Kolorektal kansere yönelik aday biyobelirteçlerin validasyonu ve bu biyobelirteçlere ait kompetitif endojen RNA etkileşim ağının (ceRNET) tanımlanması
Validation of candidate biomarkers for colorectal cancer and the identification of their competitive endogenous RNA network (ceRNET)
- Tez No: 924880
- Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolorektal kanserin (KRK) dünya genelinde görülme sıklığı tüm kanserler arasında üçüncü sırada yer almaktadır. Yılda yaklaşık 900 bin kişinin ölümüne neden olan KRK'nın teşhisi için kullanılan biyobelirteçler hastalığın heterojen yapısından ve karmaşık gelişim süreçlerinden dolayı yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle kolorektal kanserdeki anahtar moleküler mekanizmalarının tanımlanması ve hızlı teşhise imkan sağlayan prognostik biyobelirteçlerin tanımlanması, hem hastaların tedaviye verdiği yanıtların artmasına hem de yanlış tedavi stratejilerinden kaynaklı oluşan ekonomik zararın minimum düzeye indirilmesine katkı sağlayacaktır. Kompetitif endojen RNA'lar (ceRNA'lar), mikro RNA yanıt elemanlarını (MRE) paylaşmaktadır. Böylece ortak MRE'ler aracılığıyla mikro RNA'ları (miRNA) engelleyebilmekte ve birbirlerinin ekspresyonunu düzenleyebilmektedir. ceRNA olarak kodlama yapan RNA (mesajcı RNA-mRNA) ve kodlama yapmayan RNA'lar,“miRNA süngeri”görevi görmektedir. ceRNA'lar ve miRNA'lar kompetitif endojen RNA ağı (ceRNET) adı verilen karmaşık düzenleyici ağlar oluşturmaktadır. ceRNA ağlarındaki fonksiyonel etkileşimler, birçok biyolojik süreci koordine etmeye ve kanser patogenezine dair bilgilerin elde edilmesine katkıda bulunmaktadır. Tez kapsamında, aday dört biyobelirtecin (THBS2, FN1, COL1A1 ve COL5A1) RNA ve protein seviyesinde validasyonunun yanı sıra kolorektal kanserde onkogenez ve metastaz sürecindeki ceRNET'in ortaya çıkarılmasıyla patogenezde anahtar görevi gören potansiyel moleküllerin tanımlanması ve biyobelirteç olarak kullanılabilirliklerinin sorgulanması amaçlanmıştır. 180 hastadan oluşan prospektif örnekleminde ilgili genlerin protein ve mRNA seviyeleri analiiz edilmiştir. Aynı zamanda taze dokudan elde edilen RNA'lardan RNA dizileme yapılarak metastatik süreçlerde rol alan ceRNET regülatörleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, COL1A1, COL5A1 ve THBS2 ifade seviyelerinin primer ve metastatik tümör dokularında normal dokulara kıyasla anlamlı olarak arttığını gösterilmiştir. Ek olarak metastatik tümör dokusunda primer tümör dokusuna kıyasla COL1A1 ve COL5A1 ifade seviyelerinin anlamlı artışı metastazla ilişkili olarak prognostik biyobelirteç potansiyellerini destekleyici sonuçlar ortaya çıkarmıştır. Protein analizlerinde ise COL1A1, COL5A1 ve THBS2 protein seviyelerinin metastazlı KRK hastalarında metastazsız KRK hastalarına kıyasla anlamlı olarak arttığı gösterilmiştir. Bu durum COL1A1, COL5A1 ve THBS2 protein seviyelerinin metastazla ilişkili olarak prognostik biyobelirteç potansiyellerini destekleyici sonuçlar ortaya çıkarmıştır.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) ranks third among all cancers in terms of global incidence. Biomarkers used for the diagnosis of CRC, which causes the death of approximately 900 thousand people annually, are insufficient due to the heterogeneous structure of the disease and complex development processes. Therefore, identifying the key molecular mechanisms in colorectal cancer and defining prognostic biomarkers that allow rapid diagnosis will contribute to both increasing the response of patients to treatment and minimizing the economic loss caused by incorrect treatment strategies. Competitive endogenous RNAs (ceRNAs) share microRNA response elements (MREs). Thus, they can inhibit microRNAs (miRNAs) through common MREs and regulate each other's expression. RNAs that code (messenger RNA-mRNA) and do not code as ceRNAs act as“miRNA sponges”. ceRNAs and miRNAs form complex regulatory networks called the competitive endogenous RNA network (ceRNET). Studies on cancer, in particular, yield results supporting the use of ceRNAs as independent biomarkers. In this context, despite having many unknowns, the discovery of endogenous miRNA sponges and ceRNET guides the functionalization of a large part of the transcriptome. It also has the potential to enable the development of new and exciting treatment strategies targeting key nodes in ceRNETs to be added to miRNA therapy approaches. Within the scope of the thesis, in addition to the validation of the four candidate biomarkers (THBS2, FNI, COL1A1 and COL5A1) at the RNA and protein levels, it is aimed to reveal the ceRNET in oncogenesis and metastasis processes in colorectal cancer, to identify potential molecules that play a key role in pathogenesis, and to question their usability as biomarkers. For this purpose, a prospective sample of 180 patients was created. Protein and mRNA levels of related genes were analyzed in this prospective sample. At the same time, RNA sequencing was performed from RNA obtained from fresh tissue and ceRNET regulators involved in metastatic processes were identified. As a result, it was shown that COL1A1, COL5A1 and THBS2 expression levels were significantly increased in primary and metastatic tumor tissues compared to normal tissues. In addition, a significant increase in COL1A1 and COL5A1 expression levels in metastatic tumor tissue compared to primary tumor tissue revealed results supporting their prognostic biomarker potential in relation to metastasis. In protein analyzes, it was shown that COL1A1, COL5A1 and THBS2 protein levels were significantly increased in metastatic CRC patients compared to non-metastatic CRC patients. This situation revealed results supporting the prognostic biomarker potential of COL1A1, COL5A1 and THBS2 protein levels in relation to metastasis.
Benzer Tezler
- Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo
Interactomics to determine new drug targets with data mining: In silico a scenario
BESTE UNCU
- Synthesis of dye-conjugated PD-L1 targeted peptides for use in pet/ct in diagnosis of lung cancer
Akciğer kanseri teşhisi için PET/CT sistemlerinde kullanılacak PD-L1 proteini hedefli boya takılı peptitlerin sentezi
SAADET YEŞİLMEN
- EAG1 iyon kanalının in vitro hedeflenmesi için kolorektal kanser hücre hattında nanobody tasarımı
Nanobody design in colorectal cancer cell line for in vitro targeting the EAG1 ion channel
ŞEYDA KAYA
- Radyoterapi ile eşzamanlı oksaliplatin+kapesitabin uygulanan lokal ileri evre kolorektal kanserli olgularda etkinlik ve toksisitenin değerlendirilmesi
The efficacy and tolerability of concomittant chemoradiotherapy with oxaliplatin plus capecitabine on the patients with locally advanced colorectal cancer
SEVİL YILDIRIM
- Fusobacterium nucleatum fadA proteini için DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers for the fadA protein of fusobacterium nucleatum
DİLAN AKTAŞ
