Geri Dön

Solunum yolu örneklerinden saptanan respiratuvar sinsityal virüslerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi

Typing of respiratory syncytial viruses detected from respiratory tract samples by molecular methods

PDF İndir

  1. Tez No: 935604
  2. Yazar: OĞUZHAN YAĞDI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HARUN AĞCA
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Microbiology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Respiratuvar sinsityal virüs, Sanger d&z& anal&z&, moleküler ep&dem&yoloj&, genot&p, Respiratory syncytial virus, Sanger sequencing, molecular epidemiology, genotype
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 146

Özet

Amaç: Nazofaringeal sürüntü örneklerinde multipleks polimeraz zincir reaksiyonuyla (PZR) tespit edilen Respiratuvar sinsityal virüslerin (RSV) moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi, tiplerin mevsimsel dağılım, yaş, cinsiyet kategorileriyle ilişkisinin belirlenmesi, elde edilen verilerin epidemiyolojiye katkı sağlamasıdır. Gereç ve Yöntem: Multipleks PZR yöntemiyle RSV varlığı tespit edilmiş, -80°C'de saklanan, 0-90 yaş hastalara ait nazofaringeal sürüntü örneklerinden viral RNA izolasyonu sonrası cDNA sentezi gerçekleştirildi. Hedeflenen bölge PZR ile çoğaltılarak jel elektroforezi ile doğrulandı ve pürifikasyon işlemi uygulandı. Sekanslama işlemi, Sanger dideoksi dizileme yöntemiyle gerçekleştirildi ve elde edilen diziler biyoinformatik araçlarla analiz edildi. Alt tip belirleme, filogenetik ağaç oluşturma, dağılım analizleri yapılarak veriler istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgular: Tiplendirilebilen 52 örneğin %71'i RSV-A, %29'u RSV-B olarak belirlendi. RSV-A alt grubunun tamamı GA.2.3.5, RSV-B alt grubunun tamamı GB.5.0.5a genotipine ait olup en sık rastlanan soylar sırasıyla RSV-A için A.D.1 (%78) ve RSV-B için B.D.E.1 (%80) olarak tespit edildi. Aralık ayında RSV-A saptanma ihtimali, ocak ayında ise RSV-B saptanma ihtimali istatistiksel anlamlı bulundu (p=0,0138, p=0,0024). 2025 yılında RSV-B alt grubunda artış istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,0001). Sonuç: Çalışmamız, bölgemizde RSV-A GA.2.3.5 ve RSV-B GB.5.0.5a genotiplerinin baskın olduğunu gösterdi. Pandemi sonrasında, küresel artış eğilimiyle uyumlu şekilde RSV-B'nin artışı ve RSV-B için hakim soyun B.D.E.1 olduğu gösterildi. Çalışmamız, RSV için 2024'te önerilen standart filogenetik sınıflamanın ve RSV aşılarının kullanım onayı almasının ardından ülkemizde yapılan ilk RSV tiplendirme çalışmasıdır. Çalışma, RSV epidemiyolojisi ve dinamikleri hakkında önemli veriler sağlarken, aşıların kullanıma girmesi halinde elimizde temel verilerin olmasına katkı sağlayarak, yeni aşılama ve enfeksiyon kontrol stratejileri için bilimsel bir temel oluşturmaktadır.

Özet (Çeviri)

Objective: This study aims to type Respiratory Syncytial Viruses (RSV) detected in nasopharyngeal swab samples using multiplex polymerase chain reaction (PCR), analyze their seasonal distribution, and investigate their association with age and gender categories by molecular methods and contribute to epidemiology of RSV. Materials and Methods: Viral RNA was isolated from nasopharyngeal swab samples collected from patients aged 0-90 years, which had been stored at - 80°C and detected positive for RSV using the multiplex PCR method. cDNA synthesis was performed, and the target region was amplified by PCR, validated through gel electrophoresis, and purified. Sequencing was conducted using the Sanger dideoxy method, and the sequences were analyzed with bioinformatics tools. Subtype identification, phylogenetic tree construction, and distribution analyses were performed, and the data were statistically analysed. Results: Of the 52 typable samples, 71% were identified as RSV-A and 29% as RSV-B. All RSV-A strains belonged to the GA.2.3.5 genotype, while all RSV-B strains belonged to the GB.5.0.5a genotype. The most common lineages were A.D.1 (78%) for RSV-A and B.D.E.1 (80%) for RSV-B. The detection probability of RSV-A in December and RSV-B in January was statistically significant (p=0,0138, p=0,0024). In 2025, a statistically significant increase was observed in the prevalence of RSV-B (p=0,0001). Conclusion: Our study demonstrated that RSV-A GA.2.3.5 and RSV-B GB.5.0.5a genotypes are predominant in our region. After the pandemic, an increase in RSV-B cases, consistent with the global upward trend, was observed, with B.D.E.1 identified as the dominant lineage for the RSV-B subgroup. This study represents the first RSV typing research conducted in our country following the implementation of the standardized phylogenetic classification proposed in 2024 and the approval of RSV vaccines. While providing essential data on RSV epidemiology and dynamics, this study contributes to the availability of baseline data in case of vaccine implementation and establishes a scientific basis for new vaccination and infection control strategies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    690027

    2019-2020 sezonunda solunumsal enfeksiyon etkeni virüslerin dağılımı ve saptanan influenza virüslerinin oseltamivir direncinin belirlenmesi

    Distribution of respiratory infection viruses in 2019-2020 season and determination of oseltamivir resistance of influenza viruses

    TUĞBA KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

  2. Tez No

    193728

    Astım ve KOAH' lı hastaların akut ataklarında viral solunum yolu infeksiyon etkenlerinin chip tekniğiyle araştırılması

    Identifying the viral respiratory tract pathogens in an acute attacks of the patients with asthma and COPD by chip technology

    ASLI TEKER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    MikrobiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. SİNEM AKÇALI

  3. Tez No

    917856

    Nazofarengeal sürüntü testinde respiratuvar sinsityal virüs veya influenza virüs saptanan 1-24 ay arası çocukların demografik, klinik ve laboratuvar özelliklerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of demographic, clinical, and laboratory characteristics of children aged 1-24 months in whom respiratory syncytial virus or influenza virus was detected in nasopharyngeal swab tests

    LÜTFULLAH ASLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ABDULRAHMAN ÖZEL

    DOÇ. DR. MELTEM EROL

  4. Tez No

    458299

    Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi çocuk kliniğinde kasım 2013-nisan 2016 tarihleri arasında influenza benzeri hastalık tablosu ile yatan hastalarda etken viral ajanların belirlenmesi

    Viral etiological agents from the nasopharyngeal samples of patients that followed-up in pediatric departments of our hospital between november 2013 and april 2016 with a diagnosis of influenza-like disease

    HALİL İBRAHİM İNCE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA GÜLNAR ŞENSOY

  5. Tez No

    683802

    Çocuk acil polikliniğine önceki yıl wheezing ile başvuran okul öncesi çocuklarda prognoz

    Prognosis in preschool children presenting to the pediatric emergency department with wheezing in the previous year

    MUHAMMET ALİ ÇETİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DERYA UFUK ALTINTAŞ

Geri Dön