Geri Dön

Investigation of human promoter CpG content and methylation profiles at different conservation levels

İnsan promoter CpG içeriği ve metilasyon profillerinin değişik evrimsel süreçlerde incelenmesi

  1. Tez No: 321480
  2. Yazar: BURAK DEMİRALAY
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 47

Özet

Promotor bölgelerinde bulunan CpG'lerin metilasyonu gen ekspresyonu ve gen susturulmasında kullanılan bir yöntemdir. Promotor bölgelerinin az ya da çok metilasyonu başta kanser olmak üzere birçok hastalıkla ilişkilendirilmiştir. Promotor CpG adalarındaki metilasyon, gen ekspresyonunu düzenleyen önemli bir profil olduğu halde, metilasyon aracığılıyla gen susturmanın tam mekanizması ve bireysel CpG'lerin rolü bilinmemektedir. Bu çalışma değişik evrimsel zaman dilimleri üzerinde promoter CpG sayısını ve metilasyon profilini hesaplayarak; evrim baskısının promotor CpG'leri üzerindeki etkisini araştırmaya yöneliktir. Araştırdığımız her kategorideki genlerin listesini bulabilmek için, ENSEMBL veritabanından 58 canlının genomu üzerinde çalıştık. Promotor bölgelerindeki CpG'lerin toplam sayısı hesaplanıp karşılaştırılmıştır. Ek olarak, fibroblast ve beyaz kan hücrelerindeki promoter CpG'lerin metilasyon profili de karşılaştırılmıştır. Ortak genlerden yeni genlere doğru ilerlerken promoterların CpG içeriğinin değiştiği gözlenmiş ama metilasyona uğramış CpG'ler istikrarlı bulunmuştur. Bu çalışmada, değişik zaman ve korunmuşluk durumlarındaki ortak genlerin fonksiyonel analizi yapılmış ve değişik evrimsel korunma statüsündeki genlerin promoter CpG içeriğini ve metilasyon profillerini karşılaştırılmıştır. Bu çalışmada ayrıca her bir metilli CpG'nin az ve çok metilli gen prometerlarındaki korunma durumunu da incelenmiştir. Analiz sonuçları yüksek oranda metilli CpG'lerin etrafındaki diğer metilli CpG sayısının, CpG'lerin türler arasındaki korunması üzerinde olumlu etkisi olduğunu gösterdi.

Özet (Çeviri)

Methylation of CpG islands located at the promoter regions is a mechanism which controls gene silencing and expression. Hyper or hypo methylation of these sites on promoter sequences have been associated with many diseases, like cancer. Even though promoter CpG islands and their methylation profiles are important regulators of gene expression, the exact mechanism of gene silencing through methylation is not known. Here, we have investigated the status of promoter CpG methylation under various evolutionary pressures by calculating the differences in promoter CpG content and methylation profiles at different pass points. In order to determine the list of genes under each category we have analyzed and compared the orthologs among 58 genomes available through ENSEMBL. The total number of CpG dinucleotides at the promoter regions of all groups of genes have been calculated and compared. Additionally, we have compared the experimentally determined methylation profiles of these CpG's between human blood cells and fibroblast cells. While the promoter CpG content changed through common to newer genes, the number of the CpG units methylated found to be consistent. Here, we present the functional level analysis of common gene lists at different pass points and report the differences of the promoter CpG content and the methylation profiles among these groups with distinct evolutionary conservation status. We have also observed the conservation status of individual methylated CpG units on the low and high methylated genes. Our analysis revealed that the surrounding methylation content had a positive effect on the conservation of individual CpG?s.

Benzer Tezler

  1. Meme kanserli dokularda GSTP1 VE CDH1 genlerinin MS-HRM yöntemi ile incelenmesi

    Investıgatıon of GSTP1 and CDH1 genes in the tıssues wıth breast cancer by the method of MS-HRM

    MİNE ERCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. OĞUZ ÇİLİNGİR

  2. Investigation of epigenetic profiles in exfoliated mammary epithelial cells retrieved from lactating women

    Emziren kadınlardan elde edilen exfolye meme epitel hücrelerinin epigenetik profillerinin incelenmesi

    MÜBECCEL ÖZGE ATASAYAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    GenetikYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAYRAM YILMAZ

  3. Meme kanserli hastalarda LOT1 geninin araştırılması

    Investigation of LOT1 gene in breast cancer

    SEDA EKİZOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TURGUT ULUTİN

  4. Investigation of specific oncomir MicroRNAs that modify methylation patterns onto effection of prostate cancer

    Metilasyon paternleri değişen belirli onkomir MikroRNA'ların prostat kanseri üzerindeki etkisinin araştırılması

    AFSHAN BABAZADE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiBiruni Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF SİBEL ASLAN

  5. Metilsülfonilmetanın meme kanseri hücrelerinde global gen metilasyonu ve DNMT1, DNMT3a ve dnmt3b üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the effects of methylsulfonylmethane on global gene methylation and DNMT1, DNMT3A and DNMT3B in breast cancer cells

    ŞAZİYE SEÇİL UYSAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaAnkara Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU ZEYNEP KARABAY