Geri Dön

OXA-48-benzeri karbapenemaz üreten enterobacterales izolatlarında OXA-48 varyantlarının araştırılması

Investigation of OXA-48 variants in enterobacterales isolates producing OXA-48-like carbapenemases

PDF İndir

  1. Tez No: 955082
  2. Yazar: ŞEVVAL ARDUÇ TOK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ELİF AKTAŞ SEPETCİ, DR. LEYLA GENÇ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Amaç: Karbapeneme dirençli Enterobacterales (CRE), sınırlı tedavi seçenekleri ve yüksek mortalite nedeniyle kritik öncelikli patojenler olarak kabul edilmektedir. Türkiye, CRE ve OXA-48 benzeri karbapenemazlar için endemik bölgeler arasında yer almaktadır. OXA-48 benzeri karbapenemazlar farklı fenotipik özellikleri ve direnç profilleri nedeniyle klinik laboratuvarlarda önemli tanısal zorluklar yaratmaktadır. OXA-48 benzeri karbapenemazlar, küçük amino asit değişiklikleri ile birbirinden farklılık gösteren, şu ana kadar tanımlanmış 60'dan fazla varyant içermektedir. Bu çalışmanın amacı, CRE izolatlarında OXA-48 benzeri karbapenemaz genlerinin oranını, OXA-48 varyantlarının dağılımını, varyantların diğer antibiyotiklere ve karbapenemlere duyarlılık profilleri ve karbapenem MİK düzeyleri arasındaki farkları araştırmaktır. Ayrıca varyantlara göre tek ya da ikili karbapenemaz üretimi ve fenotipik karbapenemaz tespit yöntemlerin duyarlılığının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Ocak 2019-Aralık 2023 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden elde edilen 703 CRE izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatlar VITEK® MS sistemi (BioMerieux, Fransa) ile tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları VITEK® 2 COMPACT (BioMerieux, Fransa) ile belirlenmiştir. Karbapenem direnci, ertapenem, imipenem ve meropenemden en az birine dirençli izolatlarda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle (Oxoid, Thermo Fisher Scientific, Kanada) doğrulanmış ve EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Karbapenemaz genleri, Biospeedy Karbapenem Direnci qPCR kiti (Bioeksen, Türkiye) kullanılarak belirlenmiştir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarının tespiti için dizi analizi gerçekleştirilmiştir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarına Karba NP direkt test ve mCIM yapılmıştır. Varyantlarda imipenem ve meropenem MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda, CRE izolatlarının %52,3'ünde OXA-48 benzeri karbapenemaz tespit edilmiştir. İzolatların %17,2'sinde NDM ve %12'sinde KPC karbapenemaz geni saptanmıştır. K. pneumoniae, OXA-48 benzeri pozitif izolatların %80,7'sini oluşturan baskın tür olmuştur. OXA-48 benzeri karbapenemazların %11,7'si diğer karbapenemaz genleri ile birliktelik göstermektedir. Çalışmamızda tespit edilen OXA-48 varyantları; OXA-48/245 (%39,1), OXA-232 (%36,4), OXA-181 (%17,6), OXA-244 (%5,1), OXA-162 (%1,3) ve OXA-1200 (%0,2) olmuştur. K. pneumoniae izolatlarında en sık OXA-48/245 ve OXA-232, E. coli izolatlarında ise OXA-232 tespit edilmiştir. Diğer karbapenemaz genleri ile en sık birliktelik gösteren varyant OXA-48/245 olmuştur (p=0,015). Karba NP direkt test negatif grupta en yaygın varyant OXA-244 olmuştur. OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten izolatların meropenem ve imipeneme duyarlılık oranları sırasıyla %31 ve %39,1 olarak saptanmıştır. OXA-181, OXA-232 ve OXA-48/245 varyantlarının meropenem ve imipenem MİK50 değerleri OXA-244 varyantına göre yüksek bulunmuştur E. coli izolatlarında OXA-232 varyantında diğer varyantlara göre meropenem MİK50 değeri anlamlı yüksek saptanmıştır (p=0,003). K. pneumoniae izolatlarında varyantlara göre karbapenem MİK50 değerlerinde anlamlı fark saptanmazken, OXA-48/245, OXA-232 ve OXA-181'de meropenem direnç oranları diğer varyantlara göre yüksek saptanmıştır (p=0,031). İkili karbapenemaz üreticilerinde imipenem ve meropenem MİK50 değerleri tekli karbapenemaz üreticilerine göre yüksek saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışmada, OXA-48 benzeri karbapenemazların farklı varyantlarının dağılımı, fenotipik özellikleri ve antimikrobiyal direnç profilleri kapsamlı bir şekilde ele alınmıştır. Bulgular, karbapenemaz varyantlarının direnç profilleri ve MİK değerleri üzerinde belirgin farklılıklar yaratabileceğini ve fenotipik testlerin duyarlılığının varyantlar arasında değişebileceğini göstermektedir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarının bölgesel dağılımının ve bunların direnç profilleri ile ilişkisinin aydınlatılması, bu dirençli patojenlerin yayılmasını azaltmak için hedeflenen önleme stratejileri, gelişmiş tanı yaklaşımları ve etkili antimikrobiyal yönetim için önemlidir.

Özet (Çeviri)

Aim: Carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) are recognised as critical priority pathogens due to limited treatment options and high mortality. Turkey is among the endemic regions for CRE and OXA-48-like carbapenemases. OXA-48-like carbapenemases pose significant diagnostic challenges in clinical laboratories due to their different phenotypic characteristics and resistance profiles. OXA-48-like carbapenemases include more than 60 variants identified so far, which differ from each other by small amino acid changes. This study aimed to investigate the ratio of OXA-48-like carbapenemase genes in CRE isolates, distribution of OXA-48 variants, susceptibility profiles of variants to other antibiotics and carbapenems and differences between carbapenem MIC levels. In addition, it aimed to evaluate the sensitivity of single or dual carbapenemase production and phenotypic carbapenemase detection methods according to the variants. Materials and Methods: Between January 2019 and December 2023, 703 CRE isolates obtained from various clinical samples were included in the study. The isolates were identified by the VITEK® MS system (BioMérieux, France). Antibiotic susceptibilities were determined by VITEK® 2 COMPACT (BioMerieux, France). Carbapenem resistance was confirmed by Kirby-Bauer disc diffusion method (Oxoid, Thermo Fisher Scientific, Canada) in isolates resistant to at least one of ertapenem, imipenem, and meropenem and evaluated according to EUCAST criteria. Carbapenemase genes were determined using the Biospeedy Carbapenem Resistance qPCR kit (Bioeksen, Turkey). Sequence analysis was performed for the detection of OXA-48-like carbapenemase variants. Carba NP direct test and mCIM were performed on OXA-48-like carbapenemase variants. For the variants, imipenem and meropenem MIC values were determined by the broth microdilution method. Results: In our study, OXA-48-like carbapenemase was detected in 52.3% of CRE isolates. NDM and KPC carbapenemase genes were detected in 17.2% and 12% of the isolates, respectively. K. pneumoniae was the dominant species, accounting for 80.7% of the OXA-48-like positive isolates. 11.7% of OXA-48-like carbapenemases were in association with other carbapenemase genes. OXA-48 variants detected in our study were OXA-48/245 (39.1%), OXA-232 (36.4%), OXA-181 (17.6%), OXA-244 (5.1%), OXA-162 (1.3%), and OXA-1200 (0.2%). The most common carbapenemase genes were OXA-48/245 and OXA-232 in K. pneumoniae isolates and OXA-232 in E. coli isolates. The variant showing the most frequent association with other carbapenemase genes was OXA-48/245 (p=0.015). The most common variant in the Karba NP direct test negative group was OXA-244. The susceptibility rates of OXA-48-like carbapenemase-producing isolates to meropenem and imipenem were 31% and 39.1%, respectively. Meropenem and imipenem MIC values of OXA-181, OXA-232, and OXA-48/245 variants were higher than OXA-244 variant. In E. coli isolates, the meropenem MIC value of the OXA-232 variant was significantly higher than other variants (p=0.003). In K. pneumoniae isolates, no significant difference was found in carbapenem MIC values according to variants, while meropenem resistance rates were higher in OXA-48/245, OXA-232, and OXA-181 compared to other variants (p=0,031). MIC values of imipenem and meropenem were higher in dual carbapenemase producers compared to single carbapenemase producers. Conclusion: In this study, the distribution, phenotypic characteristics, and antimicrobial resistance profiles of different variants of OXA-48-like carbapenemases were comprehensively analysed. The findings show that carbapenemase variants can create marked differences in resistance profiles and MIC values and that the sensitivity of phenotypic tests may vary between variants. Elucidating the regional distribution of OXA-48-like carbapenemase variants and their association with resistance profiles is important for targeted prevention strategies, improved diagnostic approaches, and effective antimicrobial stewardship to reduce the spread of these resistant pathogens.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    878736

    Enterobacterales türlerinde karbapenemaz tiplerinin saptanmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması

    Comparison of different methods for detecting carbapenemase types in enterobacterales species

    ÇİSİL ŞEYMA ÖZEL DAVULCU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALPER AKÇALI

  2. Tez No

    516036

    Karbapenemaz üreten klebsıella spp. suşlarında oxa-48-lıke genlerinin araştırılması

    Investigation of oxa-48-like genes in carbapenemase producing klebsiella spp. strains

    ELMAS PINAR KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

  3. Tez No

    661798

    Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae in bloodstream infections

    Kan dolaşımı enfeksiyonlarında karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae'nin moleküler epidemiyolojisi

    BERNA ÖZER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    MikrobiyolojiKoç Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FÜSUN CAN

    PROF. DR. MEHMET ÖNDER ERGÖNÜL

  4. Tez No

    785217

    Çocuk ve yenidoğan yoğun bakım ünitelerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella suşlarının moleküler epidemiyolojisi

    Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella species isolated from pediatric and neonatal intensive care units

    AYŞE HANDE TÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER

  5. Tez No

    496742

    Çeşitli klinik örneklerden izole edilen enterobacteriaceae türlerinde karbapenemaz varlığının fenotipik olarak araştırılması

    Phenotypic investigation of carbapenemase in enterobacteriaceae species isolated from various clinical specimens

    KÜBRA ALAY KARA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK

Geri Dön