Evolutionary conservation of histone variants and dynamic recognition of the nucleosome by chromatin factors
Histon varyantlarının evrimsel korunması ve kromatin faktörleri tarafından nükleozom dinamik olarak tanınması
- Tez No: 951355
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU, DR. ÖĞR. ÜYESİ SEYİT KALE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Bilim ve Teknoloji, Biyoloji, Biophysics, Science and Technology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, insan hücrelerinde histon varyantlarının evrimsel korunum desenleri araştırılmış ve bunların kromatin bağlayıcı komplekslerle fonksiyonel ilişkileri ayrıca analiz edilmiştir. Histone proteinleri (H2A, H2B, H3 ve H4) kayda değer bir dizi korunumu sergilerken, varyantlar (H2B.W1, H2A.Z, CENP-A) soy çizgisine özgü farklılaşma göstererek evrime işaret etmiştir. Protein Veri Bankası ve AlphaFold kaynakları kullanılarak yapılan yapısal modelleme çalışmalarında, özellikle nükleozom yapısında varyanta özgü değişiklikler tespit edilmiştir. Kromatin bağlayıcı komplekslerin (cGAS, PRC1 ve diğerleri) paralel analizi, histon özelliklerini tanıyan çeşitli bağlanma afinite alanlarını ortaya koymuştur. Moleküler dinamik simülasyonları, varyant içeren nükleozomların DNA esnekliğini farklı şekillerde etkilediğini göstermiştir. Bu bulgular şu evrimsel paradigmaları desteklemektedir: 1) Histon varyantları korunmuş yapısal rollerini sürdürürken özelleşmiş etkileşim yüzeyleri kazanmıştır; 2) Kromatin kompleksleri, nükleozomda yer alan histon proteinlerini tanımak üzere tamamlayıcı arayüzler geliştirmiştir. Çalışmamız komplekslerin ve varyantların fonksiyonel uyumluluğunu korurken arayüz korunumu yoluyla bağımsız şekilde evrimleştiğini gösteren modüler birlikte evrim kanıtları sunmaktadır. Bu sonuçlar özellikle kromatin sistemlerinin düzenleyici esneklik ile evrimsel kararlılığı nasıl dengelediğine dair yeni anlayışlar getirmekte olup, epigenetik kalıtımın yanı sıra gelişim ve hastalıklardaki varyanta özgü rollerin anlaşılmasına katkı sağlayabilecek niteliktedir.
Özet (Çeviri)
The evolutionary conservation patterns of histone variants across eukaryotic species were investigated in this study, along with a separate analysis of their functional relationships with chromatin-binding complexes. While variants (H2B.W1 H2A.Z, CENP-A) displayed lineage-specific divergence, indicating responsive evolution, core histones (H2A, H2B, H3, and H4) demonstrated remarkable sequence conservation. Using Protein Data Bank and AlphaFold resources for structural modeling, variant-specific changes to the structure of nucleosomes were found, especially in surfaces exposed to solvents. Several binding affinity domains that recognize histone features were shown by parallel analysis of chromatin-binding complexes (cGAS, PRC1, and the others). DNA flexibility was found to be differentially influenced by variant-incorporated nucleosomes, according to molecular dynamics simulations. These results suggest an evolutionary paradigm in which: 1) histone variations acquire specialized interaction surfaces while maintaining conserved structural roles; and 2) chromatin complexes differentiate complementary interfaces to identify nucleosome core particles. The study provides evidence for modular co-evolution, where complexes and variations evolve independently while maintaining interface conservation to maintain their functional compatibility. These findings offer new insights into how chromatin systems balance regulatory flexibility and evolutionary stability, which may have implications for understanding epigenetic inheritance and variant-specific roles in development and illness.
Benzer Tezler
- Yabani soya (Glycine) türlerinde CenH3 genomik DNA dizilerinin klonlanması
Molecular cloning of CenH3 genomic DNA sequences in the wild soybean (Glycine) species
BİLGE ŞEVVAL YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET LATİF TEK
- Kırgızca bir hikaye: Astra Gülü (metin-çeviri-dizin)
Başlık çevirisi yok
ÜLKÜ ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Türk Dili ve EdebiyatıHacettepe ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT TEKİN
- Dynamics of an alternative drama: A retrospective analysis of Samuel Beckett's and Harold Pinter's plays
Başlık çevirisi yok
FATMA ERSOY (KARAHASAN)
