Microsporum canis ve trichophyton mentagrophytes teşhisine yönelik lamp kiti geliştirilmesi
Development of lamp technique for diagnosis M.canis and T.mentagrophytes
- Tez No: 932762
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Bu tez çalışmasında hayvanlardan en çok izole edilen dermatofit etkenleri olan M.canis ve T.mentagrophytes'in, klinik örneklerden hızlı teşhisine yönelik bir LAMP yönteminin geliştirilmesi ve sonrasında geliştirilen bu yöntemin saha şartlarında uygulanabilirliğinin gösterilmesi hedeflendi. Çalışmada, yöntemde kullanılmak üzere primer tasarımı için CHS-1 gen bölgesi seçildi. Bu gen bölgesine yönelik tasarlanan primerler ile süre optimizasyonu yapıldı. Süre optimizasyonundan sonra geliştirilen LAMP yöntemi referans materyaller ile denendi. Yöntemin özgül ve duyarlı olduğu belirlendi. Tüm deneylere, çıplak gözle objektif olarak değerlendirmeye olanak sağlayan HNB boyası eklenerek ve reaksiyon süresi sonunda renk değişimi objektif olarak değerlendirildi. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na gönderilen konvansiyonel mikolojik ekim yöntemi ile teşhisi yapıldıktan sonra kültürlerden izole edilmiş 108 (64 M.canis, 44 T.mentagrophytes) adet DNA ile geliştirilen yöntem denendi. Bu denemeden sonra LAMP yönteminin saha şartlarında kullanılabilirliğini arttırmak amacıyla geliştirilen kıl örneklerinden hızlı fungal DNA ekstraksiyonu yöntemi geliştirildi. Ankara Üniversitesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı stoklarında bulunan 100 adet kıl örneğiyle bu ekstraksiyon yönteminin ardından LAMP yöntemi uygulanarak valide edildi. Yapılan validasyon çalışmalarından elde edilen veriler yardımıyla geliştirilen yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğü ve tekrarlanabilirliği hesaplandı. Yapılan çalışmalar sonucunda geliştirilen yöntemin kıl örneklerinden tespit limiti M.canis için 100 spor/ml, T.mentagrophytes için 100 spor/ml, kültür örneklerinden 10 spor/ml ve 10 spor/ml, DNA örneğinden 0,00048 ng/µl ve 0,00048 ng/µl olarak bulundu. Geliştirilen yöntem hazır DNA'lara uygulandığında özgüllüğün her iki etken için de %100, duyarlılığın M.canis için 96,87, T.mentagrophytes için 95,45 bulundu. Paralel olarak geliştirilen hızlı ekstraksiyon yöntemi ile yapılan çalışmada, özgüllüğün her iki etken için de %100, duyarlılığın M.canis için 94,73, T.mentagrophytes için 91,66 olduğu belirlendi. LAMP yöntemi ile konvansiyonel mikolojik yönteminin sonuçları ve bu tez kapsamında geliştirilen yöntemin sonuçları karşılaştırıldığında elde edilen sonuçlara göre geliştirilen yöntemin saha şartlarında uygulanabilir olduğu, duyarlılık ve özgüllük değerlerinin diğer yöntemler ile karşılaştırılabilir olduğu görüldü. Bu tez çalışmasında dünyada ilk defa 30 dk'da M.canis ve T.mentagrophytes'in teşhis edilebildiği duyarlı ve özgül bir LAMP yöntemi tasarlanmış oldu. Geliştirilen bu LAMP yönteminin M.canis ve T.mentagrophytes'in düşük bütçeli laboratuvarlar ve veteriner kliniklerinde hızlı, güvenilir, doğru bir şekilde teşhis edilebilmesini sağlayacağı ve teşhis ile tedavi arasında geçen sürenin minimuma indirilmesi sonucunda gereksiz ilaç kullanımının engellenebileceği ve tedavi başarısının arttırılmasını sağlayacağı sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to develop a LAMP assay for rapid screening of M. canis and T. mentagrophytes which are most commonly isolated dermatophyte causative agents from animals, and to demonstrate the applicability of this assay under field conditions. The CHS-1 gene region was selected for primers design to be used in the study. The duration optimization was performed by using primers designed for this gene region. Then, the developed LAMP assay was tested by using reference materials. The assay was found to be specific and sensitive.In all trials, the color change was evaluated by adding HNB dye which allows objective evaluation by the naked eye at the end of the reaction. A total of 108 DNA (64 M.canis, 44 T.mentagrophytes) were tested after being identified conventionally at the Microbiology Department, Faculty of Veterinary Medicine, Ankara University. Then, a rapid fungal DNA extraction method from hair samples was developed in order to increase the usability of LAMP assay under field conditions. A total of 100 hair samples were tested by the developed LAMP assay after being extracted by using the above-mentioned extraction method.The sensitivity, specificity, and repeatability of the developed assay were calculated after using the data obtained from validation studies. As a result, the detection limits of M.canis and T.mentagrophytes were 100 spores/ml and 100 spores/ml in hair samples, 10 spores/ml and 10 spores/ml in culture samples, 0.00048 ng/µl and , 0.00050 ng/µl in DNA samples respectively.When the developed assay was applied to the previously prepared DNAs of M.canis and T.mentagrophytes, the specificity was 100% and 100%, the sensitivity was 96.87% and 95.45, respectively.In parallel with the rapid extraction method developed in the study, the specificity was 100% and 100%, the sensitivity was 94.73 and 91.66 for M.canis and T.mentagrophytes respectively. The comparison of the results obtained from the LAMP assay, conventional mycological methods and the assay developed in this study, revealed that the developed assay was applicable under field conditions and the sensitivity and specificity values were comparable with other methods. In this study, a sensitive and specific LAMP assay was developed for the first time in the world in which M.canis and T.mentagrophytes can be identified in 30 minutes. In conclusion, the developed LAMP assay could enable M.canis and T.mentagrophytes to be identified quickly, reliably, accurately in laboratories which lacks for fundings and veterinary clinics, the unnecessary medication use could be prevented and the treatment success would be increased as a result of minimizing the time between diagnosis and treatment.
Benzer Tezler
- Bazı klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin belirlenmesi, moleküler olarak nitelendirilmesi ve konakları ile olan etkileşimlerinin incelenmesi
Identification and molecular characterization of mycoviruses infecting specific clinical dermatophyte isolates, and investigation of their interactions with host organism
GÜLCE EDİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ILGAZ AKATA
DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
- Molecular methods identification of dermatophytes using (PCR) techniques for patients in Al-Anbar governoret- Iraq
Ramadi eğitim hastanesine (Irak) başvuran hastalarda moleküler yöntemle dermatofitlerin tanımlanması
ABDULATEEF ABDULQADER HAMMOOD
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
MikrobiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZCAN ÖZKAN
DR. JALEEL SAMANJE
- Dermatofitlerin identifikasyonunda moleküler yöntemlerin yeri ve uygulanabilirliğinin belirlenmesi
The place of molecular methods in the identification of dermatophytes and the determination of their feasibility.
FATMA BIYIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ YEĞENOĞLU
- Klinik örneklerden soyutlanan dermatofitlerin (Trichophyton rubrum kompleks, Trichophyton mentagrophytes kompleks ve Microsporum canis) fenotipik heterojenliği
Phenotypic heterogeneity of dermatophytes (trichophyton rubrum complex, trichophyton mentagrophytes complex and microsporum canis) detailed from clinical samples
ÇAĞLA YILDIZ ALAGÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAMAZAN İNCİ
- Kahramanmaraş ve çevresinde dermatofitozis etkenlerinin belirlenmesi ve Trichophyton rubrum, Trichophyton mentagrophytes'in proteaz aktivitesinin araştırılması
Determination of dermatophytosis agents in Kahramanmaraş and investigation of protease activity of Trichophyton rubrum, Trichophyton mentagrophytes
HÜSEYİN TANIŞ
Doktora
Türkçe
2008
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. NİLÜFER CİHANGİR
PROF. ZÜLAL AŞCI TORAMAN