Genomic and biological characterization of tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)
Domates kahverengi buruşuk meyve virüsü (ToBRFV)'nün biyolojik ve genomik karakterizasyonu
- Tez No: 928064
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Domates kahverengi buruşuk meyve virüsü (Tobamovirus fructirugosum, ToBRFV) özellikle domates ve biber gibi ekonomik açıdan önemli Solanaceae bitkilerine yönelik önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Bu çalışmada ToBRFV domates ve biber bitkilerinde araştırılmış ve (1) virüsün moleküler tespiti ve tanımlanması; (2) hassas konukçularda detaylı simptom karakterizasyonu; (3) bilinen bir Tobamovirüs dayanıklılık geni olan Tm-2² geninin varlığı için çeşitlerin taranması ve (4) ToBRFV izolatlarının kapsamlı genetik karakterizasyonu için tüm genom dizileme ve analizi çalışmaları yapılmıştır. 2024 yılında, domates ve biber çeşitleri mekanik olarak ToBRFV ile inokule edilmiş ve hastalık şiddeti değerlendirilmiştir. Sonuçlarda bazı çeşitlerin çok hassas, bazılarının hassas ve bir tanesinin de tolerans gösterdiği ortaya çıkmıştır. Tm-2² dayanıklılık genini araştırmak için Tetra-primer Amplifikasyon Refrakter Mutasyon Sistemi (ARMS) ko-dominant primerleri kullanılmıştır. Enfekteli bitkilerden çift iplikli RNA (dsRNA) ekstraksiyonu yapılmış ve tüm genom karakterizasyonu için yüksek kapasiteli dizilemeye (YKD) tabi tutulmuştur. YKD verilerinin doğrulanması için, ToBRFV genomunu kapsayan, örtüşen bölgeleri hedefleyen yeni primer çiftleri tasarlanmış ve RT-PCR analizi ile Sanger dizilemesinde kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Tomato brown rugose fruit virus (Tobamovirus fructirugosum, ToBRFV), represents a significant threat to economically important Solanaceous crops, especially tomato and pepper. This study investigated ToBRFV in tomato and pepper, encompassing: (1) molecular detection and identification of the virus; (2) detailed symptom characterization in susceptible hosts; (3) screening of varieties for the presence of the Tm-2² gene, a known Tobamovirus resistance gene and (4) whole genome sequencing and analysis for comprehensive genetic characterization of ToBRFV isolates. In 2024, tomato and pepper varieties were mechanically inoculated with ToBRFV, and disease severity was assessed. Results revealed that some varieties were highly susceptible, others were susceptible, and one exhibited tolerance. Tetra-primer Amplification Refractory Mutation System (ARMS) co-dominant markers were used to investigate the Tm-2² resistance gene. Double-stranded RNA (dsRNA) was extracted from infected plants, and subjected to high-throughput sequencing (HTS) for whole genome characterization. For the validation of HTS data, new primer pairs, targeting overlapping regions spanning the near-complete ToBRFV genome, were designed and employed in RT-PCR analysis followed by Sanger sequencing.
Benzer Tezler
- 1994-2022 yılları arasında izole edilen Newcastle hastalığı virüslerinin genomik ve biyolojik karekterizasyonu
Genomic and biological characterization of Newcastle disease viruses isolated between 1994 and 2022
ÖZLEM KARDOĞAN
Doktora
Türkçe
2026
Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADİR SERDAR DİKER
- Streptomyces alboniger BA2'nin yeni doğal ürünlerinin karakterizasyonu ve biyolojik aktiviteleri
Characterization and biological activity of new natural products from Streptomyces alboniger BA2
EVLİN MIZRAKLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiDicle ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU İNCE BOSTANCI
- Arı ekmeğinin biyokimyasal, duyusal karakterizasyonu ve biyolojik aktivitesinin in vitro belirlenmesi
Biochemical, sensory characterization of bee bread and in vitro determination of its biological activity
HACER ERGÜN
Doktora
Türkçe
2025
BiyoteknolojiBursa Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKÇE TANER
- İndol türevi antimikrobiyal yeni bileşiklerin sentezleri, yapı aydınlatmaları ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi
Synthesis of new antimicrobial indole derivatives, characterization and biological activity evaluation
ÖZLEM ÖZTÜRK CEYLAN
- Systematic identification and characterization of human candidate intronic rnas from short-read rna-seq data
Kısa okuma rna dizileme verilerinden insan intronik rna adaylarının sistematik tanımlanması ve karakterizasyonu
DİLEK CANSU GÜRER ER
Doktora
İngilizce
2026
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL