Genomic and biological characterization of tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)
Domates kahverengi buruşuk meyve virüsü (ToBRFV)'nün biyolojik ve genomik karakterizasyonu
- Tez No: 928064
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Domates kahverengi buruşuk meyve virüsü (Tobamovirus fructirugosum, ToBRFV) özellikle domates ve biber gibi ekonomik açıdan önemli Solanaceae bitkilerine yönelik önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Bu çalışmada ToBRFV domates ve biber bitkilerinde araştırılmış ve (1) virüsün moleküler tespiti ve tanımlanması; (2) hassas konukçularda detaylı simptom karakterizasyonu; (3) bilinen bir Tobamovirüs dayanıklılık geni olan Tm-2² geninin varlığı için çeşitlerin taranması ve (4) ToBRFV izolatlarının kapsamlı genetik karakterizasyonu için tüm genom dizileme ve analizi çalışmaları yapılmıştır. 2024 yılında, domates ve biber çeşitleri mekanik olarak ToBRFV ile inokule edilmiş ve hastalık şiddeti değerlendirilmiştir. Sonuçlarda bazı çeşitlerin çok hassas, bazılarının hassas ve bir tanesinin de tolerans gösterdiği ortaya çıkmıştır. Tm-2² dayanıklılık genini araştırmak için Tetra-primer Amplifikasyon Refrakter Mutasyon Sistemi (ARMS) ko-dominant primerleri kullanılmıştır. Enfekteli bitkilerden çift iplikli RNA (dsRNA) ekstraksiyonu yapılmış ve tüm genom karakterizasyonu için yüksek kapasiteli dizilemeye (YKD) tabi tutulmuştur. YKD verilerinin doğrulanması için, ToBRFV genomunu kapsayan, örtüşen bölgeleri hedefleyen yeni primer çiftleri tasarlanmış ve RT-PCR analizi ile Sanger dizilemesinde kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Tomato brown rugose fruit virus (Tobamovirus fructirugosum, ToBRFV), represents a significant threat to economically important Solanaceous crops, especially tomato and pepper. This study investigated ToBRFV in tomato and pepper, encompassing: (1) molecular detection and identification of the virus; (2) detailed symptom characterization in susceptible hosts; (3) screening of varieties for the presence of the Tm-2² gene, a known Tobamovirus resistance gene and (4) whole genome sequencing and analysis for comprehensive genetic characterization of ToBRFV isolates. In 2024, tomato and pepper varieties were mechanically inoculated with ToBRFV, and disease severity was assessed. Results revealed that some varieties were highly susceptible, others were susceptible, and one exhibited tolerance. Tetra-primer Amplification Refractory Mutation System (ARMS) co-dominant markers were used to investigate the Tm-2² resistance gene. Double-stranded RNA (dsRNA) was extracted from infected plants, and subjected to high-throughput sequencing (HTS) for whole genome characterization. For the validation of HTS data, new primer pairs, targeting overlapping regions spanning the near-complete ToBRFV genome, were designed and employed in RT-PCR analysis followed by Sanger sequencing.
Benzer Tezler
- Streptomyces alboniger BA2'nin yeni doğal ürünlerinin karakterizasyonu ve biyolojik aktiviteleri
Characterization and biological activity of new natural products from Streptomyces alboniger BA2
EVLİN MIZRAKLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiDicle ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU İNCE BOSTANCI
- Çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı litik bakteriyofajın izolasyonu, karakterizasyonu ve fajın n-asetil sistein ile biyofilm üzerindeki etkisi
Isolation and characterization of a lytic bacteriophage against multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa isolates and its effect on n-acetyl cysteine and biofilm
MAJDA LICINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN
- İnsan büyüme hormonunun (BH-N) klonlanması, ekspresyonu ve izole büyüme hormonu eksikliği sendromunun genetik karakterizasyonu
Cloning and expression of the human growth hormone (GH-N) and genetic characterization of the isolated growth hormone deficiency syndrome
AJDA ÇOKER
- Molecular characterization of a propolis-resistant saccharomyces cerevisiae strain obtained by inverse metabolic engineering
Tersine metabolik mühendislik yöntemiyle elde edilen propolis dirençli saccharomyces cerevisiae suşunun moleküler karakterizasyonu
FİLİZ DEMİR YILMAZ
Doktora
İngilizce
2025
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Doğu Akdeniz bölgesi turunçgil üretim alanlarında turunçgil psorosis virüsü (CPsV)'nün yaygınlığının araştırılması, moleküler olarak tanılanması ve karakterizasyonu
Investigation of the prevalence of citrus psorosis virus (CPsV) in the citrus production areas of the Eastern Mediterranean region, and its molecular identification and characterization
SAİME BÜŞRA FİDANCI