Geri Dön

Salatalıkta (Cucumis sativus) patojen ilişkili protein 1 (PR-1) gen ailesinin genom çapında in-silico analizi ve karekterizasonu

Genome-wide in-silico analysis and characterization of the pathogen-related protein 1 (PR-1) gene family in cucumber (Cucumis sativus)

PDF İndir

  1. Tez No: 927060
  2. Yazar: HAMIZ NASRULLAZADE
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Haliç Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Salatalık (Cucumis sativus L.) biyolojik ve ekonomik açıdan önemli ve global ölçekte tarımı yapılan bir bitkidir. C. sativus yüksek ilgi ve tüketime sahip, üretimi ile üretici ülkelerin ekonomisine ve besin güvenliğine katkıda bulunan önemli bir tarla bitkisidir. Salatalık üretiminde başta mantar ve virüs kaynaklı olmak üzere çeşitli patojen organizmalar hasat verimini ve ürün kalitesini önemli ölçüde düşürmektedir. Bu bağlamda biyotik ajanlara karşı dirençli bitkilerin seçilmesi ve geliştirilmesi için, bu patojenlere karşı yanıt oluşturan moleküler mekanizmanın anlaşılması yüksek önem arz etmektedir. Bu çalışmada biyotik stres faktörleri etkisi ile aktivite gösteren moleküler yanıt sisteminin önemli bir parçası olan patojen ilişkili 1 (PR1) genlerinin C. sativus genomunda in-silico analizi gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizlerde C. sativus genomunda 17 farklı PR1 geni/proteini tanımlanmıştır. Çoğunlukla tek ekzonlu olan bu genler 15-21 kDa aralığında proteinler (CsPR1) üretimini kontrol etmektedir. Bu proteinlerin anti bakteriyel, antifungal ve antiviral özellik kazandıran CAP_PR-1 (IPR001283/IPR034113) domainine sahip, genellikle hücre dışı boşlukta lokalize olmuş proteinler olduğu tespit edilmiştir. CsPR1 proteinlerinin çopunlukla hidrofilik karakterli olduğu ve 6 adet korunmuş motif içerdiği tespit edilmiştir. Proteinlerin 3D yapıları daha önce karakterize edilmiş olan Solanum lycopersicum 1CFE PR14A proteini homolojisine dayalı olarak oluşturulmuş ve sekonder yapı analizleri gerçekleştirilmiştir. Filogenetik analizler ML dayalı olarak gerçekleştirmiş ve CsPR1 proteinlerinin filogenetik ağaçta familya ayrımı olmadan diğer organizmalarda tespit edilen PR1 proteinleriyle beraber dağınık olarak yer almıştır. Salatalık genomunda tanımlanan PR1 genleri ve proteinleri ile ilgili elde edilen bilgiler hastalıklara dirençli varyetelerin geliştirilmesine katkı sağlaması amacıyla literatüre sunulmuştur.

Özet (Çeviri)

Cucumber (Cucumis sativus L.) is a biologically and economically significant crop that is cultivated on a global scale. C. sativus is a field crop of high interest and consumption, contributing to the national production and food security of producing countries. In cucumber production, various pathogenic organisms, especially fungi and viruses, have been shown to significantly reduce harvest yield and product quality. Consequently, there is a pressing need to elucidate the molecular mechanisms underlying the plant's response to these pathogens. In the present study, an in-silico analysis of pathogenesis related 1 (PR1) gene was performed in the C. sativus genome. PR1s represent a pivotal component of the molecular response system activated by biotic stress factors. The analysis yielded the identification of 17 distinct PR1 genes/proteins within the C. sativus genome. These genes, which are mainly characterized by a single exon, regulate the synthesis of proteins (CsPR1) with a molecular weight ranging from 15 to 21 kDa. These proteins are typically localized in the extracellular space and possess a CAP_PR-1 (IPR001283/IPR034113) domain that confers antibacterial, antifungal, and antiviral properties. CsPR1 proteins exhibit a predominant hydrophilic character and are comprised of six conserved motifs. Three-dimensional structures of the proteins were generated based on the homology of the previously characterized Solanum lycopersicum PR14A protein, and secondary structure analyses were also performed. Phylogenetic analyses were performed based on maximum likelihood (ML) and CsPR1 proteins were distributed in the phylogenetic tree together with PR1 proteins identified in other organisms without family distinction. The information obtained about PR1 genes and proteins identified in the cucumber genome is presented to the literature to contribute to the development of disease-resistant varieties.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    667651

    İnorganik fosfat çözücü ve bitki büyümesini teşvik edici bazı mikrofungusların Mazıdağı kaya fosfatı eşliğinde salatalık bitkisinin (Cucumis sativus L.) büyüme ve gelişimi üzerine etkisi

    The effect of inorganic phosphate solubulizing and plant growth promoter microfungi on the growth and development of cucumber plant (Cucumis sativus L.) in the presence of Mazidagi rock phosphate

    KAĞAN VERYER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET NURİ AYDOĞAN

  2. Tez No

    506384

    Juglonun salatalıkta (Cucumis sativus) antioksidan enzim aktiviteleri ve gen ifadeleri üzerine etkileri

    Activity and gene expression analysis of antioxidant enzymes in juglone applied cucumber

    EZGİ CİBALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Bilim ve TeknolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL KOCAÇALIŞKAN

  3. Tez No

    143122

    Peroxidation of membrane lipids in minimally processed cucumbers packaged under modified atmospheres

    Minimal işlem görmüş ve modifiye atmosferde paketlenmiş salatalıklarda membran lipidlerinin peroksidasyonu

    BARÇIN KARAKAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH YILDIZ

  4. Tez No

    779758

    Evaluation of the effect of metalaxyl-M and chlorothalonil against downy mildew in cucumber and investigation of their residues

    Metalaxyl-M ve klorothalonil'in salatalıkta mildiyö hastalığına karşı etkisinin değerlendirilmesi ve kalıntılarının incelenmesi

    SAIFULDEEN JASIM MOHAMMED MOHAMMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    ZiraatÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Tarım ve Yaşam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA GÜRKÖK TAN

  5. Tez No

    513611

    Salatalıkta ısı şoku proteinlerinin biyoinformatik analizleri ve abiyotik stres koşullarına tepkisinin omiks yaklaşımlar kullanılarak incelenmesi

    Bioinformatics analysis of cucumber heat shock proteins and investigation of response to abiotic stress conditions by using omics approaches

    NECDET MEHMET ÜNEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiKastamonu Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU

Geri Dön