Klebsiella pneumoniae izolatlarının genişlemiş spektrumlu Beta-Laktamaz profilinin genotipik ve fenotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of extended spectrum Beta-Lactamase profiles of Klebsiella pneumoniae isolates by using genotypic and phenotypic methods
- Tez No: 931568
- Danışmanlar: PROF. DR. UFUK HASDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antibiyotik direnci, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz, Klebsiella pneumoniae, kolorimetrik test, polimeraz zincir reaksiyon, Antibiotic resistance, colorimetric test, extended spectrum beta-lactamase, Klebsiella pneumoniae, polymerase chain reaction
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Amaç: Çalışmamızda, hastanemizde izole edilen klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretiminin, fenotipik ve genotipik yöntemlerle tespitini ve bölümümüzde yeni geliştirilen kolorimetrik-GSBL testinin performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 2018-2023 yılları arasında hastanemizde izole edilen seftazidim ve seftriakson MİK'leri GSBL tarama sınır değeri (>1mg/L) üzerinde olan 100; altında (≤1mg/L) olan 20 K. pneumoniae izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatlarda GSBL pozitifliği ve negatifliği, kombinasyon disk testi ile konfirme edilmiştir. İzolatların DNA'ları ekstrakte edilerek üç GSBL geni, blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M, için spesifik primerlerle PZR yapılmıştır. PZR testinde GSBL genlerinden en az biri saptanan izolatlarda kolorimetrik-GSBL testinin, GSBL saptamadaki performansı değerlendirilmiştir. Kolorimetrik-GSBL testi, belirli konsantrasyonlarda sefotaksim/seftriakson ve pH indikatörü olarak fenol-kırmızısı içeren bir tüpte gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Tarama testinde MİK'leri >1 mg/L üzerinde olan 100 K. pneumoniae izolatın tamamı kombinasyon disk testi ile GSBL pozitif olarak doğrulanmıştır. İzolatların %97'sinde PZR ile araştırılan GSBL genlerinden en az biri saptanmıştır. En sıklıkla rastlanan GSBL geni, tek başına veya diğer bir GSBL geni ile birlikte blaCTX-M (%95,9) olmuştur. İzolatlardaki blaTEM geninin oranı %55,7 ve blaSHV geninin oranı %50,5 olarak saptanmıştır. Üç geni bir arada taşıyan izolatların oranı %28,9'dur. PZR test sonuçlarını göre, PZR pozitif 97 izolatın 94'ü kolorimetrik-GSBL testi ile pozitif sonuç vermiştir. PZR negatif 20 izolatın ise kolorimetrik-GSBL testi ile hepsi GSBL negatif bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda, K. pneumoniae izolatlarımızda en yaygın GSBL geninin blaCTX-M olduğu ve izolatların yarısından çoğunda ikili veya üçlü GSBL gen kombinasyonlarının varlığı belirlenmiştir. Kolorimetrik-GSBL testinin, blaCTX-M, blaSHV ve blaTEM, genlerini saptamadaki duyarlılığının ve özgüllüğünün yüksek olduğunu kaydedilmiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim of this study is to detect the production of extended spectrum beta-lactamase (ESBL) in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae isolated from our hospital using phenotypic and genotypic methods and to evaluate the performance of a newly developed colorimetric ESBL test in our department. Materials and Methods: Between 2018 and 2023, 100 K. pneumoniae isolates with ceftazidime and ceftriaxone MICs above the ESBL screening breakpoint (>1 mg/L) and 20 K. pneumoniae isolates with MICs below the breakpoint (≤1mg/L) that were isolated in our hospital were included in the study. The ESBL positivity and negativity of the isolates was confirmed by a combination disk test. The DNA of the isolates was extracted and PCR was performed with specific primers for three ESBL genes: blaTEM, blaSHV and blaCTX-M. The performance of the colorimetric-ESBL test in detecting ESBL in isolates in which at least one of the ESBL genes was detected in the PCR test was evaluated. The colorimetric-ESBL test was performed in a tube containing specific concentrations of cefotaxime/ceftriaxone and phenol red as a pH indicator. Results: Using the VITEK® 2 Compact automated system, 100 K. pneumoniae isolates with MICs above >1 mg/L in the screening test were confirmed as ESBL positive using the combination disk test. At least one of the ESBL genes tested by PCR was detected in 97 % of the isolates. The most frequently occurring ESBL gene was blaCTX-M (95.9 %), alone or in combination with another ESBL gene. The proportion of isolates carrying all three genes together was 28.9 %. According to the PCR test results, 94 of 97 PCR-positive isolates showed positive results in the colorimetric-ESBL test. Of the 20 PCR-negative isolates, all were found to be ESBL-negative in the colorimetric-ESBL test. Conclusion: Our study showed that the most common ESBL gene in our K. pneumoniae isolates was blaCTX-M and more than half of the isolates had a double or triple ESBL gene combination. The evaluation of extensive studies showed that the sensitivity and specificity of the colorimetric-ESBL test in detecting the blaCTX-M, blaSHV and blaTEM genes were high.
Benzer Tezler
- Çevresel enterobacteriaceae izolatlarında beta-laktamazları kodlayan genlerin tespit edilmesi
Detection of the genes encoding beta-lactamases in environmental enterobacteriaceae isolates
HAZAL ZORBOZAN
- Kedi ve köpeklerde genişlemiş spektrumlu beta laktamaz, AMPC beta laktamaz üreten escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarının prevalansı ve moleküler tiplendirmesi
The prevalence and molecular typing of extended spectrum beta lactamase and ampc beta lactamase producer escherichia coli and klebsiella pneumoniae isolates of cats and dogs
MERVE GİZEM SEZENER
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FINDIK
- Kars yöresinde insanlarda üriner sistem enfeksiyonlarından izole edilen escherichia coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında CTX-m, tem ve SHV tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz aktivitesinin otomatize ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of CTX-M, tem and SHV TYPE extended spectrum beta-lactamase activity by automated and molecular methods in escherichia coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from urinary track infections in humans in Kars Region, Turkey
SİBEL DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH BÜYÜK
- Farklı şehirlerde izole edilen enterobacterıaceae üyelerinde CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi ve moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi
Investigation of the prevalence and molecular epidemiology of CTX-M type extended spectrum beta-lactamase producers among enterobacteriaceae family isolated in different cities
GÜLFEM TEREK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP GÜLAY
- Klinik örneklerden izole edilen e. colı ve klebsıella cinsi bakterilerde çift difüzyon tarama ve çift sinerji yöntemleri ile genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının araştırılması
Investigation of the antibiotic resistance and preventing of extended spectrum beta-lactamase of e. coli and klebsiella species isolated from clinic samples
ÖZGENUR ÜNAL ÇOLAK