Leigh sendromu ile ilişkili bazı genlerdeki yanlış anlamlı SNP'lerin biyoinformatik araçlar kullanılarak analizi
Analysis of missense SNPs in some genes associated with leigh syndrome using bioinformatics tools
- Tez No: 933282
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHSİN KONUK, DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Leigh sendromu, nadir rastlanan bir nörodejeneratif bozukluktur. Araştırmalar sonucunda, SURF1 ve NDUFV1 genlerinde meydana gelen tek nükleotid polimorfizmleri, Leigh sendromu ile ilişkilendirilmiştir. Bu tezin amacı, Leigh sendromu ile ilişkili SURF1 ve NDUFV1 genlerindeki zararlı yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerin (SNP) yapılan in silico analizler sonucunda elde edilen veriler ile deneysel çalışmalar ve farklı araştırmalar için literatüre katkı sağlayacaktır. Bu çalışmanın amacı, leigh sendromu ile ilişkilendirilmiş olan SURF1 ve NDUFV1 genlerindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerin (SNP) biyoinformatik araçlar kullanılarak incelenmesidir. Çalışmada, zararlı SNP'lerin veri eldesi kısmında NCBI dbSNP ve UniProtkb çevrimiçi yazılım araçları kullanılmıştır. Çalışmanın devamında, SNP'lerin tahmini için PredictProtein, SNPs&GO, SIFT, Meta-SNP, PANTHER, PolyPhen-2, PhD-SNP yazılım araçlarından faydalanılırken, zararlı SNP'lerin protein stabilizasyonu üzerine etkisini incelemek için I-Mutant2.0 ve MUpro yazılım araçları kullanılmıştır. Gen-gen etkileşimlerini belirlemek için GeneMANIA ve protein-protein etkileşimlerini incelemek amacıyla STRING yazılım aracı kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, SURF1 genindeki 6 amino asit değişiminin (G124E, Y274D, Y117S, R118W, R137W ve G159W), NDUFV1 genindeki 12 amino asit değişiminin (E214K, R88G, R88C, R224C, R386C, E408K, G87S, G146V, R88H, G306C, G321S ve E246K) tüm programlar açısından ortak zararlı olduğu bilgisine ulaşılmıştır. İn silico analizler, hızlı ve düşük maliyetli olması açısından avantajlıdır. Yapılan bu in silico tez çalışmasının gelecekte yapılacak olan klinik çalışmalara referans olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Leigh syndrome is a rare neurodegenerative disorder. Research has shown that single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the SURF1 and NDUFV1 genes are associated with Leigh syndrome. The aim of this thesis is to contribute to the literature by providing data from in silico analyses of deleterious missense SNPs in the SURF1 and NDUFV1 genes associated with Leigh In this study, NCBI dbSNP and UniProtKB online software tools were used for data acquisition of deleterious SNPs. Subsequently, software tools such as PredictProtein, SNPs&GO, SIFT, Meta-SNP, PANTHER, PolyPhen-2, and PhD-SNP were utilized to predict SNPs, while I-Mutant2.0 and MUpro software tools were employed to examine the effects of deleterious SNPs on protein stabilization. Gene-gene interactions were determined using GeneMANIA, and protein-protein interactions were analyzed using the STRING software tool. The results indicated that 6 amino acid substitutions (G124E, Y274D, Y117S, R118W, R137W, and G159W) in the SURF1 gene and 12 amino acid substitutions (E214K, R88G, R88C, R224C, R386C, E408K, G87S, In silico analyses are more efficient than laboratory studies due to their speed and cost-effectiveness. Therefore, this in silico thesis is expected to serve as a reference for future clinical studies.
Benzer Tezler
- Mitokondriyal hastalıklarda retrospektif değerlendirme ile fenotip, genotip ilişkisinin belirlenmesi
Assessment of phenotype and genotype relationship in mitochondrial diseases, retrospective evaluation
FULYA ÖZDEMİRCİOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEN FATMA GÖKÇAY
- Prematürelerde kordon kanı vasküler endotelyal büyüme faktörü düzeyi ile patent duktus arteriyosus ilişkisinin değerlendirilmesi
The relationship between cord blood vascular endothelial growth factor levels and patent ductus arteriosus of premature infants
HAYRETTİN YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ PERK
- Writing as a challenge to victorian patriarchal values: Elizabeth Browning's Aurora Leigh
Victoria ataerkil toplumunun değerlerine bir başkaldırı olarak yazma: Elizabeth Barrett Browning'in Aurora Leigh adlı şiiri
SONER KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
İngiliz Dili ve EdebiyatıÇankaya Üniversitesiİngiliz Edebiyatı ve Kültür İncelemeleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM UZUNDEMİR
- Uncertainty in language prediction: Investigating L2 speakers' predictive processing skills
Dil tahmininde belirsizlik: İkinci dil konuşanların tahmine dayalı işlem becerilerinin araştırılması
AYBORA KOC
- Hypervirial analysis of endosed quantum mechanical systems
Kapalı kuantum mekanik sistemlerinin hypervirial analizi
ÖMÜR UĞUR
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
MatematikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN TAŞELİ