Deniz doğal ürünlerinin anti-inflamatuar ve antimikrobiyal özelliklerinin İn Siliko çalışmalar ile belirlenmesi ve gıda içeriği olarak potansiyel kullanımları
Determination of the anti-inflammatory, and antimicrobial properties of marine natural products through In Silico studies and their potential uses as food ingredients
- Tez No: 939735
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULİLAH ECE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Beslenme ve Diyetetik, Nutrition and Dietetics
- Anahtar Kelimeler: Besin Destekleri, Bilgisayar Destekli Tasarım, Biyoaktif Bileşikler, Denizel Canlılar, Moleküler Kenetleme, Bioactive Compounds, Computer Aided Design, Dietary Supplements, Marine Organisms, Molecular Docking
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Biruni Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Deniz organizmaları, çeşitli biyolojik aktivitelere sahip geniş bir kimyasal bileşik yelpazesi üretmektedir. Bu çalışma, deniz doğal ürünlerinin anti-inflamatuar ve antimikrobiyal özelliklerini in silico yöntemlerle değerlendirerek fonksiyonel gıda ve bileşen olarak potansiyel kullanımını araştırmaktadır. CMNPD veritabanı kullanılarak deniz kaynaklı biyoaktif bileşikler, bu süreçlerle ilişkili 7 ve 1 kritik enzim üzerinde incelenmiştir. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) kapsamında moleküler kenetleme ve dinamik simülasyon teknikleri uygulanarak hedef proteinlere bağlanma afiniteleri analiz edilmiştir. Schrödinger yazılımında LigPrep modülüyle 31.561 ligand hazırlanmış ve OPLS4 force field ile optimize edilmiştir. Her enzime en iyi bağlanan ligand ile doğal ligandlar karşılaştırılmıştır. Grid Generation modülüyle bağlanma bölgeleri belirlenmiş, Glide XP, SP ve HTVS modülleriyle kenetlenme gerçekleştirilmiştir. RMSD değerleri doğrulama amacıyla kullanılmıştır. QikProp modülüyle ligandların ADMET parametreleri değerlendirilmiştir. Sonuçlar, üç hedefe bağlanan bazı bileşiklerin doğal ligandlardan daha yüksek afinite gösterdiğini ortaya koymuştur. Bulgular, bu bileşiklerin terapötik ajanlar ve fonksiyonel gıda bileşenleri olarak önemli potansiyele sahip olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Marine organisms produce a wide range of chemical compounds with various biological activities. This study aims to evaluate the anti-inflammatory and antimicrobial properties of marine natural products using in silico methods and to investigate their potential use as functional foods and ingredients. Using the CMNPD database, marine-derived bioactive compounds were examined on seven and one critical enzymes related to these processes, respectively. Within the scope of computer-aided drug design (CADD), molecular docking and dynamic simulation techniques were applied to analyze the binding affinities to target proteins. In Schrödinger software, 31,561 ligands were prepared with the LigPrep module and optimized using the OPLS4 force field. The best-binding ligands for each enzyme were compared with their natural ligands. Binding sites were defined using the Grid Generation module, and docking was performed with the Glide XP, SP, and HTVS modules. RMSD values were used for validation. ADMET parameters of the ligands were evaluated with the QikProp module. Results showed that certain compounds had higher binding affinities than natural ligands for three targets. Findings suggest that these compounds have significant potential as therapeutic agents and functional food ingredients.
Benzer Tezler
- Photobromination of (+)-camphene and efficient synthesis of novel camphene based compounds through suitable reactions
(+)-kamfenin fotobrominasyonu ve uygun reaksiyonlar yoluyla yeni kamfen temelli bileşiklerin etkili sentezi
MD ZAHIDUL ISLAM
- Ulva türlerinin aktif bileşiklerinin eldesi için ekstraksiyon koşullarının optimizasyonu
Optimization of extraction conditions for obtaining active compounds of Ulva species
GİZEM ÖDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BAYRAKTAR
- Farklı habitatlardan izole edilen aktinomiset genomlarında yeni ilaç adaylarının taranması
Mining of actinomycete genomes for the discovery of new natural products
SÜLEYMAN ÖZAKIN
- Sübstitüe taç eter ihtiva eden kitosanların sentezi
The synthesis of chitosans containing substitute crown ether
SAİT MALKONDU
- Isparta ilinde iklim-tarım ilişkisi
Isparta province climate-the relationsip of agriculture
YELDA TUĞBA YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
CoğrafyaAfyon Kocatepe ÜniversitesiCoğrafya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA KAFALI YILMAZ
