Determination of the effects of alpha-ketoglutarate on the aging of yeast (Saccharomyces cerevisiae) by proteomic approach
Alfa-ketoglutaratın maya (Saccharomyces cerevisiae) yaşlanması üzerindeki etkilerinin proteomik yaklaşımla belirlenmesi
- Tez No: 955905
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN ÇAĞLAR KARAKAYA, DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE BANU DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Alfa-Ketoglutarat, hücre metabolizmasını, bazı amino asitlerin biyosentezini, kolajen sentezini, histon demetilasyonuyla epigenetik regülasyonu etkileyen bir metabolittir. AKG'nin yaşlanmayla ilişkisi üzerine farklı organizmalar kullanılarak araştırmalar, AKG'nin yaşlanmayı geciktirdiğini keşfetmiştir. Bu çalışmalar içinde genomik düzeydeki değişikliklere ya da AKG'ye bağlı spesifik proteinlerin seviyelerindeki değişikliklere yönelik çalışmalar olmasına rağmen tüm protein profili üzerine yapılmış kapsamlı bir proteomik çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, AKG uygulamasının maya hücrelerinin tüm protein profiline etkisini analiz ederek, hücresel düzeydeki etki mekanizmasının araştırılması amaçlanmıştır. Kontrol ve AKG uygulanmış maya hücrelerinin protein profilleri, LC-MS/MS analizi yapılarak incelenmiş, Proteome Discoverer LFQ modülüyle protein ifade farklılıkları analiz edilmiştir. Ham proteomik veriler filtrelenmiş ve 40 adet upregüle olmuş protein tespit edilmiştir. Bu proteinler moleküler fonksiyonlarına göre gruplandırıldığında, sürekli ekspresyon gösteren proteinlerin RNA bağlanması, transferaz, hidrolaz ve oksidoredüktaz fonksiyonları olduğu gözlemlenmiştir. Bu durum, AKG'nin metabolik aktiviteler, enerji üretimi, stres karşı direnç ve büyüme düzenlemesi üzerinde etkisi olduğunu düşündürmektedir. Alfa, alfa-trehaloz-fosfat sentazi, AP-1-benzeri transkripsiyon faktörü gibi yaşlanma ve stress direncini olumlu yönde etkileyen proteinler AKG uygulanmasının sonucunda upregüle olmuştur. Fakat, önceki Drosophila melanogaster, fare, ve insan üzerine yapılan genomik çalışmalarında otofaji ve mTOr gibi yaşlanma alakalı genler tespit edilmesine rağmen bizim proteomik çalışmamızda bu tür genlere rastlanmamıştır.
Özet (Çeviri)
Alpha-ketoglutarate (AKG) metabolite affects cell metabolism, biosynthesis of some amino acids, collagen synthesis, and epigenetic regulation. Previous studies showed that AKG has a positive influence on the aging process. These studies primarily focused on either changes at the genomic level or changes in levels of specific proteins in response to AKG. In this study, we aimed to analyze the whole protein profile upon AKG treatment in yeast, to further investigate the overall role of AKG on the proteome profile and understand its mode-of-effect in yeast cells at the cellular level by examining proteins that are both related to AKG and potential new associations. Proteomic analysis of AKG-treated and untreated yeast cells was performed using LC-MS/MS. The LFQ module in Proteome Discoverer was employed to analyze protein expression differences. Raw proteomics data were filtered, and our results revealed 40 upregulated proteins upon AKG treatment in comparison to the non-treated control group. These upregulated proteins were grouped according to their molecular functions, and it was observed that the repeatedly expressed proteins were involved in RNA binding, transferase, hydrolase, and oxidoreductase. This suggests that AKG influences several metabolic parameters, energy production, stress response, and growth regulation. Some of the upregulated proteins with high abundance ratios, like alpha, alpha-trehalose-phosphate synthase, AP-1-like transcription factor, are known to enhance longevity and stress resistance. Although genes associated with aging, such as autophagy and mTOR, have been identified in genomic studies of Drosophila melanogaster, mice, and humans, no such genes were detected in our proteomic analysis of yeast.
Benzer Tezler
- Hypocrea Jecorina saf kültüründen glutamat oksidaz enziminin üretimi
Glutamate oxidase enzyme production from Hypocrea Jecorina pure culture
FATİH MEHMET EYNUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyokimyaYıldız Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNE KARAKUŞ
- Sağlıklı gebelerin perifer kan lenfositlerinde bazı AgNOR parametreleri ve mikronükleus sıklığı ile alfa naftil asetat esteraz ve asit fosfataz aktivitelerinin belirlenmesi
Determination of the some AgNOR parameters, micronucleus frequency, activity of alpha naphthyl acetate esterase and acid phosphatase of peripheral blood lymphocytes in healty pregnant women
BAKİ AKBULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Histoloji ve EmbriyolojiSelçuk ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRAH SUR
- Farklı ön işlem uygulamalarının mercimeğin bazı fonksiyonel ve biyoaktif özellikleri üzerine etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effects of different pretreatment applications on some functional and bioactive properties of lentil
NAZMİYE BİLİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda MühendisliğiAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ LEVENT YURDAER AYDEMİR
- Katodik ark elektron metal iyon işlemi ile Ni–Ti sisteminde difüzyona bağlı faz oluşumlarının incelenmesi
Investigation of diffusion phase formations in Ni–Ti system via cathodic arc electron metal ion treatment
NAGİHAN SEZGİN
Doktora
Türkçe
2018
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. MUHAMMET KÜRŞAT KAZMANLI
- Bazı alfa-1 adrenerjik antagonistlerin rat sidik kesesi trigon düz kası üzerine etkileri
The effects of some alpha-1 adrenerjic antagonists on trigone smooth muscle of rat bladder
ALİ KARADENİZ
Doktora
Türkçe
2005
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. İLKSİN PİŞKİN