SLC2A2 geninin mutasyon taraması ve Tip2 Şeker hastalığı ile ilişkisinin araştırılması
Mutation screening of the SLC2A2(GLUT2) gene and investigation of its relationship with Type2 Diabetes
- Tez No: 949454
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİROL TOPÇU, DOÇ. DR. SERTAÇ ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
SLC2A2 geninin T2DM üzerindeki etkilerini incelemek ve bu alandaki araştırmalara katkıda bulunmaktır. Çalışmaya, T2DM tanısı almış 45 hasta ve sağlıklı 30 kontrol birey dahil edilmiştir. Kan örnekleri alınarak DNA ekstraksiyonu yapılmış ve elde edilen genomik DNA, agaroz jel elektroforezi ile kontrol edilmiştir. SLC2A2 geninin 6. ve 7. ekzonları ile 6. intronunu kapsayan bölge PCR ile çoğaltılmış ve DNA dizi analizi yapılmıştır. DNA dizi analizi sonucunda, SLC2A2 geninde üç farklı SNP (rs2292621, rs2292622, rs5406) tespit edilmiştir. İstatistiksel analizler ile, gruplar arasındaki değerlendirmeler yapılmıştır. rs2292621- rs2292622 kodlu mutasyonların p değeri 0,720'dir. rs5406 kodlu mutasyonun p değeri 0,714 olarak bulunmuştur. Üç mutasyon p değeri 0.05'ten büyük olduğu için hasta ve kontrol grupları arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Biyoinformatik analizler için SLC2A2 geni üzerindeki tüm yanlış anlamlı varyasyonlar (nsSNP), Ensembl veri bankasından temin edilmiş ve Ensembl varyasyon patojenite tahmin algoritmaları ile değerlendirilmiştir. Tüm algoritmalar tarafından zararlı olarak sınıflandırılan 7 mutasyon (F238S, D272Y, I322N, S356C, F411C, E425G, E486G) belirlenmiş ve mutasyonların protein yapı ve fonksiyonu üzerine etkileri; I Mutant, Consurf, HOPE ve PyMOL gibi biyoinformatik araçlar ve programlar kullanılarak değerlendirilmiştir. HOPE sonuçlarına göre; altı mutasyonun (F238S, D272Y, S356C, F411C, E425G, E486G), protein yapısında hidrofobikliği artırdığı ve bir mutasyonun hidrofobikliği azalttığı (I322N) görülmüştür. Ayrıca 7 mutasyonun proteinlerin katlanma dinamiklerini, stabilitesini ve/veya protein-protein etkileşimlerini etkileyebileceği belirlenmiştir. Analizlerin hepsi değerlendirildiğinde 7 mutasyonun protein yapısı ve işlevi üzerinde potansiyel etkiler yaratabileceği gözlenmiştir. Özellikle evrimsel olarak korunmuş aminoasit pozisyonlarındaki mutasyonların, protein stabilitesi ve katlanması üzerinde önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Bu sonuçlar, SLC2A2 genindeki nsSNP'lerin (rs2292621, rs2292622, rs5406) patojenite açısından önemini vurgulamakta ve T2DM ile ilişkili olabilecek genetik varyasyonların daha ayrıntılı incelenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aims to examine the effects of the SLC2A2 gene on Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) and contribute to research in this field. The study included 45 patients diagnosed with T2DM and 30 healthy control individuals. Blood samples were taken for DNA extraction, and the obtained genomic DNA was checked using agarose gel electrophoresis. The region covering exons 6 and 7, along with intron 6 of the SLC2A2 gene, was amplified via PCR and DNA sequencing was performed. As a result of DNA sequence analysis, three different SNPs (rs2292621, rs2292622, rs5406) were detected in the SLC2A2 gene. Statistical analyses were conducted to assess the differences between the groups. The p-value for the mutations coded by rs2292621 and rs2292622 was 0.720, while the p-value for the mutation coded by rs5406 was found to be 0.714. Since the p-values for all three mutations were greater than 0.05, no statistically significant difference was observed between the patient and control groups. For bioinformatics analysis, all non-synonymous SNPs (nsSNPs) on the SLC2A2 gene were obtained from the Ensembl database and evaluated using Ensembl's variation pathogenicity prediction algorithms. Seven mutations (R238S, D272Y, I322N, S356C, F411C, E425G, E486G) were identified as harmful by all algorithms, and their effects on protein structure and function were evaluated using bioinformatics tools and programs like I Mutant, Consurf, HOPE, and PyMOL. According to the HOPE results, six mutations (R238S, D272Y, S356C, F411C, E425G, E486G) increased hydrophobicity in the protein structure, while one mutation (I322N) reduced hydrophobicity. It was also determined that the seven mutations could affect protein folding dynamics, stability, and/or protein-protein interactions. When all analyses were considered, it was observed that these mutations could potentially impact protein structure and function. In particular, mutations at evolutionarily conserved amino acid positions were found to play a crucial role in protein stability and folding. These results highlight the significance of the nsSNPs (rs2292621, rs2292622, rs5406) in the SLC2A2 gene in terms of pathogenicity and suggest that further investigation into the genetic variations associated with T2DM is necessary.
Benzer Tezler
- Dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu olan çocuk hastalarda aday genlerin ekspresyonlarının araştırılması
Candidate gene expression investigation in children with attention deficit hyperactivity disorder
HİLAL AKALIN
- Göz kapağı miyoklonisi olan idyopatik jeneralize epilepsi olgularında klinik ve EEG özellikleri, göz kırpma refleksi ile Glut-1 mutasyonunun araştırılması
The investigation of clinical and EEG features, blink reflex findings and Glut-1 mutations in patients with idiopathic generalized epilepsy presenting with eyelid myoclonia
GÜNEŞ ALTIOKKA UZUN
- Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunda atomoksetin tedavisine yanıt ve dirençte CYP2C19 ve SLC6A2 polimorfizmlerinin rolü
The role of CYP2C19 and slc6a2 polymorphisms on response and resistance to atomoxetine treatment in attention deficit hyperactivity disorder
MELİKE KEVSER GÜL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
PsikiyatriErciyes ÜniversitesiÇocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA DEMİRCİ
- Sporadik adenomiyozis vakalarında tüm ekzom dizilemesi ile hastalığa ait aday genlerin araştırılması
Investigation of adenomyosis-related genes utilizing whole exome sequencing in sporadic cases
NİMET ESER MA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FEYZA NUR TUNCER KILINÇ
- Seftriaksonun eksitatör aminoasit taşıyıcı 1 (EAAT1), EAAT2, EAAT3 blokerleriyle birlikte kullanımının sıçan glioblastoma multiforme hücre hattı üzerindeki etkilerinin incelenmesi
In-vitro evaluation the effects of ceftriaxone with/without excitatory amino acid transporter(EAAT1), EAAT2, EAAT3 blockers on GBM cell line
KEMAL ALP NALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET HACIMÜFTÜOĞLU