Geri Dön

SLC2A2 geninin mutasyon taraması ve Tip2 Şeker hastalığı ile ilişkisinin araştırılması

Mutation screening of the SLC2A2(GLUT2) gene and investigation of its relationship with Type2 Diabetes

PDF İndir

  1. Tez No: 949454
  2. Yazar: DAMLA BİÇER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BİROL TOPÇU, DOÇ. DR. SERTAÇ ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

SLC2A2 geninin T2DM üzerindeki etkilerini incelemek ve bu alandaki araştırmalara katkıda bulunmaktır. Çalışmaya, T2DM tanısı almış 45 hasta ve sağlıklı 30 kontrol birey dahil edilmiştir. Kan örnekleri alınarak DNA ekstraksiyonu yapılmış ve elde edilen genomik DNA, agaroz jel elektroforezi ile kontrol edilmiştir. SLC2A2 geninin 6. ve 7. ekzonları ile 6. intronunu kapsayan bölge PCR ile çoğaltılmış ve DNA dizi analizi yapılmıştır. DNA dizi analizi sonucunda, SLC2A2 geninde üç farklı SNP (rs2292621, rs2292622, rs5406) tespit edilmiştir. İstatistiksel analizler ile, gruplar arasındaki değerlendirmeler yapılmıştır. rs2292621- rs2292622 kodlu mutasyonların p değeri 0,720'dir. rs5406 kodlu mutasyonun p değeri 0,714 olarak bulunmuştur. Üç mutasyon p değeri 0.05'ten büyük olduğu için hasta ve kontrol grupları arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Biyoinformatik analizler için SLC2A2 geni üzerindeki tüm yanlış anlamlı varyasyonlar (nsSNP), Ensembl veri bankasından temin edilmiş ve Ensembl varyasyon patojenite tahmin algoritmaları ile değerlendirilmiştir. Tüm algoritmalar tarafından zararlı olarak sınıflandırılan 7 mutasyon (F238S, D272Y, I322N, S356C, F411C, E425G, E486G) belirlenmiş ve mutasyonların protein yapı ve fonksiyonu üzerine etkileri; I Mutant, Consurf, HOPE ve PyMOL gibi biyoinformatik araçlar ve programlar kullanılarak değerlendirilmiştir. HOPE sonuçlarına göre; altı mutasyonun (F238S, D272Y, S356C, F411C, E425G, E486G), protein yapısında hidrofobikliği artırdığı ve bir mutasyonun hidrofobikliği azalttığı (I322N) görülmüştür. Ayrıca 7 mutasyonun proteinlerin katlanma dinamiklerini, stabilitesini ve/veya protein-protein etkileşimlerini etkileyebileceği belirlenmiştir. Analizlerin hepsi değerlendirildiğinde 7 mutasyonun protein yapısı ve işlevi üzerinde potansiyel etkiler yaratabileceği gözlenmiştir. Özellikle evrimsel olarak korunmuş aminoasit pozisyonlarındaki mutasyonların, protein stabilitesi ve katlanması üzerinde önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Bu sonuçlar, SLC2A2 genindeki nsSNP'lerin (rs2292621, rs2292622, rs5406) patojenite açısından önemini vurgulamakta ve T2DM ile ilişkili olabilecek genetik varyasyonların daha ayrıntılı incelenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.

Özet (Çeviri)

This study aims to examine the effects of the SLC2A2 gene on Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) and contribute to research in this field. The study included 45 patients diagnosed with T2DM and 30 healthy control individuals. Blood samples were taken for DNA extraction, and the obtained genomic DNA was checked using agarose gel electrophoresis. The region covering exons 6 and 7, along with intron 6 of the SLC2A2 gene, was amplified via PCR and DNA sequencing was performed. As a result of DNA sequence analysis, three different SNPs (rs2292621, rs2292622, rs5406) were detected in the SLC2A2 gene. Statistical analyses were conducted to assess the differences between the groups. The p-value for the mutations coded by rs2292621 and rs2292622 was 0.720, while the p-value for the mutation coded by rs5406 was found to be 0.714. Since the p-values for all three mutations were greater than 0.05, no statistically significant difference was observed between the patient and control groups. For bioinformatics analysis, all non-synonymous SNPs (nsSNPs) on the SLC2A2 gene were obtained from the Ensembl database and evaluated using Ensembl's variation pathogenicity prediction algorithms. Seven mutations (R238S, D272Y, I322N, S356C, F411C, E425G, E486G) were identified as harmful by all algorithms, and their effects on protein structure and function were evaluated using bioinformatics tools and programs like I Mutant, Consurf, HOPE, and PyMOL. According to the HOPE results, six mutations (R238S, D272Y, S356C, F411C, E425G, E486G) increased hydrophobicity in the protein structure, while one mutation (I322N) reduced hydrophobicity. It was also determined that the seven mutations could affect protein folding dynamics, stability, and/or protein-protein interactions. When all analyses were considered, it was observed that these mutations could potentially impact protein structure and function. In particular, mutations at evolutionarily conserved amino acid positions were found to play a crucial role in protein stability and folding. These results highlight the significance of the nsSNPs (rs2292621, rs2292622, rs5406) in the SLC2A2 gene in terms of pathogenicity and suggest that further investigation into the genetic variations associated with T2DM is necessary.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    539721

    Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunda atomoksetin tedavisine yanıt ve dirençte CYP2C19 ve SLC6A2 polimorfizmlerinin rolü

    The role of CYP2C19 and slc6a2 polymorphisms on response and resistance to atomoxetine treatment in attention deficit hyperactivity disorder

    MELİKE KEVSER GÜL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    PsikiyatriErciyes Üniversitesi

    Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA DEMİRCİ

  2. Tez No

    541186

    Glut1 eksikliği sendromunda genetik analizler

    Başlık çevirisi yok

    CEMRE ÖRNEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ

  3. Tez No

    959428

    Hepatopankreatikobiliyer malign neoplazmlarda DNA/RNA hibrid (R-loop) profili

    DNA/RNA hybrid (R-loop) profile in malignant hepatopancreaticobiliary neoplasms

    KEMAL DENİZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERPİL TAHERİ

  4. Tez No

    714991

    İdiyopatik epilepsi hastalarının yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon frekanslarının saptanması

    Detection of mutation frequencies in idiopathic epilepsy patients by next generation sequencing

    SERAY KARAÇAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BERTAN YILMAZ

    DOÇ. DR. ÖZGE ÖZALP

  5. Tez No

    932994

    SLC2A1 genindeki tek nukleotid polimorfizmlerinin ın silico analizi

    In silico analysis of single nucleotide polymorphisms in the SLC2A1 gene

    ESİN CAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyoteknolojiÜsküdar Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY

Geri Dön