İzmir Dikili Bademli deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and 16s rRNA analysis of thermophilic and halophilic bacteria isolated from Izmir Dikili (Bademli) hot spring
- Tez No: 953465
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA MATPAN BEKLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 155
Özet
Son yıllarda ekstrem biyoçeşitlilik üzerine yapılan çalışmalar biyoteknolojik açıdan önemli mikroorganizmaların kullanımına odaklanmıştır. Biyoteknolojik özelliklerde yüksek sıcaklık, yüksek tuz, asit ve basınç gibi ekstrem koşullara dayanıklı mikroorganizmalar ve bunların biyoürünleri tercih edilmektedir. Kaplıcalar özellikle halofilik ve termofilik ekstremofil mikroorganizmaların doğal yaşam alanlarından biridir. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki İzmir/Dikili (Bademli) deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterileri izole etmek ve karakterize etmektir. Bu çalışma üç aşamada gerçekleştirilmiştir: Birinci aşamada, İzmir İli Dikili İlçesi Bademli deniz ılıcasından Brown Broth ve Thermus besiyeri kullanılarak bakteri izolasyonu için çeşitli istasyonlardan (deniz suyu, çamur, kum vb.) örnekler alınmıştır. Elde edilen kültürlerden farklı koloni morfolojisine sahip mikroorganizmalar seçilerek fenotipik karakterizasyon yapılmıştır. İkinci aşamada farklı morfolojik özelliklere sahip bakteri suşlarına kodlar verilerek fizyolojik testleri (hareketlilik testi, sıcaklık, pH, oksijen parametreleri), biyokimyasal testleri (nişasta hidrolizi, kazein hidrolizi, katalaz testi, sitrat testi, üreaz testi, jelatin hidrolizi, oksidaz testi), tuz toleransı ve ayrıca farklı antibiyotiklerin etkisi araştırıldı. Elde edilen sonuçlar referans suşlarla karşılaştırıldı. Üçüncü aşamada seçilen hücrelerin kromozomal DNA izolasyonu yapılarak üniversal primerler kullanılarak 16S rRNA analizi yapıldı. Elde edilen diziler BLAST arama aracı kullanılarak karşılaştırıldı. İzole edilen suşların 16S rRNA dizisi, çoklu dizi hizalama programı kullanılarak NCBI veri tabanından dizi homolojisi gösteren bir referans dizi ile hizalandı. Filogenetik ağaç MEGA 7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) yazılımı kullanılarak oluşturuldu. Farklı türlerin dizi hizalaması CLUSTAL W kullanılarak gerçekleştirildi ve komşu birleştirme yöntemi için evrimsel mesafe matrisleri Kimura iki parametreli model algoritması kullanılarak hesaplandı. Çalışmada farklı koloni ve hücre morfolojisine sahip 27suş izole edildi. Bu termofilik ve halofilik suşların 16S rRNA analiz sonuçlarına göre Bacillus ve Anoxybacillus türlerine yakın olduğu belirlendi.
Özet (Çeviri)
In recent years, studies on extreme biodiversity have focused on the use of biotechnologically important microorganisms. In biotechnological properties, microorganisms resistant to extreme conditions such as high temperature, high salt, acid and pressure and their bioproducts are preferred. Hot springs are one of the natural habitats for especially halophilic and thermophilic extremophile microorganisms. The aim of this study is to isolate and characterize thermophilic and halophilic bacteria from İzmir/Dikili (Bademli) sea thermal spring in Turkey. This study was carried out in three stages: In the first stage, samples were taken from various stations (sea water, mud, sand etc.) for bacterial isolation using Brown Broth and thermus medium from the Bademli Sea Spring of Dikili District of İzmir Province. Phenotypic characterisation was performed by selecting microorganisms with different colony morphology from the obtained cultures. In the second stage, codes were given to bacterial strains with different morphological properties and their physiological tests (motility test, temperature, pH, oxygen parameters), biochemical tests (starch hydrolysis, casein hydrolysis, catalase test, citrate test, urease test, gelatine hydrolysis, oxidase test), salt tolerance and also the effect of different antibiotics were investigated. The obtained results were compared with the reference strains. In the third stage, chromosomal DNA isolation of the selected cells was performed and 16S rRNA analysis was performed using universal primers. The obtained sequences were compared using a BLAST search tool. The 16S rRNA sequence of the isolated strains was aligned with a reference sequence showing sequence homology from the NCBI database using the multiple sequence alignment program. The phylogenetic tree was constructed using MEGA 7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) software. Sequence alignment of different species was performed using CLUSTAL W, and evolutionary distance matrices for the neighbor-joining method were calculated using the Kimura two-parameter model algorithm. 27strains with different colony and cell morphology were isolated in the study. These thermophilic and halophilic strains were determined to be close to Bacillus and Anoxybacillus species according to 16S rRNA analysis results.
Benzer Tezler
- Balçova kaplıcalarının (İzmir) jeokimyasal özellikleri ve alanın jeotermal enerji kaynakları
Başlık çevirisi yok
SERVET YILMAZER
- Zaman yönetiminin hemşirelerin iş verimine etkisi (İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk hastalıkları ve cerrahisi eğitim ve araştırma hastanesi örneği)
Effects of time management on nurses job efficiency (İzmir Dr. Behçet Uz Pediatric Desase and Surgery Training and Research Hospital Sample)
ELİF DALKIRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
HastanelerBeykent Üniversitesiİşletme Yönetimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞEFİKA DEMİRKAN
- Böbrek naklinde soğuk iskemi süresinin erken dönem greft işlevi ve akut retteki rolü
The effect of cold ischemia time on the delayed graft function and acute rejection in kidney transplantation
İSMAİL SERT
- Kontrollü hipotansif anestezi uygulanan hastalarda deksmedetomidin ve esmolol'ün hemodinami, ekstubasyona yanıt ve postoperatif etkilerinin karşılaştırılması
A comparison of the effects of esmolol and dexmedetomidine on the hemodynamics, response to extubation and postoperative hemodynamics in controlled hypotensive anaesthesia
GÜLŞAH KARAÖREN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Anestezi ve ReanimasyonSağlık BakanlığıAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN ADANIR
- Cumhuriyet Döneminde Antalya'da ipekböcekçiliği eğitimi(1926-1960)
Sericulture training in Antalya during Republican Peri̇od(1926–1960)
AHSEN GÜNBULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eğitim ve ÖğretimAkdeniz ÜniversitesiGeleneksel Türk Sanatları Ana Sanat Dalı
YRD. DOÇ. ÖZNUR AYDIN