Geri Dön

Doğu akdeniz bölgesi nergis üretim alanlarında potyvirüslerin (potyvirus spp.) yaygınlık oranlarının saptanması ve moleküler karakterizasyonu

Prevalence of potyviruses (potyvirus spp.) in narcissus production areas of the eastern mediterranean region in türki̇ye and their molecular characterization

PDF İndir

  1. Tez No: 948053
  2. Yazar: MİNE ULUSOY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Nergislerde tanımlanmış olan yirmiden fazla virüsün önemli verim ve kalite kayıplarına yol açtığı bilinmektedir. Nergislerde görülen virüslerle ilgili dünyada birçok çalışma olmasına rağmen, ülkemizde bu konuda yapılmış olan çalışmalar çok sınırlıdır. Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesi nergis üretim alanlarında görülen potyvirüslerin yaygınlık oranlarının saptanması ve moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Doğu Akdeniz Bölgesinde Nergis yetiştirilen illlerdeki ticari bahçe ve doğal plantasyonlardan toplanan simptomlu ve simptomsuz 224 nergis örneği Potyvirus cinsine giren virüslere karşı DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile testlenmiştir. Toplanan örnekler DAS-ELISA yöntemi ile testlendiğinde 80 örnek potyvirüsler açısından pozitif bulunurken, RT-PCR analizlerinde Potyvirus cinsine yönelik universal primerler kullanılarak yapılan testlemelerde 84 örnek pozitif bulunmuştur. NIb primeri ile pozitif bulunarak sekans analizine gönderilen 10 örnekte yapılan BLAST analizlerinde 6 örnekte narcissus yellow stripe virus (NYSV) (Potyvirus narcissus), 4 örnekte ise narcissus late season yellows virus (NLSYV) (Potyvirus narcissuslineae) tespit edilmiştir. Türe spesifik primerler kullanılarak yapılan analizlerde, testlenen 224 örneğin 76'sında NYSV, 18 örnekte ise narcissus degeneration virus (NDV) (Potyvirus narcissusdegeneris) tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında NLSYV için türe spesifik primerlerle testleme yapılamamış ancak NIb primeriyle yapılan RT-PCR/ sekans analiz sonuçlarına göre 10 örnekten 4 tanesinde NLSYV tespit edilmesi, bu virüsün yaygın olarak bulunduğuna dair güçlü bir işaret olarak değerlendirilmiştir. Testlenen 224 örnek karışık enfeksiyonlar açısından değerlendirildiğinde, 14 örnek NYSV-NDV, 4 örnek NYSV- NLSYV ve 1 örnek de NYSV-NDV-NLSYV ile bulaşık olarak tespit edilmiştir. NIb primeriyle pozitif bulunan 84 örnek narcissus latent virüs (NLV) (Macluravirus narcissi) ve narcissus mosaic virus (NMV) (Potexvirus narcissi) açısından türe spesifik primerlerle testlendiğinde hiçbir örnekte bu virüsler tespit edilmemiştir. Ülkemizde nergislerde saptanan Potyvirus izolatlarının NIb gen bölgesine ait DNA dizilerinin dünya izolatları ile kıyaslandığı filogenetik analizlerde, Antakya ve Tarsus izolatlarının bazıları global NYSV izolatları ile aynı ana dalda yer alırken bazı Antakya izolatları farklı ülkelere ait NLSYV izolatları ile aynı ana dal içinde yer alarak NIb gen bölgesinin Potyvirüs türlerinin ayrımında başarılı bir şekilde kullanıldığını desteklemiştir. NYSV izolatlarının global izolatlarla kıyaslandığı filogenetik analizlerde 3 filogenetik grup tespit edilmiş olup ülkemize ait bütün izolatların birinci grup içinde yer alarak Japonya ve Çin'e ait izolatlarla yüksek oranda benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Ülkemize ait NDV izolatlarının filogenetik analizlerinde ise, kendi aralarında çok yüksek bir benzerlik oranı (%99,5) göstererek üç ana filogenetik gruba ayrılan ağaçta birinci grup içinde yer almışlardır. Bu çalışma ile ülkemizde ilk kez nergis virüslerinin serolojik ve moleküler yöntemlerle tespit ve karakterizasyon çalışmaları yapılarak NYSV, NDV ve NLSYV'nin ticari yetiştiricilik yapılan nergis alanlarında oldukça yaygın olduğu tespit edilirken, yabani nergislerde herhangi bir virüs saptanmamıştır.

Özet (Çeviri)

It is known that more than twenty viruses identified in daffodils cause significant yield and quality losses. Although there are many studies on viruses in daffodils in the world, studies on this subject in our country are very limited. This study aimed to determine the prevalence and molecular characteristics of potyviruses infecting daffodils cultivated in the Eastern Mediterranean Region of Türkiye. In this study, 224 symptomatic and asymptomatic daffodil samples collected from commercial gardens and natural plantations in daffodil growing areas in the Eastern Mediterranean Region were tested against potyviruses by DAS-ELISA and RT-PCR analyses. When the collected samples were tested by DAS-ELISA, 80 samples were found positive for potyviruses, while 84 samples were found positive in RT-PCR analyses using universal primers for Potyvirus genus. In BLAST analyses, 10 samples that were found positive with NIb primers and sent for sequence analysis, narcissus yellow stripe virus (NYSV) (Potyvirus narcissus) was detected in 6 samples and narcissus late season yellows virus (NLSYV) (Potyvirus narcissuslineae) was detected in 4 samples. When species-specific primers were used for NYSV and narcissus degeneration virus (NDV) (Potyvirus narcissusdegeneris), 76 and 18 samples among tested 224 samples were found infected, respectively. Within the scope of this study, testing for NLSYV with species-specific primers could not be performed, but according to the results of RT-PCR/sequencing analysis by using NIb primers, the detection of NLSYV in 4 out of 10 samples was evaluated as a strong indication that this virus could be widespread. When 224 tested samples were evaluated for mixed infections, 14 samples were detected to be infected with NYSV-NDV, 4 samples with NYSV-NLSYV and 1 sample with NYSV-NDV-NLSYV. When 84 samples found positive with NIb primers were tested with species-specific primers for narcissus latent virus (NLV) (Macluravirus narcissi) and narcissus mosaic virus (NMV) (Potexvirus narcissi), these viruses were not detected in any sample. In phylogenetic analyses comparing DNA sequences of the NIb gene region of Potyvirus isolates detected in our daffodil samples with isolates from around the world, some of the Antakya and Tarsus isolates were in the same main branch with global NYSV isolates, while some of the Antakya isolates were in the same main branch with NLSYV isolates from different countries, supporting the successful use of the NIb gene region in the distinction of Potyvirus species. When our NYSV isolates phylogenetically compared with global isolates, 3 phylogenetic groups were identified and it was determined that our all isolates were in the first group. They showed a high similarity with isolates from Japan and China. In the phylogenetic analyses of NDV isolates from our country, they were in the first group in the tree divided into three main phylogenetic groups, showing a very high similarity (99.5%) among themselves. With this study, the detection and characterization studies of narcissus viruses were first time carried out using serological and molecular methods in our country. It has been shown that NYSV, NDV and NLSYV were quite common in commercially cultivated narcissus, but no virus was detected in wild narcissus.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    370837

    Türkiye'nin Doğu Akdeniz Bölgesindeki Demir Çağı seramik buluntularının güncel/yerel hammaddelerle çağdaş yorumu

    Contemporary interpretation with actual/local raw materials of Iron Age ceramic finds in the Eastern Mediterranean in Turkey

    ESRA NURTEN KÖSEAYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Güzel SanatlarÇukurova Üniversitesi

    Seramik Ana Sanat Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NERGİS KILINÇ MİRDALI

  2. Tez No

    903974

    Türk dış politikasında Doğu Akdeniz'in stratejik önemi: Adalet ve kalkınma partisi dönemi Doğu Akdeniz politikaları

    Strategic importance of the Eastern Mediterranean in Turkish foreign policy: Eastern Mediterranean policies during the justice and development party period

    EBRU POLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Uluslararası İlişkilerÜsküdar Üniversitesi

    Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı

    PROF. NERGİZ ÖZKURAL KÖROĞLU

  3. Tez No

    441559

    Türkiye'nin münhasır ekonomik bölgesindeki balıkçılık hakları

    Turkey's fishery rights on her exclusive economic zone

    SEÇİL NERGİZ KARAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    HukukDokuz Eylül Üniversitesi

    Kamu Hukuku Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE MELDA SUR

  4. Tez No

    882711

    Doğu Akdeniz Bölgesi'nde MEB uygulamalarının ortaya çıkardığı fırsatlar ve riskler: Türkiye'nin politikaları ve çözüm arayışları

    Opportunities and risks resulting from exclusive economic zone applications in the Eastern Mediterranean Region: Turkey's policies and solution searches

    YUNUS TACETTİN KONYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Uluslararası İlişkilerSelçuk Üniversitesi

    Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DEMET ŞEFİKA MANGIR

  5. Tez No

    243968

    Doğu Akdeniz jeofizik verilerinin analizi ve yorumu

    Analysis and interpretation of the eastern Mediterranean geophysical data

    TOLGA GÖNENÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Jeofizik MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Jeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA AKGÜN

Geri Dön