Salatalıkta (Cucumis sativus) patojen ilişkili protein 1 (PR-1) gen ailesinin genom çapında in-silico analizi ve karekterizasonu
Genome-wide in-silico analysis and characterization of the pathogen-related protein 1 (PR-1) gene family in cucumber (Cucumis sativus)
- Tez No: 927060
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Genetik, Biotechnology, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Bitki patolojisi, Biyoinformatik, Moleküler genetik, Phytopathology, Bioinformatics, Molecular genetic
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Haliç Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Salatalık (Cucumis sativus L.) biyolojik ve ekonomik açıdan önemli ve global ölçekte tarımı yapılan bir bitkidir. C. sativus yüksek ilgi ve tüketime sahip, üretimi ile üretici ülkelerin ekonomisine ve besin güvenliğine katkıda bulunan önemli bir tarla bitkisidir. Salatalık üretiminde başta mantar ve virüs kaynaklı olmak üzere çeşitli patojen organizmalar hasat verimini ve ürün kalitesini önemli ölçüde düşürmektedir. Bu bağlamda biyotik ajanlara karşı dirençli bitkilerin seçilmesi ve geliştirilmesi için, bu patojenlere karşı yanıt oluşturan moleküler mekanizmanın anlaşılması yüksek önem arz etmektedir. Bu çalışmada biyotik stres faktörleri etkisi ile aktivite gösteren moleküler yanıt sisteminin önemli bir parçası olan patojen ilişkili 1 (PR1) genlerinin C. sativus genomunda in-silico analizi gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizlerde C. sativus genomunda 17 farklı PR1 geni/proteini tanımlanmıştır. Çoğunlukla tek ekzonlu olan bu genler 15-21 kDa aralığında proteinler (CsPR1) üretimini kontrol etmektedir. Bu proteinlerin anti bakteriyel, antifungal ve antiviral özellik kazandıran CAP_PR-1 (IPR001283/IPR034113) domainine sahip, genellikle hücre dışı boşlukta lokalize olmuş proteinler olduğu tespit edilmiştir. CsPR1 proteinlerinin çopunlukla hidrofilik karakterli olduğu ve 6 adet korunmuş motif içerdiği tespit edilmiştir. Proteinlerin 3D yapıları daha önce karakterize edilmiş olan Solanum lycopersicum 1CFE PR14A proteini homolojisine dayalı olarak oluşturulmuş ve sekonder yapı analizleri gerçekleştirilmiştir. Filogenetik analizler ML dayalı olarak gerçekleştirmiş ve CsPR1 proteinlerinin filogenetik ağaçta familya ayrımı olmadan diğer organizmalarda tespit edilen PR1 proteinleriyle beraber dağınık olarak yer almıştır. Salatalık genomunda tanımlanan PR1 genleri ve proteinleri ile ilgili elde edilen bilgiler hastalıklara dirençli varyetelerin geliştirilmesine katkı sağlaması amacıyla literatüre sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Cucumber (Cucumis sativus L.) is a biologically and economically significant crop that is cultivated on a global scale. C. sativus is a field crop of high interest and consumption, contributing to the national production and food security of producing countries. In cucumber production, various pathogenic organisms, especially fungi and viruses, have been shown to significantly reduce harvest yield and product quality. Consequently, there is a pressing need to elucidate the molecular mechanisms underlying the plant's response to these pathogens. In the present study, an in-silico analysis of pathogenesis related 1 (PR1) gene was performed in the C. sativus genome. PR1s represent a pivotal component of the molecular response system activated by biotic stress factors. The analysis yielded the identification of 17 distinct PR1 genes/proteins within the C. sativus genome. These genes, which are mainly characterized by a single exon, regulate the synthesis of proteins (CsPR1) with a molecular weight ranging from 15 to 21 kDa. These proteins are typically localized in the extracellular space and possess a CAP_PR-1 (IPR001283/IPR034113) domain that confers antibacterial, antifungal, and antiviral properties. CsPR1 proteins exhibit a predominant hydrophilic character and are comprised of six conserved motifs. Three-dimensional structures of the proteins were generated based on the homology of the previously characterized Solanum lycopersicum PR14A protein, and secondary structure analyses were also performed. Phylogenetic analyses were performed based on maximum likelihood (ML) and CsPR1 proteins were distributed in the phylogenetic tree together with PR1 proteins identified in other organisms without family distinction. The information obtained about PR1 genes and proteins identified in the cucumber genome is presented to the literature to contribute to the development of disease-resistant varieties.
Benzer Tezler
- Pamuk beyazsineği (Bemisia tabaci (Genn.)(Homoptera: Aleyrodidae)'nin konukçu değişimi ve populasyon gelişmesinin tesbiti
Migration of cotton whitefly, Bemisia tabaci (Gennadius), (Homoptera: Aleyrodidae) between various host plants and its population changes
HÜSEYİN GÖÇMEN
- Çoruh havzasında fiziki coğrafya özelliklerinin beşeri ve iktisadi coğrafyaya etkileri
Başlık çevirisi yok
SİNAN TABAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
CoğrafyaMarmara ÜniversitesiCoğrafya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAMAZAN ÖZEY
- Sigara dumanına maruz bırakılmış salatalık (Cucumis sativus L.) fidelerinde kök yaşarma sıvısının büyüme hormanları ile ilgili çeşitli biyolojik testlerdeki aktivitesinin belirlenmesi
An investigation on the activity of root xylem exudate of cucumber (cucumis sativus l. ) seedlings in various bioassays related to plant growth hormones
SONGÜL ÇANAKÇI
- Diyet faktörlerinin seborreye etkisi
Başlık çevirisi yok
ÖKKEŞ CANAN GÜLKESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiPROF.DR. ERGİN SENCER