Geri Dön

Kolorektal kansere yönelik aday biyobelirteçlerin validasyonu ve bu biyobelirteçlere ait kompetitif endojen RNA etkileşim ağının (ceRNET) tanımlanması

Validation of candidate biomarkers for colorectal cancer and the identification of their competitive endogenous RNA network (ceRNET)

  1. Tez No: 924880
  2. Yazar: BERŞAN SEÇİL DUREL AVCIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 231

Özet

Kolorektal kanserin (KRK) dünya genelinde görülme sıklığı tüm kanserler arasında üçüncü sırada yer almaktadır. Yılda yaklaşık 900 bin kişinin ölümüne neden olan KRK'nın teşhisi için kullanılan biyobelirteçler hastalığın heterojen yapısından ve karmaşık gelişim süreçlerinden dolayı yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle kolorektal kanserdeki anahtar moleküler mekanizmalarının tanımlanması ve hızlı teşhise imkan sağlayan prognostik biyobelirteçlerin tanımlanması, hem hastaların tedaviye verdiği yanıtların artmasına hem de yanlış tedavi stratejilerinden kaynaklı oluşan ekonomik zararın minimum düzeye indirilmesine katkı sağlayacaktır. Kompetitif endojen RNA'lar (ceRNA'lar), mikro RNA yanıt elemanlarını (MRE) paylaşmaktadır. Böylece ortak MRE'ler aracılığıyla mikro RNA'ları (miRNA) engelleyebilmekte ve birbirlerinin ekspresyonunu düzenleyebilmektedir. ceRNA olarak kodlama yapan RNA (mesajcı RNA-mRNA) ve kodlama yapmayan RNA'lar,“miRNA süngeri”görevi görmektedir. ceRNA'lar ve miRNA'lar kompetitif endojen RNA ağı (ceRNET) adı verilen karmaşık düzenleyici ağlar oluşturmaktadır. ceRNA ağlarındaki fonksiyonel etkileşimler, birçok biyolojik süreci koordine etmeye ve kanser patogenezine dair bilgilerin elde edilmesine katkıda bulunmaktadır. Tez kapsamında, aday dört biyobelirtecin (THBS2, FN1, COL1A1 ve COL5A1) RNA ve protein seviyesinde validasyonunun yanı sıra kolorektal kanserde onkogenez ve metastaz sürecindeki ceRNET'in ortaya çıkarılmasıyla patogenezde anahtar görevi gören potansiyel moleküllerin tanımlanması ve biyobelirteç olarak kullanılabilirliklerinin sorgulanması amaçlanmıştır. 180 hastadan oluşan prospektif örnekleminde ilgili genlerin protein ve mRNA seviyeleri analiiz edilmiştir. Aynı zamanda taze dokudan elde edilen RNA'lardan RNA dizileme yapılarak metastatik süreçlerde rol alan ceRNET regülatörleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, COL1A1, COL5A1 ve THBS2 ifade seviyelerinin primer ve metastatik tümör dokularında normal dokulara kıyasla anlamlı olarak arttığını gösterilmiştir. Ek olarak metastatik tümör dokusunda primer tümör dokusuna kıyasla COL1A1 ve COL5A1 ifade seviyelerinin anlamlı artışı metastazla ilişkili olarak prognostik biyobelirteç potansiyellerini destekleyici sonuçlar ortaya çıkarmıştır. Protein analizlerinde ise COL1A1, COL5A1 ve THBS2 protein seviyelerinin metastazlı KRK hastalarında metastazsız KRK hastalarına kıyasla anlamlı olarak arttığı gösterilmiştir. Bu durum COL1A1, COL5A1 ve THBS2 protein seviyelerinin metastazla ilişkili olarak prognostik biyobelirteç potansiyellerini destekleyici sonuçlar ortaya çıkarmıştır.

Özet (Çeviri)

Colorectal cancer (CRC) ranks third among all cancers in terms of global incidence. Biomarkers used for the diagnosis of CRC, which causes the death of approximately 900 thousand people annually, are insufficient due to the heterogeneous structure of the disease and complex development processes. Therefore, identifying the key molecular mechanisms in colorectal cancer and defining prognostic biomarkers that allow rapid diagnosis will contribute to both increasing the response of patients to treatment and minimizing the economic loss caused by incorrect treatment strategies. Competitive endogenous RNAs (ceRNAs) share microRNA response elements (MREs). Thus, they can inhibit microRNAs (miRNAs) through common MREs and regulate each other's expression. RNAs that code (messenger RNA-mRNA) and do not code as ceRNAs act as“miRNA sponges”. ceRNAs and miRNAs form complex regulatory networks called the competitive endogenous RNA network (ceRNET). Studies on cancer, in particular, yield results supporting the use of ceRNAs as independent biomarkers. In this context, despite having many unknowns, the discovery of endogenous miRNA sponges and ceRNET guides the functionalization of a large part of the transcriptome. It also has the potential to enable the development of new and exciting treatment strategies targeting key nodes in ceRNETs to be added to miRNA therapy approaches. Within the scope of the thesis, in addition to the validation of the four candidate biomarkers (THBS2, FNI, COL1A1 and COL5A1) at the RNA and protein levels, it is aimed to reveal the ceRNET in oncogenesis and metastasis processes in colorectal cancer, to identify potential molecules that play a key role in pathogenesis, and to question their usability as biomarkers. For this purpose, a prospective sample of 180 patients was created. Protein and mRNA levels of related genes were analyzed in this prospective sample. At the same time, RNA sequencing was performed from RNA obtained from fresh tissue and ceRNET regulators involved in metastatic processes were identified. As a result, it was shown that COL1A1, COL5A1 and THBS2 expression levels were significantly increased in primary and metastatic tumor tissues compared to normal tissues. In addition, a significant increase in COL1A1 and COL5A1 expression levels in metastatic tumor tissue compared to primary tumor tissue revealed results supporting their prognostic biomarker potential in relation to metastasis. In protein analyzes, it was shown that COL1A1, COL5A1 and THBS2 protein levels were significantly increased in metastatic CRC patients compared to non-metastatic CRC patients. This situation revealed results supporting the prognostic biomarker potential of COL1A1, COL5A1 and THBS2 protein levels in relation to metastasis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    565024

    Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo

    Interactomics to determine new drug targets with data mining: In silico a scenario

    BESTE UNCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    OnkolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

  2. Tez No

    592439

    Kanser taramalarına yönelik tutum ölçeği geliştirilmesi

    Development of an attitude scale for cancer screening

    ELİF NUR YILDIRIM ÖZTÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Halk SağlığıNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Halk Sağlığı Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET UYAR

  3. Tez No

    929954

    Kolorektal kanserde çoklu ilaç direncine karşı ın siliko terapötik peptit tasarlanması ve etkinliğinin in vitro incelenmesi

    Design of in silico therapeutic peptide against multidrug resistance in colorectal cancer and in vitro investigation of its efficacy

    HANDE MADEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RABİA ÇAKIR

  4. Tez No

    844679

    Timoma ve timik karsinom vakalarında PD-L1 ve SOX-2 ekspresyonunun klinikopatolojik bulgularla ilişkisi

    The relationship of PD-L1 and SOX-2 expression with clinicopathological findings in case of thymoma and thymic carcinoma

    HAKAN ÖZTÜRKÇÜ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    PatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYLİN GÜL

  5. Tez No

    739767

    Determining novel target genes in WNT/𝛽-catenin signaling pathway using machine learning

    WNT/beta-catenin sinyal yolağında makine öğrenmesi ile hedef genler belirlenmesi

    CEMRE KEFELİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDRES OCTAVIO ARAVENA DUARTE

Geri Dön