, no oscillations or increases in caspase-3 concentration were observed under DNA damage or other stress factors. However, in this thesis, when one parameter was altered to represent excessive DNA damage, caspase-3 concentration exhibited oscillations and increased over time. In line with the systems biology approach, the combined model should be revised in light of experimental data. The level of p53 should be obtained under various conditions (such as resting and stressed states of the cell), and the next version of the model should be developed.
Benzer Tezler
- Design of biodegradable hydrogels for the development of in vitro models for glioblastoma multiforme
Biyobozunur hidrojellerin glioblastoma multiform için in vitro modellerin geliştirilmesi için tasarlanması
PELİN ERKOÇ
Doktora
Türkçe
2017
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDA KIZILEL
YRD. DOÇ. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Fizyolojik hücre ölümü inceleme yöntemi
Observation technics of physiological cell death
ESRA BALABAN GÜREL
- Pirubisin ve interferon a-2b'nin ehrlich aseites tumor (EAT) hücreleri üzerindeki etkilerinin ışık, elektronmikroskopi düzeyinde ve tunel metodu ile incelenmesi
Studying the effects of epirubicin and interferon alpha2b on ehrlich ascites tumor cells using light microscopy, electron microscopy and tunel techniques
ÜNAL USLU
- Fas stimülasyonunun deri ve sinovyal fibroblastlara etkisi
The Effect of Fas stimulation on skin synovial fibroblasts
NURULLAH AKKOÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
RomatolojiDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRBÜZ GÜMÜŞDİŞ