Geleneksel Türk yoğurdundan izole edilen Streptococcus thermophilus izolatlarında CRISPR kodlu direncin karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of CRISPR encoded resistance and effects on technological properties of Streptococcus thermophilus isolated from traditional Turkish yogurt
- Tez No: 935298
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED ZEKİ DURAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Gıda Mühendisliği, Mikrobiyoloji, Genetics, Food Engineering, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Bu çalışmanın amacı, yerel yoğurt örneklerinden potansiyel starter kültürlerin seçimi için Streptococcus thermophilus (S. thermophilus) izolatlarının edinilmiş bağışıklık hafızasından kaynaklanan Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) profilleri ile teknolojik starter özelliklerine ilişkin verilerin elde edilmesidir. Türkiye'nin Afyon/Dinar, Uşak, Konya/Karapınar ve Tokat illerinden toplanan altı yerel yoğurt örneğinden toplam 24 adet S. thermophilus izolatı elde edilmiştir. İzolatların CRISPR profillerini belirlemek için CRISPR I, II, III ve IV bölgesine özgü primerler kullanılmıştır. İzolatlar genellikle CRISPR II ve IV profillerine sahipken, yalnızca bir izolatda CRISPR III profili belirlenmiştir. İzolatların teknolojik özelliklerine ilişkin verilerin elde edilmesi amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) temelli ve kültür temelli analizler gerçekleştirilmiştir. PZR analizleri, proteaz aktivitesi için prtS geni, üreaz enzimi için ureC geni, glutamat dehidrojenaz aktivitesi için gdh geni, kompetans frekansı için cox geni, ısı şoku stresine direnç için csp geni ve ekzopolisakkarit lokusu hedefleyen eps gen kümesini spesifik primerler ile analiz edilmiştir. Kültür temelli analizlerde izolatların antimikrobiyal aktivitesi, asit üretim kapasitesi, proteolitik ve lipolitik özellikleri değerlendirilmiştir. Edinilmiş bağışıklık hafızasından kaynaklanan orijinal (native) spacer dizileri, Konya-Karapınar ve Tokat illerine ait yoğurt izolatlarının CRISPR IV profillerinde ve Uşak iline ait yoğurt izolatlarının CRISPR III profillerinde belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmanın bulguları, çeşitli CRISPR profiline ve orijinal (native) spacer dizilerine sahip olan izolatlatların önceliklendirilerek, istenilen düzeyde teknolojik özelliklere sahip olanların potansiyel endüstriyel starter kültür olarak seçilebileceğini göstermektedir. Çalışmada, insan tarafından yüzyıllardır süregelen evcilleştirmenin, evrimsel adaptasyonlar üzerindeki etkisi incelenmiş ve bu mikroorganizmaların hayatta kalma ile simbiyotik stratejilerinin nasıl yönetildiğine dair biyolojik araştırmalar için veri sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to obtain data on Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) profiles of Streptococcus thermophilus (S. thermophilus) isolates resulting from acquired immune memory in addition to their technological starter properties for the selection of potential starter cultures from local yogurt samples. A total of 24 S. thermophilus isolates were collected from six local yogurt samples including Afyon/Dinar, Uşak, Konya/Karapınar, and Tokat provinces of Türkiye. Strain-specific CRISPR I-II-III and IV primers were used to determine the CRISPR profiles of the isolates. The isolates commonly had CRISPR II and IV profiles, while only one isolate had a CRISPR III profile. Polymerase chain reaction (PCR)-based and culture-based analyses were also carried out to obtain data on the technological properties of the isolates. The PCR analyses were performed for the prtS gene for protease activity, the ureC gene for urease enzyme, the gdh gene for glutamate dehydrogenase, the cox gene for competence frequency, the csp gene involved in heat-shock stress resistance of the isolates with specific primers. Culture-based analyses including antimicrobial activity and acid-production ability of the isolates were completed, and proteolytic and lipolytic properties were also screened. Native spacer sequences resulting from acquired immune memory were obtained for CRISPR IV profiles of yogurt samples from the Konya-Karapınar and Tokat provinces and CRISPR III profiles of yogurt samples from the Uşak province. In conclusion, our study results suggest that it is possible to select the isolates with the desired level of technological characteristics, prioritizing the ones with the most diverse CRISPR profiles and with native spacers for potential industrial application as starter cultures. We believe that this study provides data for further biological studies on the impact of centuries of human domestication on evolutionary adaptations and how these microorganisms manage survival and symbiosis.
Benzer Tezler
- Süzme yoğurtlarının fonksiyonel özelliklerinin arttırılmasında bazı diyet liflerin kullanılması üzerine araştırmalar
Research on using of some dietary fibers in increasing functional properties of strained yoghurt
EMRAH BALADURA
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Gıda MühendisliğiCelal Bayar ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. A. KEMAL SEÇKİN
- Ergeş Uçkun'un şiirlerinde yapı ve izlek
The structure and theme in Ergeş Uçkun's poems
İDRİS ACAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Türk Dili ve EdebiyatıArdahan ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SAMET AZAP
- Yurt dışında öğrenim gören öğrencilere uygulanan Türk dili öğretimi
Başlık çevirisi yok
ÇETİN BAYTEKİN
- Vakum ve ultrafiltrasyonla koyulaştırılan sütlerden torba yuğurdu yapımı ve klasik yöntemle karşılaştırılması üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
HARUN RAŞİT UYSAL
- Akdeniz bölgesinde yetişen bazı boya bitkilerinin drog ve posaları ile ilmelik yün ipliklerinin boyanması ve haslık değerleri
Dyeing of wool pile yarn with some natural dyeing plants' drog and pulp grown in the mediterranean and fastness values
MENEKŞE SUZAN TEKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
El SanatlarıAkdeniz ÜniversitesiGeleneksel Türk El Sanatları Ana Sanat Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖMER ZAİMOĞLU