Oral liken planus ve oral lökoplaki hastalarında protein profillerinin karşılaştırmalı proteomik ile belirlenmesi
Identification of protein profiles in oral lichen planus and oral leukoplakia patients by comparative proteomics
- Tez No: 938223
- Danışmanlar: PROF. DR. ENVER ALPER SİNANOĞLU
- Tez Türü: Diş Hekimliği Uzmanlık
- Konular: Diş Hekimliği, Dentistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Diş Hekimliği Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Ağız, Diş ve Çene Radyolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Amaç Bu çalışmanın amacı; Oral Liken Planus (OLP) ve Oral Lökoplaki (OL) tanılı bireylerin tükürük örneklerinden elde edilen protein profillerini kullanarak, bu iki hastalığı hem birbirinden hem de sağlıklı bireylerden ayırt edebilecek potansiyel tükürük biyobelirteçlerinin varlığını araştırmaktır. Ayrıca, bu lezyonlara sahip bireylerin tükürüklerinde artış veya azalma gösteren proteinler üzerinden söz konusu hastalıkların patogenezine dair yeni bilgiler elde edilmesi hedeflenmektedir. Yöntem Bu çalışmada, OLP, OL ve sağlıklı mukozaya sahip bireylerden oluşan kontrol grubu olmak üzere üç ayrı grup oluşturulmuştur. Her grupta yedi birey yer almakta olup, toplamda 21 katılımcının tükürük örnekleri çalışmaya dâhil edilmiştir. Grup içindeki bireylerden alınan tükürük örnekleri birleştirilerek her gruba özgü havuz örnekleri oluşturulmuş ve bu havuz örnekleri arasındaki protein tip ve düzey farklılıkları, nano-sıvı kromatografi-kütle spektrometri (nLC-MS/MS) yöntemi ile analiz edilmiştir. Elde edilen veriler, etiketsiz (label-free) kuantifikasyon yöntemiyle Proteome Discoverer 2.2 yazılımı aracılığıyla analiz edilmiş; protein tanımlamaları için ise Uniprot referans veri tabanı kullanılmıştır. Etiketsiz kuantifikasyon analizi sonucunda tespit edilen proteinlerin karşılaştırmalı değerlendirilmesi yapılmış ve gruplar arasında anlamlı farklılık gösteren proteinler belirlenmiştir. Ayrıca, bu farklı proteinlerin biyolojik işlevleri ve etkileşim ağlarını değerlendirmek amacıyla STRING analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bulgular biyoistatistiksel yöntemlerle değerlendirilmiş, çalışma ve kontrol grupları arası benzerlik ve faklılıklar araştırılmıştır. Bulgular OLP grubu ile kontrol grubu karşılaştırıldığında, tükürükte düzeyi artan 26 protein arasında en belirgin artışın Keratin, type I cytoskeletal 17 proteininde olduğu; düzeyi azalan 164 protein arasında ise en fazla azalmanın Calmodulin-3 proteininde gözlendiği belirlenmiştir. OL grubu ile sağlıklı kontrol grubu karşılaştırıldığında, tükürükte düzeyi artan 41 protein arasında en dikkat çekici artışın Keratin, type I cytoskeletal 17 proteininde olduğu; düzeyi azalan 54 protein arasında ise en belirgin düşüşün Cathepsin-G proteininde saptandığı görülmüştür. OLP ve OL grupları karşılaştırıldığında ise, OLP grubunda düzeyi artan 13 protein arasında en fazla artış gösteren proteinin Calpain-1 catalytic subunit olduğu; düzeyi azalan 161 protein arasında ise en belirgin azalmanın yine Calmodulin-3 proteininde olduğu tespit edilmiştir. Sonuç Bu çalışmada elde edilen bulgular, OLP ve OL lezyonlarına sahip hastaların hem birbirlerinden hem de sağlıklı bireylerden ayırt edilmesinde tükürüğün potansiyel bir tanı aracı olarak, tükürükteki proteinlerin ise biyobelirteç olarak kullanılabileceğini ortaya koymuştur. Ayrıca, bu lezyonların oluşumunda rol oynayabilecek bazı biyolojik yolakların, ilgili hastalıkların patogeneziyle ilişkili olabileceği düşünülmektedir. Bu nedenle, söz konusu yolakların ve biyobelirteç potansiyeline sahip proteinlerin daha ayrıntılı biçimde araştırılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Aim The aim of the present study is to investigate the presence of salivary biomarkers capable of distinguishing Oral Lichen Planus (OLP) and Oral Leukoplakia (OL) from each other and from healthy individuals, based on protein profiles obtained from the saliva samples. Additionally, the study seeks to provide new insights into the pathogenesis of these conditions through the analysis of proteins that are upregulated or downregulated in the saliva of patients with these lesions. Method In this study, three distinct groups were established: OLP, OL, and the control group composed of patients with normal oral mucosa. Each group consisted of seven individuals, with a total of 21 participants whose saliva samples were included in the study. Saliva samples collected from each group were pooled into three groups, each presenting group-specific composite samples. Protein differences among these pooled samples were analyzed using nano-liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (nLC-MS/MS). The acquired data were processed using a label-free quantification method via Proteome Discoverer 2.2 software, with protein identification performed using the Uniprot reference database. Differentially expressed proteins among the groups were identified through comparative analysis of the label-free quantification results. Additionally, STRING analyses were conducted to evaluate the biological functions and interaction networks of the differentially expressed proteins. The results were analyzed with biostatistical methods in terms of any correlance and differences between the study and control groups. Results 26 proteins found to be upregulated in the saliva of OLP patients compared with the saliva of the control group. The most prominent increase was observed in Keratin, type I cytoskeletal 17; among the 164 downregulated proteins, Calmodulin-3 exhibited the most significant decrease. In the comparison between the OL group and the healthy controls, Keratin, type I cytoskeletal 17 also showed the most pronounced increase among the 41 upregulated proteins, while Cathepsin-G demonstrated the greatest decrease among the 54 downregulated proteins. In the comparison between the OLP and OL groups, Calpain-1 catalytic subunit showed the most notable increase among the 13 upregulated proteins in the OLP group, whereas Calmodulin-3 was identified as the most markedly downregulated protein among the 161 proteins that showed lower expression. Conclusion The findings of this study suggest that saliva may serve as a potential diagnostic tool for distinguishing patients with OLP and OL lesions from each other and from healthy individuals. In this context, salivary proteins may function as biomarkers. Moreover, certain biological pathways implicated in the formation of these lesions are thought to be associated with the pathogenesis of these conditions. Therefore, further studies are needed to explore these pathways and to validate the diagnostic potential of the identified proteins as biomarkers.
Benzer Tezler
- Oral liken planus ve oral likenoid kontakt lezyonu bulunan hastalarda epstein-barr virüsünün varlığının serum, doku ve tükürük örneklerinde araştırılarak karşılaştırılması
Comparison of the presence of epstein-barr virus in patients with oral lichen planus and oral lichenoid contact lesions in serum, tissue and saliva samples
ALAEDDİN ORAL
Doktora
Türkçe
2018
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiAğız Diş ve Çene Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERTAN ERGUN
- Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi Dermatoloji kliniği oral mukoza polikliniğinde takipli hastaların retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evalution of the patients followed at the oral mucosa diseases outpatient clinic at Bakirköy Dr. Sadi Konuk Training and Research Hospital
NİMET YEŞİM GÜNAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
DermatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
UZMAN BİLGEN ERDOĞAN
- Batı Karadeniz bölgesinde oral mukoza lezyonu olan hastalarda kontakt duyarlılığın araştırılması
Investigation of contact sensitization in patients with oral mucosa lesions in Western Black Sea region
DUYGU GENCER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
DermatolojiBülent Ecevit ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAFET KOCA
- Oral kavitenin malign ve premalign lezyonlarında PAX1 geninin metilasyon ve ekspresyonunun araştırılması
Examination of methylation and expression levels of PAX1 gene in oral malign and premalign lesions
ARDA ÖZTAN
Doktora
Türkçe
2019
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiAğız Diş ve Çene Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSÜM AK
- Ağız mukozasının kanserleri ve prekanseröz lezyonlarının tanısında IGF-1R, EZH2 ve laminin-5 ekspresyonu
Expressions of IGF-1R, EZH2 and laminin-5 in the diagnosis of cancers and precancerous lesions of the oral mucosa
SEVCİHAN MUTLU GÜNER
Doktora
Türkçe
2016
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiKlinik Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA CANAN ALATLI