İzmir Dikili Bademli deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and 16s rRNA analysis of thermophilic and halophilic bacteria isolated from Izmir Dikili (Bademli) hot spring
- Tez No: 953465
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA MATPAN BEKLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 155
Özet
Son yıllarda ekstrem biyoçeşitlilik üzerine yapılan çalışmalar biyoteknolojik açıdan önemli mikroorganizmaların kullanımına odaklanmıştır. Biyoteknolojik özelliklerde yüksek sıcaklık, yüksek tuz, asit ve basınç gibi ekstrem koşullara dayanıklı mikroorganizmalar ve bunların biyoürünleri tercih edilmektedir. Kaplıcalar özellikle halofilik ve termofilik ekstremofil mikroorganizmaların doğal yaşam alanlarından biridir. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki İzmir/Dikili (Bademli) deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterileri izole etmek ve karakterize etmektir. Bu çalışma üç aşamada gerçekleştirilmiştir: Birinci aşamada, İzmir İli Dikili İlçesi Bademli deniz ılıcasından Brown Broth ve Thermus besiyeri kullanılarak bakteri izolasyonu için çeşitli istasyonlardan (deniz suyu, çamur, kum vb.) örnekler alınmıştır. Elde edilen kültürlerden farklı koloni morfolojisine sahip mikroorganizmalar seçilerek fenotipik karakterizasyon yapılmıştır. İkinci aşamada farklı morfolojik özelliklere sahip bakteri suşlarına kodlar verilerek fizyolojik testleri (hareketlilik testi, sıcaklık, pH, oksijen parametreleri), biyokimyasal testleri (nişasta hidrolizi, kazein hidrolizi, katalaz testi, sitrat testi, üreaz testi, jelatin hidrolizi, oksidaz testi), tuz toleransı ve ayrıca farklı antibiyotiklerin etkisi araştırıldı. Elde edilen sonuçlar referans suşlarla karşılaştırıldı. Üçüncü aşamada seçilen hücrelerin kromozomal DNA izolasyonu yapılarak üniversal primerler kullanılarak 16S rRNA analizi yapıldı. Elde edilen diziler BLAST arama aracı kullanılarak karşılaştırıldı. İzole edilen suşların 16S rRNA dizisi, çoklu dizi hizalama programı kullanılarak NCBI veri tabanından dizi homolojisi gösteren bir referans dizi ile hizalandı. Filogenetik ağaç MEGA 7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) yazılımı kullanılarak oluşturuldu. Farklı türlerin dizi hizalaması CLUSTAL W kullanılarak gerçekleştirildi ve komşu birleştirme yöntemi için evrimsel mesafe matrisleri Kimura iki parametreli model algoritması kullanılarak hesaplandı. Çalışmada farklı koloni ve hücre morfolojisine sahip 27suş izole edildi. Bu termofilik ve halofilik suşların 16S rRNA analiz sonuçlarına göre Bacillus ve Anoxybacillus türlerine yakın olduğu belirlendi.
Özet (Çeviri)
In recent years, studies on extreme biodiversity have focused on the use of biotechnologically important microorganisms. In biotechnological properties, microorganisms resistant to extreme conditions such as high temperature, high salt, acid and pressure and their bioproducts are preferred. Hot springs are one of the natural habitats for especially halophilic and thermophilic extremophile microorganisms. The aim of this study is to isolate and characterize thermophilic and halophilic bacteria from İzmir/Dikili (Bademli) sea thermal spring in Turkey. This study was carried out in three stages: In the first stage, samples were taken from various stations (sea water, mud, sand etc.) for bacterial isolation using Brown Broth and thermus medium from the Bademli Sea Spring of Dikili District of İzmir Province. Phenotypic characterisation was performed by selecting microorganisms with different colony morphology from the obtained cultures. In the second stage, codes were given to bacterial strains with different morphological properties and their physiological tests (motility test, temperature, pH, oxygen parameters), biochemical tests (starch hydrolysis, casein hydrolysis, catalase test, citrate test, urease test, gelatine hydrolysis, oxidase test), salt tolerance and also the effect of different antibiotics were investigated. The obtained results were compared with the reference strains. In the third stage, chromosomal DNA isolation of the selected cells was performed and 16S rRNA analysis was performed using universal primers. The obtained sequences were compared using a BLAST search tool. The 16S rRNA sequence of the isolated strains was aligned with a reference sequence showing sequence homology from the NCBI database using the multiple sequence alignment program. The phylogenetic tree was constructed using MEGA 7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) software. Sequence alignment of different species was performed using CLUSTAL W, and evolutionary distance matrices for the neighbor-joining method were calculated using the Kimura two-parameter model algorithm. 27strains with different colony and cell morphology were isolated in the study. These thermophilic and halophilic strains were determined to be close to Bacillus and Anoxybacillus species according to 16S rRNA analysis results.
Benzer Tezler
- İzmir-Dikili jeotermal sahalarına yakın yerleşim alanlarında radon konsantrasyonlarının belirlenmesi
Determination of radon concentrations of İzmir-Dikili geothermal area
TUĞBA GÜNAYDI
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Fizik ve Fizik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. YASEMİN YARAR
- Restoration of a historic olive oil mill in Dikili
Dikili'de tarihi bir zeytinyaği işliğinin restorasyonu
DİDEM KINCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Mimarlıkİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüRestorasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SELİM SARP TUNÇOKU
- Dikili-Çandarlı'da kıyı alanı kullanımı ve kıyı kullanımı bilincinin değerlendirilmesi
The usege of the coastal belt between Dikili-Çandarli and the assessment of the conscious of the usege of coastal belt
GÜLBEN KAPLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
CoğrafyaDokuz Eylül ÜniversitesiCoğrafya Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İSMAİL BULDAN
- Kırsal mirasın korunmasının kırılganlığı üzerine: Dikili-Yahşibey Köyü örneği
On the fragility of rural heritage conservation: The case of Dikili-Yahşibey Village
TUĞÇE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SAKİNE YILDIZ SALMAN
- The feasibility study for an enhanced geothermal system application in Dikili-Izmir region
Dikili-İzmir bölgesinde geliştirilmiş jeotermal sistemi uygulaması için fizibilite çalışması
AYŞEGÜL TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
EnerjiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSürdürülebilir Çevre ve Enerji Sistemleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FAZIL EMRE ARTUN