Studying the interaction of SSA and RAC with nascent polypeptide chains by selective ribosome profiling
SSA ve RAC'in yeni oluşan polipeptit zincirleri ile etkileşiminin selektif ribozom profilleme ile incelenmesi
- Tez No: 932248
- Danışmanlar: PROF. DR. BERND BUKAU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Belirtilmemiş.
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ruprecht-Karls-Universität-Heidelberg
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Yeni sentezlenen proteinin de novo katlanması, yaşayan organizmalar için gerekli bir süreçtir. Bazı moleküler şaperonlar, ribozomlarda sentezlenen yeni polipeptit zincirlerine geçici olarak bağlanır. Bu şaperonlar, katlanmayı desteklemek için katlanmamış veya kısmen katlanmış proteinleri stabilize eder ve böylece bu proteinlerin birikmesini (agregasyonunu) veya bozulmasını (degredasyonunu) önler. Selektif Ribozom Profilleme (SeRP), şaperonların“ribozom-yeni oluşan zincir kompleksleri”(RNC'leri) ile hangi translasyon aşamasında etkileşime girdiğini incelemeye olanak tanıyan yeni bir tekniktir. Bu tez çalışmasının amacı, SeRP tekniğini kullanarak Ssa1 ve RAC'in (Ssz1 ve Zuo1) yeni oluşan polipeptit zincirleri ile gerçekleştirdiği eş zamanlı translasyonel (ko-translasyonel) etkileşimi araştırmaktır. Böylelikle ökaryotlarda şaperon destekli eş zamanlı translasyonel (ko-translasyonel) katlanma prensiplerinin ortaya konması hedeflemektedir. Bu amaçla, Ssa1, Ssz1 ve Zuo1'un SeRP analizleri ayrı ayrı gerçekleştirilerek, her birinin yeni oluşan polipeptidlerle etkileşimleri (interaktom) ve her bir faktörün spesifik bağlanma desenleri belirlenmiştir. Bulgularıma göre, Ssa ve RAC'in SeRP verileri, her iki faktörün de yeni oluşan polipeptit zincirleri ile eş zamanlı olarak translasyon sırasında etkileşime girdiğini göstermektedir. Ssa ve RAC'in yeni oluşan polipeptit zinciriyle etkileşimi, translasyonun ileri fazında gerçekleşmektedir. Ayrıca, Ssa ve RAC'in etkileşim profilleri, faktör bağlanma desenlerinin oldukça değişken olduğunu göstermekte ve her bir yeni oluşan proteinin kendine özgü ihtiyaçlarını işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
The de novo folding of the newly synthesized protein is an essential process for living organisms. Some molecular chaperones transiently bind nascent polypeptide chains as they are being synthesized on ribosomes to support folding by stabilizing unfolded or partly folded proteins and thereby preventing these proteins from aggregating or being degraded. Selective Ribosome Profiling (SeRP) is a new technique that allows studying at what stage of translation the chaperones engage with ribosome-nascent chain complexes (RNCs). The aim of this dissertation study is to investigate the co-translational interaction of Ssa1 and RAC (Ssz1 and Zuo1) with emerging polypeptide chains by using SeRP which will address the principles of chaperone-assisted co-translational folding in eukaryotes. To this end, SeRP of Ssa1, Ssz1 and Zuo1 was performed individually to identify both the nascent interactomes of each and the specific binding patterns of every factor. According to my findings, the SeRP data of Ssa and RAC reveal that both factors interact with nascent polypeptide chains co-translationally. Ssa and RAC interaction with the nascent polypeptide chain occurs in the later phase of the translation. Furthermore, the interaction profiles of the Ssa and RAC show highly variable patterns of factor binding indicating the specific needs of every nascent protein.
Benzer Tezler
- Comparison of interaction of poly(ethylene glycol) and poly(oligo (ethylene glycol) methyl ether methacrylate) with water using molecular dynamics simulation
Poli(etilen glikol) ve poli(oligo(etilen glikol) metileter metakrilat) polimerlerinin su ile etkileşiminin moleküler dinamik simülasyonu ile karşılaştırılması
YAWER ABBAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Polimer Bilim ve Teknolojisiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESMA VOLGA BULMUŞ ZAREIE
- Sosyal bilgiler dersinde yerel tarih öğretimine ilişkin sosyal bilgiler öğretmen adaylarının görüşlerinin belirlenmesi (MAKÜ örneği)
Determining the opinions of prospective social science teachers about teaching local history in social science lessons (MAKU sample)
SÜMEYYE POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
TarihBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiSosyal Bilgiler ve Türkçe Eğitimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET SAİT KORKMAZ
- Katkılanmış grafenin yapısal ve elektromanyetik dalga etkileşiminin incelenmesi
Investigation of the structural and electromagnetic wave interaction of doped graphen
MİNE UĞURLU ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2024
Mühendislik BilimleriAtatürk ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL
- Investigating the semileptonic B TO K1(1270; 1400) decays in QCD sum rules
QCD toplama kurallari çerçevesinde B mezonunun yarı leptonik K1(1270; 1400) geçişlerinin incelenmesi
HÜSEYİN DAĞ
Doktora
İngilizce
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiFizik Bölümü
PROF. DR. MEHMET ZEYREK
- Youtube sosyal paylaşım ağının popüler müzik üzerine etkisi: 2010 yılı sonrası dönemde Türkiye örnekleri incelemesi
The effects of Youtube social sharing network for popular music: Rewieving the examples in Turkey at period after 2010
YILMAZ GÜNEY ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Müzikİstanbul Kültür Üniversitesiİletişim Sanatları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİNÇ KOÇAK