Geri Dön

Molecular identification of extended-spectrum beta-lactamase and aminoglycoside-modifying enzyme genes among lactose-fermenting enterobacteriaceae clinical isolates

Laktoz fermente eden enterobacteriaceae klinik izolatlarında geniş spektrumlu beta-laktamaz ve aminoglikozid modifiye edici enzim genlerinin moleküler tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 952047
  2. Yazar: NOOR RADHWAN ABDULKADHIM ALBUNSRALLA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DOÇ. DR. PINAR SAĞIROĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 78

Özet

Rutin fenotipik yöntemler başlangıçta NA22 izolatlarını K. pneumoniae olarak tanımladı. Bununla birlikte, WGS ve NCBI anotasyonu daha sonra mikroorganizmanın Escherichia coli olduğunu doğrulamıştır. İzolat, bir hastanın kan dolaşımından elde edilmişti ve en önemli antibiyotik sınıflarının çoğuna dirençliydi. Oxford Nanopore platformunda dizileme yoluyla toplamda 1.000 bp'den büyük sekiz kontig oluşturuldu. Üç plazmid, NA22_1, NA22_2 ve NA22_3, PlasmidFinder kullanılarak tespit edildi. Bunlar arasında, NA22_3, plazmid transferini kolaylaştırabilecek tra operon genleri ile birlikte blaNDM-4, blaCTX-M-15 ve aac(6')-Ib-cr gibi önemli direnç genlerini barındırıyordu. Fonksiyonel anotasyon, PATRIC, CARD ve VFDB veritabanlarına karşı gerçekleştirildi ve 76 direnç ve 200'den fazla virülans, ayrıca 100'den fazla metabolizma ve taşıma ile ilgili alt sistemler bulundu. Antimikrobiyal duyarlılık testleri, genoma uygun olarak β-laktamlar (karbapenemler dahil), florokinolonlar, aminoglikozitler ve sülfonamidlerle direnç olduğunu ortaya koydu. Tam genom dizilimi BioProject ID: PRJNA1270365'te yer almaktadır. Bu sonuçlar, hastanelerde çoklu ilaç dirençli suşların rutin genomik izlenmesinin önemini vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

The routine phenotypic methods originally identified the NA22 isolates as Klebsiella pneumoniae. Nevertheless, WGS and NCBI annotation have subsequently confirmed that the microorganism is an Escherichia coli. The isolate had been recovered from the bloodstream of a patient and was resistant to many of the most important classes of antibiotics. A total of eight contigs >1,000 bp were generated through sequencing on the Oxford Nanopore platform. Three plasmids, NA22_1, NA22_2, and NA22_3, were identified using PlasmidFinder. Among them, NA22_3 harbored significant resistance genes, including blaNDM-4, blaCTX-M-15, and aac(6')-Ib-cr, along with the tra operon genes that may facilitate plasmid transfer. Functional annotation was performed against the PATRIC, CARD, and VFDB databases, and 76 resistance and over 200 virulence, as well as over 100 metabolism and transport involved subsystems, were found. The antimicrobial susceptibility tests revealed resistance to β-lactams (including carbapenems), fluoroquinolones, aminoglycosides, and sulfonamides, which were consistent with the genome profile. The complete genome sequence is included in BioProject ID: PRJNA1270365. These results highlight the importance of routine genomic surveillance of multidrug-resistant strains within hospitals.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    914972

    Klebsiella pneumoniae klinik suşlarında betalaktam antibiyotik direnç genlerinin ve quorum sensing arasındaki ilişkinin araştırılması

    Investigation of the relationship between betalactam antibiotic resistance genes and quorum sensing in clinical strains of klebsiella pneumoniae

    MUHAMMET ŞÜKRÜ AĞRALI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METİN DOĞAN

  2. Tez No

    306257

    Klinik örneklerden izole edilen genişlemiş spekturumlu beta-laktamaz üreten kinolona dirençli escherıchıa colı suşlarının moleküler epidemiyolojisi

    Molecular epidemiology of extended spectrum beta-lactamase producing and quinolone resistant escherichia coli strains isolated from clinical specimens

    SÜLEYMAN DURMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DUYGU PERÇİN

  3. Tez No

    157925

    Yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan hastalardan izole edilen gram negatif basillerde sınıf I integronların saptanması ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların moleküler analizi

    Identification of class I integrons and molecular analysis of extended spectrum beta-lactamases in gram negative bacilli isolated from patients hospitalized in intensive care units

    ÖZGEN KÖSEOĞLU ESER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ŞEMSETTİN USTAÇELEBİ

  4. Tez No

    230058

    Hastanemizde izole edilen Klebsiella spp. ve Escherichia coli suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların genotipik tiplendirmesi

    Genotypic Typing of Extended-Spectrum ß-Lactamase of Klebsiella spp. and Escherichia coli Strains isolated in our Hospital

    NURAN AKMİRZA İNCİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İLHAMİ ÇELİK

  5. Tez No

    268171

    Klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzim varlığının PCR-RFLP yöntemi ile araştırılması

    Investigation of extended spectrum beta lactamase enzyme with PCR-RFLP in K. pneumoniae strains isolated from clinical samples

    EBRU YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiGazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜVEN URAZ

Geri Dön