Molecular characterization of cabbage black rot disease agent Xanthomonas campestris pv. campestris isolates and investigation of its biological control with antagonistic bacterial species
Lahana siyah damar çürüklüğü hastalık etmeni Xanthomonas campestris pv. campestris izolatlarının moleküler karakterizasyonu ile antagonistik bakteri türleriyle biyolojik mücadelesinin araştırılması
- Tez No: 951150
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 156
Özet
Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc)' nin neden olduğu siyah damar çürüklüğü, Niğde'de lahana bitkisini etkileyen en önemli bakteriyel hastalıklardan birisidir. Bu çalışmada, lahana bitkisinden izole edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak karakterize edilip, biyolojik mücadelesi araştırılmıştır. Aşırı duyarlılık, pektolitik aktivite, patojenite ve gram boyama testleri gibi fenotipik analizler ve patovar-spesifik markör ile yapılan moleküler analizler izolatların teşhisini doğrulamıştır. Rep-PCR'ın kümeleme analizinde, UPGMA dendrogramı izolatları üç ana kümeye ayırmıştır. Temel bileşen analizi de bu bulguları desteklemiştir. MLSA' da, rpoD geni ile oluşturulan filogenetik ağaç, dnaK ve gyrB genlerinin aksine, izolatları kendi içinde alt gruplara ayırmıştır. Xcc' nin biyolojik mücadelesinde ise, aşırı duyarlılık, pektolitik aktivite ve patojenite testleri sonucunda seçilen dört antagonistik bakteri, 16S rRNA geni ve MALDI-TOF MS analizine göre Bacillus spp. olarak tanılanmışlardır. Hem in vitro hem de in vivo koşullar altında yapılan deneylerde tüm Bacillus izolatlarının Xcc'ye karşı etkili olduğu belirlenmiştir. Bu bulgularının, bölgede hastalık etmeni hakkında ve mücadele yöntemlerinin geliştirilmesinde bilgi sağlaması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Black rot, caused by Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc), is one of the most important bacterial diseases affecting cabbage in Niğde. In this study, isolates from cabbage were phenotypically and genotypically characterized, and their biological control was investigated. Phenotypic analyses, including hypersensitivity, pectolytic activity, pathogenicity and Gram stain tests, along with molecular analyses using a pathovar-specific marker, confirmed the identification of the isolates. In the clustering analysis of Rep-PCR, the UPGMA dendrogram separated the isolates into three main clusters. Principal component analysis also supported these findings. In MLSA, the phylogenetic tree constructed with the rpoD gene, in contrast to the dnaK and gyrB genes, divided the isolates into subgroups within themselves. In the biological control of Xcc, four antagonistic bacteria selected based on hypersensitivity, pectolytic activity, and pathogenicity tests were identified as Bacillus spp. based on 16S rRNA gene and MALDI-TOF MS analysis. Experiments conducted under both in vitro and in vivo conditions determined that all Bacillus isolates were effective against Xcc. These findings are expected to provide information about the disease agent in the region and for the development of control methods.
Benzer Tezler
- Karadeniz bölgesi'nde beyaz baş lahana üretim alanlarında sorun olan siyah damar çürüklük hastalık etmeninin (Xanthomonas campestris pv. campestris) yaygınlığı ve moleküler karakterizasyonu
Prevalence and molecular characterization of black rot disease agent (Xanthomonas campestris pv. campestris) in white head cabbage production areas in the Black Sea region
SONGÜL ERKEN MERAL
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY
DR. VOLKAN ÇEVİK
- Bazı beyaz baş lahana (Brassica oleracea var. capitata subvar. alba) ıslah hatlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of breeding lines of some white cabbage (Brassica oleracea var. capitata subvar. alba)
CEMREGÜL TIRINK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İDRİS ERCAN EKBİÇ
- Orta Karadeniz Bölgesi'nde beyaz baş lahana yetiştirilen alanlarda turnip mosaic virus (TUMV)'un yaygınlık durumunun belirlenmesi, biyolojik ve moleküler karakterizasyonu
Determination of prevalence, biological and molecular characterization of turnip mosaic virus (TUMV) in white head cabbage growing areas in the central black sea region
ABDULLAH BALTACI
Doktora
Türkçe
2025
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİ ŞEVİK
- Bazı lahana genotiplerinin morfolojik ve moleküler tanımlanmasına yönelik araştırmalar
Researches on the determination of morphological and molecular characterization of some cabbage genotypes
TANSEL KAYGISIZ AŞÇIOĞUL
- Pieris brassicae'den izole edilen serratia ficariabakterisine ait kitinaz proteinlerinin moleküler karakterizasyonu ve virulans etkisinin belirlenmesi
Molecular characteri̇zati̇on of chi̇ti̇nase protei̇ns of serratia ficaria bacteri̇a i̇solated from pieris brassicae and determi̇nati̇on of thei̇r vi̇rulence effects
MERVE ALMULA BAKIRDÖĞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE BÜŞRA EROĞLU