Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer
Östrojen reseptörü alfa pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini kıran uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
- Tez No: 472887
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ÖZGÜR ŞAHİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Tüm dünyadaki meme kanseri vakalarının büyük çoğunluğunu, ERα pozitif meme kanseri alt tipi oluşturmaktadır. Seçici ER modülatörü bir ilaç olan tamoksifen, hastalara önerilen en yaygın endokrin tedavi seçeneğidir ve hastalığın ölüm oranını önemli ölçüde düşürmektedir. Hastalar başlangıçta tamoksifene iyi derecede yanıt verseler de, zamanla direnç geliştirebilirler. Tamoksifen direnci olarak da bilinen bu durum, endokrin tedavi ile ERα-pozitif meme kanseri mücadelesinin önünde önemli bir engel teşkil etmektedir. Son yıllarda gerçekleştirilen global transkriptom analizleri, RNA'ya çevirilen genomik DNA bilgisinin çoğunun proteinlere dönüştürülmediğini göstermiştir. Proteinlere dönüştürülmeyen ve dolayısıyla kodlanmayan RNA'lar (ncRNA) olarak isimlendirilen bu RNA moleküllerinin, dizi-spesifik kromozom modifikasyonları, gen susturma ve protein sinyal yolaklarının düzenlenmesi gibi birçok hücresel süreçlerde yer aldıkları belirtilmiştir. Tamoksifen direncinde, protein ve mikroRNA (miRNA) moleküllerinin rolleri geniş ölçüde tanımlanmış olsa da, uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA, long non coding RNA) rolleri ise henüz yeterince anlaşılmış değildir. Bu tez çalışmasında, tamoksifen direncindeki uzun kodlamayan transkriptlerin etkisini anlamak amacıyla tamoksifen dirençli ERα-pozitif hücre hattı modelleri geliştirilmiş olup; duyarlı ve dirençli hücre modellerinin tüm transkriptom ebadında uzun kodlanmayan RNA ifade profilleri değerlendirilmiştir. Tüm genom RNA-Seq dizileme analizinin sonuçları, 330 tane uzun kodlamayan RNA'nın, tamoksifene dirençli hücre hattında parental hücre hattına kıyasla farklı şekilde ifade edildiğini göstermektedir. İfade kat değişimi, kanserle ilişkilendirilmesi ve geçerliliği onaylanmış uzun kodlanmayan RNA kriterleri dikkate alınarak bir filtreleme uygulanmış ve iki aday uzun kodlanmayan RNA çalışma için seçilmiştir. Çalışmaya bu iki lncRNA'dan hedeflenebilme potansiyeli ile ifadesinde artma görülen ile devam edilmiş olup; ifade seviyesindeki artış eş zamanlı PCR metodu ile doğrulanmıştır Daha sonra, bir antisens oligonükleotid (ASO) ile aday lncRNA'nın ifadesinin susturulmasının dirençli hücreleri tamoksifene yeniden duyarlı hale getirdiği gösterilmiştir. Aday lncRNA'nın tamoksifen direncinin kırılması üzerindeki potansiyel etkisi lncRNA hedef alındığında önce artmış LC3 II / LC3 I oranı ile gösterilen otofaji indüksiyonu, ardından kesilmiş Kaspaz 7 ile desteklenen apoptoz ile moleküler seviyede açıklanmaya çalışılmıştır. Ayrıca, tamoksifen ile tedavi edilen ERα-pozitif meme kanseri hasta veri setlerinin analizi, aday lncRNA'nın yüksek ifadesinin hastaların genel, nükssüz ve hastalıksız sağkalımlarını olumsuz yönde etkilediğini göstermiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında ER pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini düzenleyen ve tedavi yanıtının değerlendirilmesinde potansiyel bir biyobelirteç özelliği taşıyan yeni bir aday lncRNA tanımlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Most of the breast cancer incidences all over the world fall into Estrogen Receptor alpha (ERα)-positive breast cancer subtype, which are treated with endocrine therapy. Tamoxifen, a selective ER modulator drug, is the most prescribed endocrine therapy option for the patients, providing a decreased mortality rate. Although patients respond to tamoxifen well initially they may lose their sensitivity to tamoxifen and develop resistance which is a major obstacle when tackling ERα-positive breast cancer. Global transcriptome analyses performed in recent years demonstrated that most parts of the genomic DNA that are transcribed into RNA are not further translated into proteins. RNA molecules that are not converted into proteins and are therefore called non-coding RNAs (ncRNA) were found to be involved in cellular processes like sequence-specific chromosome modifications, gene silencing and regulation of protein signaling pathways. While the roles of protein and microRNA (miRNA) regulators in the tamoxifen resistance have been identified, the roles of long non-coding RNAs in tamoxifen resistance are still elusive. To elucidate the impact of the long non-coding transcripts in tamoxifen resistance, I have developed acquired tamoxifen resistant ERα-positive cell line models and examined alterations in their transcriptome with respect to long non-coding RNA expression. The results of whole genome RNA-Seq analysis showed that 330 long non-coding transcripts were differentially expressed in the tamoxifen resistant cell line compared to its parental counterpart. I filtered-out ncRNAs according to criteria based on fold change, cancer-association, and being a validated lncRNA, and I ended up with two candidate lncRNAs. Here, I continued with the upregulated candidate lncRNA and confirmed its elevated expression by qRT-PCR in both of the in vitro acquired tamoxifen resistant cell line models I used. Moreover, I showed that knockdown of the candidate lncRNA using antisense oligonucleotide (ASO) re-sensitizes resistant cells to tamoxifen. This sensitization effect of candidate lncRNA was achieved via induction of autophagy shown by increased LC3 II/LC3 I ratio followed by apoptosis evidenced by cleaved Caspase 7 when the lncRNA was targeted. Finally, analysis of tamoxifen-treated, ERα-positive breast cancer patient data sets suggested that higher expression of the candidate lncRNA was associated with poor overall, relapse-free and disease-free survival of the patients. Overall, in this thesis, I identified a novel lncRNA regulator of tamoxifen resistance and a potential biomarker of therapy response.
Benzer Tezler
- Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing
Mantle hücreli lenfomalarda özgün tanı, prognoz belirteci veya tedavi hedefi olma potansiyeline sahip uzun kodlamayan RNA'ların tüm transkriptom dizi analizi yoluyla belirlenmesi
DENİZ KURŞUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Identification of long non-coding RNAs that regulates apoptosis in human
İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
ULVİ AHMADOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Investigation of long non-coding RNA and chromatin interactions in HeLa cells
HeLa hücrelerinde uzun kodlanmayan RNA ve kromatin etkileşimlerinin araştırılması
MELİS ATBİNEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Kolon poliplerinde ve kolon adenokanserlerinde uzun kodlamayan RNA'ların ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of long non-coding RNAs in colon polyps and colon adenocarcinomas
SAMET EBİNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÜZEL TANOĞLU
- Identification of expression levels of transcripts in tumors and tumor microenvironment and investigation of their relationship to clinical characteristics in diagnostic mantle cell lymphoma cases
Tanısal mantle hücreli lenfoma olgularında tümör ve tümör mikroçevresindeki transkript ifadelerinin tüm transkriptom analizleri aracılığıyla belirlenmesi ve klinik karakteristiklerle ilişkilerinin araştırılması
ESRA ESMERAY SÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK